Основным занятием Маргариты Австрийской, помимо коллекционирования произведений искусства и устройства пиров, было повседневное управление Нидерландами. Штатгальтер советовалась с le Conseil Privé, Тайным советом, в состав которого входили десяток советников-аристократов, включая сеньора де Шьевра Гийома де Кроя, Яна III ван Бергена, юристов, в том числе Меркурино Гаттинара, и камергеров, среди которых был Лоран де Горрево. Председатель Тайного совета Гаттинара научил ее всем тонкостям политического ремесла. Он посоветовал Маргарите подписывать какие-либо документы только после личного ознакомления с ними. Он также рекомендовал ей вести журнал исходящей корреспонденции, чтобы при ответе на письма всегда можно было вернуться к предыдущей переписке.
В переписке с Максимилианом, который активно писал Маргарите, эти советы пригодятся ей, потому что, несмотря на с виду уважительные отношения и то, что отец подписывал свои письма к ней уменьшительным «Макси», Маргарита часто жаловалась на грубые нападки в его письмах. Максимилиан, в свою очередь, утверждал, что Маргарита вмешивается в дела, которые не касаются женщин.
Двор Маргариты состоял из трех основных департаментов, в которых служили не менее 90 придворных. Первым департаментом была капелла, отвечавшая за музыкальное сопровождение религиозных и светских мероприятий. В состав капеллы входили капелланы, а также капельмейстер, певчие, хор и музыканты. Вторым департаментом был камердинерский, в состав которого входили духовники Маргариты, а также фрейлины, лекарь, смотритель гардеробных и придворный карлик. Третьим департаментом был хозяйственный, включавший персонал кухни и прислугу, и он состоял из шести подразделений.
Штат прислуги Маргариты, включавший filles d’honneur [80]
, chevaliers d’honneur [81], смотрителей гардеробных, горничных, камергеров, хлебодаров, поваров, кондитеров, соусье, кладовщиков, резчиков, виночерпиев, официантов, кастелянов, факельщиков, лакеев, гобеленщиков, портных, скорняков, хранителей драгоценностей, аптекарей, главных конюхов, посыльных, дворцовых носильщиков и прачек, стал причиной резкого увеличения расходов штатгальтера. Маргарита регулярно жаловалась отцу, что «с трудом сводит концы с концами». Непомерные расходы на содержание бургундского двора и прежде были проблемой для ее деда Карла Смелого, который пытался сократить их за счет временных контрактов. Дворяне сменяли друг друга на службе каждые три-четыре месяца. Тем же, кто оставался при дворе, по истечении этого срока жалованье не платили.Как и дед, Маргарита ежедневно проверяла расходы и жалованье придворных, гофмейстера и казначея, но ей не удавалось уложиться в выделенный ей годовой бюджет, как, впрочем, и другим монархам. Почти половину дохода Маргариты составляло ее испанское вдовье пособие, но король Фердинанд после смерти своей супруги Изабеллы урезал его размер. Максимилиан также обещал выплачивать дочери ежегодное содержание, но, возможно, потому что сам постоянно испытывал нужду в деньгах, деньгами он дочь не баловал. Поэтому доход Маргариты складывался в основном из доходов от пожалованных ей графств и сеньорий, которых было недостаточно для поддержания роскошного образа жизни и пополнения коллекции произведений искусства.
Несмотря на семейные и финансовые трудности, Маргарита Австрийская имела репутацию сильной женщины. Она подчеркнула это в новом личном девизе. Ее девиз «Fortune Infortune Fort Une» может иметь разное толкование. Он символизирует сочетание счастливых и печальных событий жизни, которые привели юную герцогиню к ее фатуму, ее конечной судьбе. Одинокая сильная женщина, fort une, femme forte, вновь обрела силу в благочестивой и добродетельной жизни. Маргарита, наперекор судьбе, не осталась одинокой и сломленной вдовой. Ее брак с Филибертом II Савойским был бездетным, а Савойское герцогство тем временем перешло в руки Рене Великого бастарда (Le Grand Bâtard), единокровного брата Филиберта II, которого Маргарита когда-то изгнала.
Но регентша сумела пойти наперекор колесу Фортуны, символическому колесу жизни, «которое предопределяло судьбу для каждого», и самостоятельно определить оставшийся жизненный путь. Горький опыт закалил Маргариту Австрийскую, и этот опыт был главным преимуществом одинокой женщины, которая была вынуждена играть политическую роль в мире, где правили исключительно мужчины.
Но была ли Маргарита действительно одинока? Ходили слухи, что у нее была связь с Антуаном де Лаленом, которому удалось убедить ее вернуться в Нидерланды. Несмотря на то что де Лален был ее ближайшим советником и доверенным лицом и она осыпала его подарками, реальных доказательств их взаимной любви нет. А летописец Жан Лемер де Бельж посвятил штатгальтеру Нидерландов неоднозначную оду «Эпитафия молодому влюбленному» (Epitaphe de l’Amant Vert).