В начале июля 3-й и 4-й дивизионы «щук» были перебазированы в Феодосию. Была попытка базировать лодки в бухте Ак-Мечеть, но, не обеспеченная прикрытием от ударов авиации противника, она оказалась неудачной: выведенные туда из Севастополя 12 августа боевые подводные лодки М-35, М-36 и достраиваемые М-111, М-112 и М-113 с плавбазой «Эльбрус» в первый же день стоянки подверглись налёту самолётов противника и были возвращены в Севастополь. Для обеспечения маневренного базирования малых лодок пришлось перераспределять имеющиеся плавбазы, выделять для этого другие суда.
2-й бригаде были отданы плавбаза ПЛ «Эльбрус», состоящая до этого в 1-й бригаде, и теплоход «Львов», которые нужны были для обеспечения базирования в Балаклаве. 1-я бригада получила взамен «Эльбруса» учебный корабль «Нева», который потом обеспечивал 3-й и 4-й дивизионы в Феодосии.
На какое-то время Черноморский флот «затих», не предпринимая активных действий. В связи с этим потерь боевых кораблей почти не было. Румынский флот активных действий тоже не предпринимал, спрятавшись за минные поля и береговые батареи. Болгария, хоть и числилась союзником Германии, в боевых действиях не участвовала. Но даже снижение активности флота не избавило его от потерь. Причем потерь досадных.
13 июля при выходе из Севастополя эсминец «Беспощадный» из-за навигационной ошибки (опять навигационная ошибка!) сошел с фарватера и сел на мель. Командир корабля капитан 3-го ранга П.В. Глазовский был отдан под трибунал и осужден на 5 лет.
Читая советскую военную историю, можно понять, что на море царило затишье. Но это не так. Военный флот действительно бездействовал, но огромная нагрузка по эвакуации оборудования, материалов, продовольствия и сырья легла на «гражданские» суда. В начале войны плавсредства Наркомата морского флота работали без прикрытия военных, на свой страх и риск, не имея на борту даже информации о своих минных заграждениях.
Как результат, Наркомат морского флота только за июль потерял еще пять судов, два из которых стали жертвами немецких самолетов, а еще три подорвались на своих же минных заграждениях. Так, к примеру, 20 июля 1941 г. у Кыз-Аульского маяка подорвался на минах пароход «Десна», при оказании помощи которому подорвался на минах и затонул морской охотник СКА-043. Погиб командир отряда морских охотников капитан-лейтенант Муратов.
На военных картах в этом районе было обозначено минное заграждение, но, «гражданским» таких карт не давали. 18 июля 1941 г. погиб на своем минном поле в районе Керченского пролива (м. Панагия) грузовой пароход «Кола», (2654 брт, ЧГМП), следовавший в балласте. Потери глупые и досадные, связанные с неорганизованностью и… ведомственными границами. Военные, вывалив в море множество мин, не сочли возможным выделить достаточное количество военных лоцманов на транспортные корабли, а те, что были выделены, не получали «свежей» информации о выставленных заграждениях и о сброшенных немецких донных минах.
Как результат: пять военных лоцманов (те, кто выжил после гибели судов) получили срок от 5 до 10 лет лагерей. Но были ли они реально виноваты? Вряд ли. Просто военный флот мало интересовали дела «гражданские», военные не отвечали за суда «соседнего ведомства».
Как результат, 23 июля немецкие бомбардировщики потопили крупный грузопассажирский теплоход «Аджария» (4727 брт). Корабль прибыл в Одессу без сопровождения и стоял на якоре в ожидании разгрузки. В результате нескольких атак самолетов противника корабль получил повреждения, сгорел и опустился на грунт. Большую часть груза удалось снять. Погибло 4 чел.
Лишь с 28 июля 1941 г. перевозки стали осуществляться в ночное время в конвоях. Причем конвоировали суда не военные корабли специальной постройки, а их собратья, вооруженные одной-двумя универсальными пушками 21К, но имевшие на борту военного лоцмана. Правда, и это не помогло.
В ночь на 28 июля 1941 г. на своих минных заграждениях, поставленных у Крымского побережья, затонул большой пароход «Ленин» (капитан И.С. Борисенко). Судно следовало в голове первого охраняемого конвоя из Севастополя в Новороссийск.
Корабль имел на борту 1257 призывников и неучтенное количество эвакуируемых жителей. По воспоминаниям, вся верхняя палуба была заполнена людьми, численность которых оценивалась в 4 тыс. человек. Точно сказать невозможно, т. к. подсчет людей не велся, контролировалась только осадка судна.
После взрыва удалось спасти не более 500 человек (по другим данным – 257). Трагедия, сравнимая с трагедией «Армении», потопленной немцами 7 ноября 1941 г. Но там были немцы, а здесь…