На появление наших боевых катеров немцы ответили серией налетов (в т. ч. пикирующих бомбардировщиков) 25–27 апреля на Приморско-Ахтарскую и Ейск, в результате которых были потоплены два охотника, пять сейнеров и катер-тральщик, серьезно пострадали портовые и железнодорожные объекты. Оставшиеся три охотника получили легкие повреждения, но уже в ночь на 27 апреля начали выходы на вражеские коммуникации.
В конце апреля 9-я армия начала наступление специально сформированными отрядами на Темрюк через плавни в обход сплошной линии фронта. Один из таких отрядов – две «сотни» (сводные роты из лучших бойцов) 41-й стрелковой дивизии НКВД во главе со старшим лейтенантом П. Ф. Болгарцевым высадился на косу Вербяную с двух охотников в ночь на 1 мая. В ответ немцы перебросили на косу саперными плавсредствами 200 бойцов. Из-за запаздывания других отрядов, которые должны были подойти через плавни и по косе, отряд Болгарцева после тяжелого боя ушел плавнями на восток. Десант потерял треть личного состава (немцы отчитались о его полном уничтожении). Эта высадка заставила немцев усилить охранение побережья.
До конца мая АВФ имела всего три боевых катера, до 22 мая не имела ударной авиации, поэтому немцы продолжали пользоваться морскими коммуникациями практически без помех. 11–13 мая плавдок с большим эскортом со скоростью 4,5 узла шел из Мариуполя в Керченский пролив в течение полутора суток и даже не был обнаружен, не говоря уже об атаке. Перед очередным наступлением войск Северо-Кавказского фронта в ночь на 26 мая был сделан демонстративный выход десантного отряда в направлении Темрюкской бухты, а в ночь на 5 июня – обстрелы побережья там же, но это не произвело на противника должного впечатления. С появлением бронекатеров активность нашей флотилии резко выросла. Участились выходы на коммуникации и высадки разведгрупп, начались обстрелы побережья и портов, набеги на дозоры в Темрюкской бухте. 33 выхода было произведено на высадку и съем разведгрупп. Бронекатера иногда вели огонь с корректировкой с воздуха, иногда сами корректировали огонь батареи БС-723 по району Таганрога. Всего в течение года было произведено 57 стрельб по береговым объектам, включая артподдержку флангов войск. При обстрелах берега неоднократно фиксировались взрывы и пожары. Однако документы противника не зафиксировали сколько-нибудь серьезного ущерба. Все эти действия заставляли противника отвлекать силы на охрану протяженного побережья Азовского моря.
До ухода немцев из Азовского моря катера АВФ совершили 54 групповых выхода на поиск конвоев и дозоров. Из-за проблем с воздушной разведкой и слабых возможностей наблюдения с катеров ночью эти выходы редко заканчивались контактом с противником. В одном из случаев немецкий дозорный катер ОХР сам обнаружил нашу группу, выстрелил сигнальными ракетами и обстрелял ее. А наши катера, как раз выходившие для атаки дозоров, не заметили потенциальную жертву и прошли мимо. Всего в выходах против конвоев и дозоров наши катера участвовали в 11 боях. Еще в пяти случаях наши катера побывали под огнем немецких кораблей, но считали, что их обстреливают с берега, а в одном случае – обменивались снарядами с противотанковой батареей, считая, что ведут морской бой. В боях с конвоями и дозорами были потеряны два бронекатера (оба в ночь на 18 августа), три катера получили повреждения. При прикрытии десанта 30 августа в бою погибла еще одна пара бронекатеров. Ущерб кораблей противника в этих боях ограничился несколькими пулевыми пробоинами.
Чуть больший успех принесли минные постановки. В июле-августе малые охотники и бронекатера выставили на коммуникациях противника 132 якорные мины обр. 1908 г. На них погибли пять плавсредств (буксир, баржа и шхуна из состава конвоев, а также рыболовный бот и катер ОХР). Противник был вынужден ввести частичную проводку конвоев за тралами, усилил траление. Хотя АВФ получила только якорные мины одного типа, противник на всякий случай проводил и неконтактное траление, отвлекая свои силы с Черного моря. Подорвавшиеся немецкие плавсредства стали единственными погибшими в открытом море по боевым причинам. В целом флотилия по описанным выше причинам не смогла создать серьезной угрозы для перевозок противника. За 1943 г. по Азовскому морю прошли более 150 конвоев, в большинстве случаев без всякого противодействия.