Противолодочную оборону большинства конвоев обеспечивали 1–2 гидросамолета. С весны отдельные машины стали оборудоваться радиолокационными станциями, что позволяло им вести поиск в ночное время. В то же время малочисленность таких самолетов, недостатки в технике и подготовке не привели к сколько-нибудь заметным изменениям в сложившейся на коммуникациях «оси» обстановке. В течение рассматриваемой кампании немецкой противолодочной авиации удалось добиться одного успеха, потопив 16 апреля в результате дневной атаки советскую подлодку Л-6, которая, по-видимому, ранее получила повреждения в результате бомбардировки глубинными бомбами с эскортных кораблей атакованного ею конвоя и не могла погружаться.
Подводная лодка Л-6 в 1943 г.
В период эвакуации из Крыма участие люфтваффе оказалось несколько большим. На подходах к Севастополю конвои как правило прикрывались одномоторными истребителями, в связи с чем наши ударные самолеты, действовавшие на большом удалении от баз и зачастую не имевшие истребительного прикрытия, старались производить атаки на большем удалении от берегов полуострова. 13 апреля для прикрытия конвоев на всем маршруте их движения из ПВО рейха в Румынию была частично переброшена группа дальних двухмоторных истребителей Bf110, самолетами которой в ряде случаев удавалось срывать атаки наших ударных машин на конвои. С этой же целью использовалась эскадрилья торпедоносцев Не111, переброшенная в 20-х числах апреля в Румынию на случай противодействия крупным надводным кораблям ЧФ, попытайся они сорвать эвакуацию. Тем не менее более чем в половине случаев атакованные в ходе операции вражеские конвои никакого прикрытия с воздуха не имели. К концу операции командование противника увеличило количество двухмоторных истребителей, но с вечера 9 мая люфтваффе были вынуждены прекратить использовать аэродромы в районе Севастополя, в результате чего в решающие дни 10 и 11 мая в районе мыса Херсонес наша авиация смогла действовать практически беспрепятственно. Всего с 4 по 14 мая с целью непосредственного охранения конвоев самолеты противника произвели 434 самолето-вылета Не111 и двухмоторных истребителей, 223 одномоторных истребителей, 142 гидросамолетов и четырех сухопутных разведчиков. За этот же период с целью разведки и поиска подлодок было выполнено еще 245 полетов. В середине июля в связи с участившимися минными постановками нашей авиации на внешнем рейде Констанцы на аэродромы близ города было переброшено звено ночных истребителей Bf110, которым удалось в течение августа сбить четыре наших Ил-4.
Отсутствие достаточного количества минных материалов привело к тому, что до момента оставления Крыма противник выставил лишь одно минное поле – противолодочное (200 мин UMB) 9 февраля у мыса Тарханкут. Зато практически сразу после окончания эвакуации немецкое командование приступило к постановке минных полей, имевших целью усилить противодесантную оборону побережья Румынии. В конце мая было выставлено три заграждения у Сулины (350 мин UMB и 833 минных защитника), в июне три заграждения перед устьем Дуная (300 ЕМС), в июле два заграждения у Мангалии (260 мин EMF и 500 минных защитников) и два перед Жебриянской бухтой (390 UMB и 230 минных защитников). В результате с учетом старых заграждений минами оказалось прикрыто 44 % побережья Румынии и Болгарии, но все они оказались не востребованными, поскольку никаких попыток высаживать десанты в данных районах ЧФ не предпринимал, а советские подлодки развертывались за линией минных заграждений.
Подводная лодка Щ-216
Поиск подлодок группами охотников велся активно, сами группы разворачивались в узлах коммуникаций, а также в районах развертывания субмарин, вскрытых радиоразведкой. Одновременно действовали от 2 до 4 групп охотников от двух до трех кораблей в каждой. В начале года одну из них, как правило, патрулировавшую район мыса Тарханкут, составляли крупные корабли типа КТ, но с марта все они были переведены на непосредственное охранение конвоев. В то же время из-за слабой эксплуатационной надежности и невысоких ТТХ немецких гидролокаторов, а также недостаточной подготовки личного состава случаев обнаружения подводных лодок группами не было, за исключением ситуаций, когда сами группы становились объектами атаки. В одном из таких столкновений 17 февраля охотнику удалось потопить подлодку Щ-216, застигнутую на небольшой глубине. Тем не менее нашими подводниками противолодочная оборона противника оценивалась как довольно сильная, что служило сдерживающим фактором для проявления активности рядом командиров.