В это же время П. Ф. Лесгафт основал Высшие курсы, на которых студенты получали по его системе образование в области физической культуры и широкие знания по естественным наукам под руководством ученых, работавших в Биологической лаборатории. Вообще-то Лесгафт мечтал об устройстве частного университета, но в то время это было несбыточно.
В таком виде курсы просуществовали до 1905 года, когда, воспользовавшись временной свободой, Лесгафт реорганизовал их в Вольную высшую школу с биологическим, педагогическим и социальным факультетами. Однако Вольная высшая школа существовала не долго и летом 1907 года была внезапно закрыта по совместному распоряжению министра внутренних дел и министра народного просвещения.
Но я успел попреподавать в ней. И пригласил меня туда лично Петр Францевич.
После нашего освобождения в 1905 году из Шлиссельбургской крепости он пригласил работать к себе меня, И. Д. Лукашевича, М. В. Новорусского и В.Н< Фигнер, свою бывшую ученицу по Казанскому университету. Но Вера Николаевна отказалась, мотивируя тем, что «все они — ученые (имея в виду нас), ая вам могу только убирать пыль с ваших препаратов».
В 1906 году я начал читать курс лекций по мировой химии. Студентам демонстрировались некоторые опыты по спектральному анализу. Я и ассистирующий мне М. В. Ново-русский, впервые наблюдая демонстрируемые нами опыты, вместе со студентами приходили от них в восторг.
Жил я тогда достаточно далеко от места, где проходили учебные занятия, и однажды опоздал к их началу, Лесгафт, не терпевший опозданий, дабы избежать их в дальнейшем, предложил мне для проживания одну из квартир на третьем этаже в доме, в котором располагалась Биологическая лаборатория, и на одной площадке с его квартирой. Так завязалась между нами личная дружба. Я счастлив, что судьба свела меня с таким замечательным человеком. К сожалению, 28 ноября 1909 года П. Ф. Лесгафт умер от воспаления почек в Каире, куда он поехал по настоянию врачей.
После его смерти дело П. Ф. Лесгафта продолжал вести Совет Биологической лаборатории, состоявший тогда из девяти пожизненных членов: профессоров Горного института Е. С. Федорова, В. И. Баумана, В. В. Никитина, И. П. Долбни, Н. П. Яковлева и профессоров бывшей Вольной высшей школы С. И. Метальникова, А. А. Красуской, меня и казначея Ф.И Чентуковой. Сергей Иванович Метальников был избран директором лаборатории.