Прилежный Филипп поддержал отца и молниеносно консумировал новый брак, чтобы как можно скорее произвести на свет английского наследника престола и сорвать планы протестантки Елизаветы, кровной сестры Марии, на получение трона. Однако то была нелегкая задача. Марии сравнялось уже 38 лет, и она едва ли могла забеременеть. Объявление о беременности королевы вызвало бурю радости. Когда тревога все же оказалась ложной, Филипп понял, что сделать преемника английского престола будет не так уж и просто. В конце августа 1555 года он помахал рукой на прощание своей безутешной жене из Гринвича и отплыл в Нидерланды. Когда они встретились снова два года спустя, чтобы обсудить войну против Франции, их разговор был сугубо деловым, потому что Мария тоже поняла, что уже слишком поздно думать о наследнике.
Филиппу, в свою очередь, удалось втянуть Марию в войну против французов, в результате которой англичане еще и потеряли Кале, свой последний плацдарм на французской земле. Английская королева скончалась 17 ноября 1558 года в возрасте 42 лет. Филиппу был тридцать один год, он второй раз овдовел.
В августе 1555 года он взял курс на Нидерланды и встретился с отцом в Брюсселе. Император издал прокламацию, в которой завещал сыну все свои нидерландские территории. Карты тем временем снова перетасовали. Двумя годами ранее разразилась новая война с французами, которую на этот раз вел новый французский король Генрих II, сын Франциска I. Военная кампания Карла закончилась катастрофой, когда ряд немецких протестантских принцев во главе с Морицем Саксонским заключили союз с Генрихом II и вторглись в Аугсбург. Императору пришлось глубокой ночью в спешке бежать из Инсбрука в Нидерланды.
Карл, в свою очередь, пытался отбить французов от Меца с армией в 35 000 солдат. В результате он потерял три епископальных города Мец, Туль и Верден, а Лотарингию захватили французы. Эта военная кампания стала одним из величайших поражений Карла, и епископ Аррасский Антуан Перрено де Гранвела писал, что, удрученный, «император, несмотря ни на что, подумывает о возвращении в Испанию».
Генрих II, воспользовавшись случаем, поджег дворец в Бенше и охотничий домик Маримон, где Мария Венгерская устраивала свой незабываемый пир шестью годами ранее, в отместку за то, что ее войска разрушили замок Фолембрей, любовное гнездышко Генриха II и его фаворитки Дианы де Пуатье.
Согласно легенде, именно Генрих II разжег огонь в охотничьем домике Маримон. Кроме того, он приказал прикрепить к тлеющим руинам мемориальную доску с унизительной надписью, адресованной Марии: «Королеве глупости на память за Фолембрей!»
Встретившись с отцом, Филипп увидел пятидесятипятилетнего старого, больного и ослабленного человека с почерневшими зубами, копной седых волос и множеством морщин, страдающего от геморроя, с руками, полностью обезображенными постоянными приступами подагры. Французский посол писал, что император выглядел как живая развалина – «с усталыми глазами, слабым голосом, прерывистым дыханием и сгорбленной спиной». Карл устал. Казалось, он всего-навсего хочет занять себя работой над своими гениальными часами и шестеренками и удалиться от всех политических перипетий.
Карл правил только номинально, и придворные врачи, включая выдающегося фламандца Везалия, почти не надеялись, что император продержится долго в таком состоянии.
В пятницу 25 октября 1555 года рано утром Карл подъехал на осле к дворцу Куденберг. Вместе со своей сестрой Марией он созвал Генеральные штаты Нидерландов и выступил перед их представителями, опираясь на трость, при поддержке своего пажа, доверенного лица и командующего армией Вильгельма Оранского. Там зачитали декларацию Карла, в которой он оставлял управление Нидерландами своему сыну Филиппу и заявлял, что желает вернуться в Испанию, поскольку в Нидерландах слишком холодно для состояния его здоровья. Затем он заговорил сам.
Не сдерживая слез, он рассказал о своей жизни: войнах, в которых участвовал, опасностях, которым подвергался, и, конечно же, перечислил свои победы. Император закончил речь словами: «Я знаю, что за свою долгую жизнь совершал серьезные ошибки либо из-за слишком юного возраста, либо из-за невежества, либо из-за беспечности, либо из-за других недостатков. Но я хочу заверить вас, что никогда сознательно не применял насилие и не поступал несправедливо ни к одному из своих подданных. Если такое все-таки имело место, то не из злого умысла, а по незнанию, и это огорчает меня, и я прошу за это прощения». Так Карл присоединился к символической традиции, согласно которой в конце жизни принцы каются и просят прощения. Наместник Бога превратился в обычного человека.