Большинство таких проектов осталось нереализованным. Проходили испытания и совершенно нетрадиционные системы — например, специальные «противосамолетные» осколочные бомбы, сбрасываемые на плотные боевые порядки вражеских бомбардировщиков и оснащенные дистанционными взрывателями барометрического типа (реагирующими на изменение давления, а следовательно, и высоты).
Истребительно-бомбардировочная версия, известная как «Штурмфогель», вначале была представлена типом Ме 262А-2а. От чисто истребительного варианта последний отличался только установкой подфюзеляжных бомбодержателей «Викингершифф» либо ЕТС 504 и соответствующего оборудования. Поскольку самолет должен был совершать бомбометание с пикирования, два первых экземпляра в опытном порядке получили приборы автоматического контроля за режимом полета (TSA). Они получили обозначение Me 262A-2a/Ul, причем пушечное вооружение пришлось уменьшить до двух орудий МК 108. Бомбовая нагрузка составила 1000 кг (одна бомба калибра 1000 кг, либо две 500/250-кг). На варианте Me 262A-2a/U2 проходил испытания гироскопически стабилизированный бомбовый прицел Lofte 7Н, который должен был обслуживаться вторым членом экипажа. Таким образом, возникла новая, исключительно бомбардировочная версия машины, отличавшаяся остекленной передней частью фюзеляжа, в которой лежал бомбардир. Разумеется, пушечное вооружение пришлось демонтировать. Самолет остался опытным (построен единственный экземпляр). Вооруженная четырьмя 30-мм пушками версия Me 262А-3 оснащалась дополнительными бронеплитами и предполагалась к использованию в качестве штурмовика. Собственно, на этом закончилось развитие конструкции Ме 262 в истребительно-бомбардировочном варианте — дальнейшие усилия были направлены на конструирование вариантов перехватчиков.
Единственное исключение составили фоторазведывательные версии, например, Ме 262А-5а, разработанная на основе А-2. В носовой части фюзеляжа вместо пушек устанавливались камеры Rb 50/30 или комплекс Rb 20/30 и Rb 75/30 (два орудия МК 108 сохранены). В полу пилотской кабины было прорезано небольшое окно, через которое летчик мог видеть поверхность земли непосредственно под собой, в поле зрения камер. В полевых ремонтных мастерских стандартные истребители Ме 262А-1а могли быстро переоборудоваться в невооруженную фоторазведывательную модификацию 262A-la/U3. Как А-5а, так и A-la/U3 сохраняли фюзеляжные бомбодержатели, на которые вместо бомб могли подвешиваться дополнительные топливные баки (два 300- или один 600-литровый).
В ходе серийного производства истребителей проводились многочисленные доработки и усовершенствования. Например, рефлекторный прицел Revi 16В мог заменяться на гироскопический Askania EZ 42. Прочие изменения касались установки новых образцов радиостанций и навигационного оборудования, обеспечивающего взлет и посадку в условиях отсутствия видимости (модификация Me 262A-la/U2), а также новые варианты автопилота.
Для облегчения довольно сложного процесса переучивания летчиков на новый самолет фирма «Мессершмитт А.Г.» разработала двухместный учебно-тренировочный вариант с двойным управлением, обозначенный как Me 262В 1а. Для оборудования задней кабины летчика-инструктора пришлось значительно уменьшить объем хвостового фюзеляжного топливного бака. Поэтому на варианте В 1а сохранились фюзеляжные узлы подвески с дополнительными баками. Первые двухместные Me 262В-1а в ноябре 1944 года были направлены в III группу 2-й истребительной эскадры (III.(Erg.)/JG 2) — авиачасти, сформированной в Лехфельде на базе экспериментальной E.Kdo 262. В дальнейшем (с конца 1944 года) двухместные машины, на которых был сохранен полный набор пушечного вооружения (всего построено 15 экземпляров), переоборудовали в ночные истребители (версия Me 262В la/Ul). Эту возможность показали успешные испытания одноместного Ме 262А-1а, оборудованного в Рехлинском центре бортовой РЛС FuG 220 «Liechtenstein» с антеннами в виде «оленьих рогов».
Переоборудованием учебных самолетов в ночные истребители занялась фирма «Blohm und Voss», которая в конечном счете выпустила 12 машин варианта В la/Ul. Последний был двухместным (впереди размещался пилот, сзади — оператор радара), вооружался четырьмя пушками МК 108 и нес в передней оконечности фюзеляжа антенны РЛС FuG 218 «Neptun V» и детектор радиолокационного излучения FuG 350ZC «Naxos» (аналогичный устанавливаемому на подводных лодках), улавливающий импульсы британских радаров FI2S. В задней кабине сохранялись органы управления и упрощенный набор приборного оборудования. На модификации Me 262В la/Ul ручка и педали управления были демонтированы, сиденье оператора сдвинуто вперед, на освободившееся пространство, а за его спинкой размещен увеличенный топливный бак. Кроме ночных истребителей, существовала версия всепогодного самолета, оснащенного приборами слепой посадки — модификация A la/U2.