Несмотря на громкий титул, власть его не была абсолютной даже к востоку от Урала. Действительная власть принадлежала тому, кто контролировал Транссибирскую магистраль, а осенью 1918 года отдельные участки магистрали находились под контролем разных групп: белочехов (как называли их большевики), японцев, американцев и казачьих атаманов Григория Семенова и Ивана Калмыкова. Вместе эти группы контролировали три с половиной тысячи верст Транссиба, и это означало, что Колчак должен был с ними считаться. Колчак пользовался поддержкой англичан, в то время как командующий американскими войсками генерал-майор Уильям Грейвс решительно порицал, по его выражению, варварство колчаковской армии.
Александр с семьей оставался в Тюмени до конца 1918-го и большую часть следующего года. Князь Львов уехал в Омск, откуда был командирован колчаковским правительством в США, чтобы заручиться помощью и поддержкой президента Вудро Вильсона. Львов встретился с Вильсоном в конце ноября 1918 года, но встреча была очень короткой, и ему не удалось добиться твердого обещания помощи. Любовь с детьми жила летом под Тюменью в татарской деревне Ембаево, а Александр оставался в городе, работал в госпитале.
Весной 1919 года колчаковской армии сопутствовал большой успех. В апреле войска численностью сто десять тысяч человек (самая большая из антибольшевистских армий) продвинулись далеко за Урал в оренбургские степи, заставив отступить 5-ю и 6-ю армии красных и овладев территорией более полумиллиона квадратных километров. Передовые отряды были в восьмидесяти километрах от Казани, готовые соединиться с союзниками с севера. Однако это была высшая точка колчаковского наступления. Одной из слабостей Колчака, как и Деникина, было то, что они вели войну против большевиков, не имея ясной политической программы. Пытаясь выступать представителями всех антибольшевистских сил, Колчак и другие лидеры Белого движения в конечном счете не представляли ни одной, что и сыграло решающую роль. Колчак столкнулся с волнениями на занятых им территориях и даже в собственной столице Омске, которые жестоко подавлял. В тылу, между Омском и Байкалом, армию Колчака постоянно атаковали партизаны.
Когда военное счастье изменило белым, семья вынуждена была подумать о переезде. Любовь с детьми и несколькими слугами, вместе с Лопухиными, села в поезд, идущий в Омск. Там они пробыли недолго и в переполненном поезде отправились в Канск, на 1700 километров восточнее. Вера в Колчака и его правительство стремительно падала, армия начала распадаться. Барон Будберг, служивший в колчаковском военном министерстве, жаловался на царившие там некомпетентность, неорганизованность, воровство и коррупцию. В конце августа красные войска перешли Урал и вновь овладели Екатеринбургом и Челябинском, а в конце октября продвинулись почти до Омска.
Александр оставался в Тюмени, занимаясь эвакуацией военного госпиталя ввиду приближения красных. Санитары укладывали раненых в товарные вагоны, где не было ничего, кроме соломы, и отправляли их в Красноярск. Путь занимал три недели, тряска и грохот вагонов доставляли раненым большие мучения. Как только они разместили раненых в Красноярске, Александр съездил ненадолго в Канск к семье. Далее он работал в Омске, в госпиталях, переполненных тифозными больными, где оставался до ноября, когда вновь началась эвакуация. Люди в панике покидали город. Когда все больные и раненые были благополучно вывезены, Александр вместе с частью сотрудников выехал из города на санях, прежде чем части 5-й армии Тухачевского показались на горизонте. Замерзая в открытых санях, люди шли пешком в надежде согреться, ночуя под открытым небом у костра. Наконец через три недели они добрались до Ново-Николаевска (ныне Новосибирск), найдя город опустевшим ввиду наступления красных. (14 декабря 1919 года город оказался в руках 5-й армии вместе с 31 тысячей белых, 190 эшелонами военного снаряжения и 30 тысячами трупов умерших от тифа.) К этому моменту колчаковская армия превратилась в толпу одичавших, отчаявшихся людей. Солдаты и казаки грабили деревни, через которые проходили, и офицеры ничего не могли с этим поделать. В Мариинске солдаты захватили винокуренный завод и опустошили его подчистую. Крики и стрельба раздавались всю ночь напролет, а утром на улицах валялось множество солдат, замерзших насмерть.
Любовь с остальным семейством переехала в Красноярск, и старшие дети смогли пойти в школу. К зиме положение ухудшилось, в начале декабря люди начали уезжать из города. Любовь не знала, как быть. От Александра не было никаких известий, Николай с семьей уже уехал. Они примкнули к Евгении Писаревой и прочим, с кем покидали два года назад Москву; с ними был и Пьер Жильяр, учивший царских детей французскому языку.
Любовь не сразу решилась уехать без мужа, но в конце концов бежала с детьми и она. В ночь на 7 января в Красноярск вошла 5-я армия РККА, взяв более шестидесяти тысяч пленных. Гражданское железнодорожное сообщение в Сибири было остановлено, шли только военные эшелоны.