В то же время общий объем перевозок снабженческих грузов сократился в марте до 45,6 тыс. т. Это произошло вследствие вынужденного отвлечения части тоннажа на эвакуацию немецких войск из устья Днепра и Южной Украины, что заставило с 20-го числа перевести на эту линию дополнительно пять транспортов, шесть теплоходов и такое же количество морских лихтеров. С 6 апреля была объявлена эвакуация Одессы, для чего были задействованы помимо уже привлеченных судов 11 БДБ. К 9 апреля – последнему дню операции – их число было доведено до 27. Благодаря этому немцам удалось вывезти из Николаева в течение марта 5,3 тыс. т (потери в портах и на погибших судах составили 1,8 тыс. т), из Одессы – 14,3 тыс. т в марте и 48 тыс. в апреле. Помимо этого, из Одессы морем было вывезено 8563 раненых и 10 965 лиц гражданского населения (главным образом немецких вспомогательных служб и фольксдойче).
БДБ F581 и «шнелльбот» во время эвакуации из Крыма
13 апреля, после прорыва советскими войсками вражеских оборонительных позиций на Сиваше и Перекопе, была объявлена эвакуация 17-й армии (план «Адлер»). В этом месяце на полуостров было доставлено только 16,2 тыс. грузов, 1912 солдат, 26 орудий, 10 автомобилей, зато вывезено 83,4 тыс. человек (18,3 тыс. немецких, 26 тыс. румынских и 0,7 тыс. словацких солдат, 7,8 тыс. раненых, 8,1 тыс. вольнонаемного состава, 15 тыс. хиви и солдат восточных формирований, 4,2 тыс. военнопленных, 3 тыс. гражданского населения). После выполнения первого этапа эвакуации наступила пауза, поскольку Гитлер считал, что небольшими силами 17-я армия сможет удерживать «крепостной район» Севастополя длительное время, подобно тому, как это делали советские войска в 1941–1942 гг. Поэтому в начале мая вывозились только ненужные тыловые части – с 1-го по 8-е число включительно из Крыма морем было вывезено всего лишь около 9,5 тыс. человек и 1,4 тыс. т технического имущества. В то же время для пополнения 17-й армии этим же путем было доставлено 1550 солдат, 11 штурмовых и 49 полевых орудий, 8 тыс. т грузов, в т. ч. 5,3 тыс. т боеприпасов. Тем не менее этих подкреплений оказалось недостаточно, чтобы предотвратить прорыв немецких позиций в ходе штурма 7–8 мая, вследствие чего в ночь на 9-е Гитлер дал разрешение на полную эвакуацию.
В этой ситуации немцам пришлось в полной мере испытать и последствия отсрочки с принятием столь важного решения, и всю неполноценность своего импровизированного транспортного флота. Крупных судов было мало, они притягивали к себе внимание летчиков ВВС ЧФ и несли большие потери. Небольшие суда и БДБ оказались малопригодны для плавания в открытом море в свежую погоду. Скорость буксировки лихтеров (3,5–4 узла) не позволяла им выйти за пределы радиуса действия советской авиации за ночное время, в связи с чем от их использования в финале эвакуации пришлось полностью отказаться, что заметно сократило транспортный потенциал немцев. На последнем этапе главную роль играли малые боевые корабли, БДБ и немногочисленные буксиры. Максимальное их количество было послано к мысу Херсонес, на котором после освобождения 9 мая Севастополя сосредоточились остатки войск 17-й армии, с расчетом забрать всех днем 11 мая и в ближайшую ночь. Однако мощные удары советской авиации сорвали дневную погрузку, а общая дезорганизация, бегство большей части морского руководства и трусость отдельных капитанов судов – ночную. Итог эвакуации был таким: морем удалось доставить в Констанцу 31,8 тыс. военнослужащих противника, а не менее 25 тыс. в последнюю ночь эвакуации не попали на суда и были частично уничтожены, а большей частью пленены утром 12 мая.