Уже к концу декабря 1941 г. Ставка и ее военно-воздушные эксперты ощутили необходимость коренной реорганизации ВВС. Сталин и его соратники хорошо понимали, что опасность, угрожавшая Москве, окончательно не устранена. И прежде всего, со стороны выступа фронта в районе города Ржева. Если немцы нанесут оттуда мощный удар, то произойдет то же самое, что было зимой: над Москвой нависнет угроза захвата!
Главной проблемой, ставшей очевидной уже 22 июня 1941 г., было недостаточно эффективное взаимодействие армии и ВВС. Были приняты срочные меры, чтобы устранить этот недостаток, но этого оказалось мало. Все яснее становилось, что ВВС должны иметь свое собственное командование и стать независимыми. Только тогда они смогут оказать эффективную помощь армии.
Исправить все выявленные серьезные недостатки можно будет только в том случае, если авиация станет независимым родом войск.
Производство самолетов в России уже зимой 1941 г. резко возросло и оставило далеко позади довоенный уровень. А это означало, что в ближайшие месяцы будет обеспечен постоянный приток новых самолетов. Чтобы с помощью этих самолетов создать мощное оружие для всех воюющих частей Красной армии, Ставка приказала произвести в авиации структурные изменения с одновременным обновлением оперативного планирования и повышением эффективности боевых действий.
Выживание советского режима в 1942 г. зависело от того, сможет ли он создать новую боеспособную организацию военно-воздушных сил.
В апреле 1942 г. генерал Новиков сменил на посту главнокомандующего красными ВВС генерала П. Ф. Жигарева. Это назначение оказалось очень удачным. Известный своими знаниями и энергией, Новиков весной 1942 г. осуществил ряд прогрессивных преобразований в советских ВВС.
Взлет Новикова к командным вершинам произошел в феврале 1942 г., когда он стал первым заместителем главнокомандующего советскими ВВС. В этом качестве он посетил авиационные части всех фронтов. Целью его поездки была координация воздушных операций, которые должны были стать частью большого советского наступления. Вернувшись в Москву 20 февраля 1942 г., он со своим штабом приступил к планированию воздушных операций всего Западного фронта. В марте он отправился на север, чтобы спланировать и провести воздушные операции в Ленинградской области.
Вместе с отозванными с фронтов командующими ВВС и специалистами по планированию воздушного сообщения, а также с работниками штаба авиационного резерва Ставки Новиков спланировал и осуществил первые массированные авиационные налеты в поддержку войск на двух фронтах. За эти выдающиеся достижения в стратегии он был назначен главнокомандующим ВВС и заместителем народного комиссара обороны.
Его предшественник, генерал Жигарев, был назначен командующим ВВС на Дальнем Востоке. Таким образом, его перемещение, как это было и прежде, не означало, что его карьера закончена.
Генерал Новиков, отныне главнокомандующий ВВС, в молодости был участником русской революции. По направлению партии, в которую он вступил в 1920 г., он поступил в Военную академию имени Фрунзе и в 1930 г. окончил ее. Оттуда его командировали в авиацию, где тогда ощущалась нехватка образованных офицеров.
Будучи начальником штаба одной из авиабригад, Новиков в 1933 г. сдал экзамен на летчика-наблюдателя. Одновременно с этим он проявил способности не только как летчик, но и, прежде всего, в качестве командира. В 1938 г. его назначили начальником штаба ВВС Ленинградского военного округа, а в 1940 г. он стал командующим ВВС этого округа.
Генерал Руденко считал Новикова выдающейся личностью, чей дар быстро принимать правильные решения особенно бросался в глаза во время оборонительных сражений на Ленинградском фронте. Руденко сказал по этому поводу:
Новиков хотел быстрее модернизировать советскую авиацию, но не стремился, однако, заимствовать все у немцев. Он перенимал лишь те технические и тактические новшества, которые признавал удачными, но и те всегда переделывал на русский лад.