Весь второй этаж занимало отделение физиологии. Здесь был кабинет Л. А. Орбели, рабочие комнаты, предоперационная и операционная, клиника оперированных животных. Здесь стоял лай и собачий запах. Прооперированные собаки лежали в люльках-гамачках; по полу мыкались «глупые» собаки, у которых были удалены большие полушария головного мозга; пытались сохранить равновесие и правильно скоординировать свои движения «умные» собаки, лишенные мозжечка.
Третий этаж — отделение анатомии. Слева — два зала музея, справа — рабочие комнаты и мемориальный кабинет П. Ф. Лесгафта, оберегаемый как святыня. И в залах музея, и в рабочих комнатах на стенах — портреты Петра Францевича; на столах — микроскопы и микротомы, кюветы и инструменты для препарирования, банки с консервированным материалом. Пахло формалином, карболовой кислотой и всякими другими консервантами. Здесь они встретили престарелую женщину в черной вязаной наколке на лысеющей, слегка трясущейся голове. Это была ученица П. Ф. Лесгафта Анна Адамовна Красуская. Многие экспонаты в музее были сделаны ее руками. В большой соседней комнате трудился Сергей Иванович Лебедкин, подвижный, слегка картавящий, с коротко подстриженными усами, в помятом сером костюме. Морозов сказал, что он, увлеченный результатами и перспективами текущих исследований, обыкновенно засиживался подолгу в лаборатории. Близкие знают, что раньше десяти вечера его ждать домой бесполезно. Еще дальше находились комната для изготовления крупных анатомических препаратов и склад музейных банок, реактивов и т. п.
Четвертый этаж почти весь был занят музеем сравнительной анатомии. Но здесь же помещалась и научная библиотека, где посетителей приветливо встретили высокая крупная женщина, заведующая библиотекой Е. А. Зиннаск, и маленькая старушка в кружевном жабо, заколотом старинной брошью, — ее помощница М. А. Грацианская. В центре главного библиотечного зала стоял большой стол новых поступлений, а кругом, до высокого потолка, — стеллажи с книгами и журналами; между ними остались только узкие проходы, куда едва помещались стремянки, которыми пользовались, чтобы сверху достать книгу.
— У нас очень богатая библиотека, — похвастался Николай Александрович. — По всем представленным в институте отраслям науки она получает и книги, и периодические издания, выпущенные в свет как в нашей стране, так и за рубежом (немецкие, английские, американские, французские, голландские и даже некоторые японские). Хотя валюты на приобретение их отпускается немного, но институт сумел найти выход из положения: в соответствующие издательства и редакции высылаются «Известия Научного института им. П. Ф. Лесгафта», а в обмен поступают зарубежные издания. Кроме того, отдельные издательства и зарубежные ученые в знак памяти П. Ф. Лесгафта, из уважения к институту, ко мне, Л. А. Орбели и некоторым другим руководителям отделений присылают свои книги и журналы. В библиотеке есть и беллетристика, собранная еще во времена Лесгафта, а также библиотека-передвижка современной литературы из Дома ученых АН СССР, периодически обновляемая. Недостаток библиотеки — отсутствие читального зала. Его просто негде поместить.
Центральный зал музея сравнительной анатомии — царство разных скелетов: бизона, африканского буйвола, жирафы, лошади Пржевальского, различных зебр и антилоп, взрослого бегемота с маленьким детенышем, человекообразных обезьян, мартышек, тапира, муравьеда и многих других, как редких, так и хорошо знакомых животных.
— В торжественные дни и во время научных сессий это помещение служит нам конференц-залом, — пояснил Морозов. — Тогда скелеты сдвигаются к стенам или частично выносятся в соседнее помещение, и здесь расставляются скамьи с пюпитрами, сохранившиеся еще со времен Высшей вольной школы.
В других комнатах и залах музея — тоже скелеты, чучела, банки с уникальными препаратами внутренних органов самых различных животных.
Через музей они прошли в отделение химии, занимавшее комнаты главного здания, сообщающегося с основным домом по проспекту Маклина. Морозов пояснил, что в связи с небольшим штатом этого отделения часть его помещений была передана сначала физиолого-химикам, а с 1935 года — физиологической группе Е. М. Крепса.
В химической лаборатории грелись стеклянные бани-термостаты с терморегуляторами и чуть слышно жужжали автоматические мешалки, стояли установки для определения электропроводности и концентрации водородных ионов, много другой физико-химической премудрости. В этом помещении находился и кабинет заведующего отделением Ивана Ивановича Жукова, но так как он в лаборатории бывал нечасто (основное место его работы — в университете), здесь работала его сотрудница А. А. Глаголева, которая, как пояснил Николай Александрович, занималась исследованием свойств растворов.