В XIII веке Папское государство было не таким крошечным, как сегодня, когда его составляют лишь Ватиканский дворец и окружающие парки. Границы его постоянно менялись, но в любом случае это было именно государство в центре Италии. В его рамках Иннокентий III начал вести себя в духе светских правителей Франции и Англии — стал добиваться централизации.
Прежде всего он реформировал управление. Это уже пытался сделать Целестин III, но тот был слишком стар и почти ничего не успел. Иннокентий III создал четкую бюрократическую систему. Он добился вассальной клятвы в письменной форме от префекта города Рима — светского чиновника, назначенного императором, то есть политическим соперником Папы.
Опыт конфликтов с Папами был и у римской аристократии — носительницы традиций, восходивших к античности. «Панцирь» аристократизма отделял нотаблей от простых смертных и позволял выступать против церковной власти. Так, во времена Карла Великого, Папа Лев III был незаконно низложен в результате аристократического заговора. В первые годы понтификата Иннокентия III нотабли тоже выводили народ на улицу, выступая против Папы. Но ослабить его не удалось. Напротив — он получил вассальную клятву и от всех аристократов Рима, в том числе от демократически избранного сенатора. А в ту эпоху клятвам придавалось большое значение. Иннокентий III довел идею централизации до ее логического завершения, обеспечив себе личную преданность римской элиты.
На следующем этапе своей деятельности Иннокентий III занялся расширением территории своего государства. Папская область с VIII века была в составе империи Каролингов, а с 962 года до конца XIII века входила в Священную Римскую империю, порожденную союзом папской и императорской власти. Иннокентия III это не устраивало. Он хотел создать самостоятельное сильное государство.
Это происходило параллельно с аналогичными процессами в других странах Западной Европы. Французские короли бились за возвращение оказавшихся под английской властью Нормандии и Юго-Запада Франции; английские правители колонизировали Уэльс; на Пиренейском полуострове происходило вытеснение арабов, а в Германии — подчинение строптивых князей власти императора. Иннокентий III в те же годы присоединил к Папской области Романью с центром в Равенне — последней столице Древнего Рима. Стратегически важная и очень богатая территория. Кроме того, Папа бился за Южную Италию и Сицилию: в 1198 году он стал опекуном малолетнего Фридриха II Штауфена, унаследовавшего сицилийский престол.
В Италии столкнулись гвельфы, признававшие верховенство Папы, и гибеллины, которые считали, что императорская власть — выше папской. Иннокентий лавировал между ними, ведя торг: он соглашался поддержать любого, кто поможет его укреплению в богатых итальянских областях.
В борьбе за лидерство в Европе Иннокентий III начал вмешиваться в дела западноевропейских правителей, и со временем это составило основное содержание его жизни. «Мы верим, — писал он, — что волею Божьей возведены из ничтожества на этот престол, с которого будем творить истинный суд и над князьями, и даже над теми, кто выше их». Те, кто выше князей, — это, безусловно, короли. Иннокентий III был настроен вершить их судьбы.
Первым его объектом стала Германия. Ее специфика состояла в том, что император в ней избирался. Значит, вмешаться в процесс было гораздо легче, чем в ситуации престолонаследия. Избранием императора занималась Коллегия курфюрстов — семь — девять представителей высшей светской и духовной власти. С начала XIII века в Германии фактически шла гражданская война, не всенародная, скорее война аристократических семейств: или, избранный императором Филипп II Швабский сражался с Оттоном IV Вельфом.
Иннокентий III выпустил эдикт, в котором говорилось: в случае если часть курфюрстов оспаривает избрание императора, окончательное решение остается за Папой Римским. В том, что любое избрание будут оспаривать, он мог не сомневаться.
Когда в 1198 году императором стал Филипп Швабский, часть курфюрстов действительно выразила несогласие и выбрала Оттона Брауншвейгского. А Иннокентий III вступил в переговоры с обеими сторонами. В 1208 году Филипп был убит, и Папа короновал Оттона IV Гогенштауфена, признавшего папскую власть над Равенной.
Позже Иннокентий рассорился с Оттоном, отлучил его от церкви и короновал Фридриха II Штауфена — юного внука знаменитого Фридриха I Барбароссы. Занятно, что Иннокентий III с детства Фридриха II по воле его матери, императрицы Констанции, был его официально назначенным опекуном и добросовестно выполнял свои обязанности. Ничто не предвещало последующей борьбы Фридриха II с папством.
Со временем Иннокентий стал регулировать верховную власть в 11 государствах: Германии, Англии, Франции, Португалии, Леоне, Арагоне, Норвегии, Швеции, Венгрии, Болгарии, Польше. Очень важно, что под флагом борьбы за моральную чистоту духовенства он проник в Центральную Европу.