Поскольку оба варианта ночных истребителей возникли на основе переоборудованных учебных самолетов со всеми вытекающими отсюда негативными особенностями их конструкции, в марте 1945 года разработали новую, специализированную версию ночного истребителя Ме 262В-2а, отличавшуюся удлиненной носовой частью (в ней размещался вместительный топливный бак).
Первый опытный экземпляр имел радиолокационное оборудование, аналогичное B-la/Ul, на последующих планировалось устанавливать новейшие РЛС сантиметрового диапазона FuG 240 «Berlin» с антеннами типа «утренняя звезда», либо помещенные внутрь обтекателя. Вооружение, состоявшее из четырех пушек МК 108, должно было дополняться системой «Schräge Musik» — двумя 30-мм пушками, установленными за пилотской кабиной в вертикальном положении для обстрела верхней полусферы. Новые машины не успели принять участия в боях до момента поражения Германии.
На переломе 1944—45 годов количество подразделений люфтваффе, оснащенных Ме 262А-1а, постоянно возрастало. К первой «реактивной» авиагруппе в составе 51-го бомбардировочного полка вскоре присоединились штабная эскадрилья этой же части, 2-я (II./KG 51) и 4-я учебная IV.(Erg.)/KG 51. Кроме того, была сформирована первая (оснащенная Ме 262А-1а/Т13) часть тактической авиаразведки — так называемая «Оперативная команда Браунегг» (Einsatzkommando Braunegg), позднее переименованная во 2-ю эскадрилью 6-й группы ближней разведки 2./NAGr 6. Первая группа 54-го бомбардировочного полка под командованием подполковника фон Ридзеля (von Riedsei) в это же время сменила свои «Юнкерсы-88/188» на Ме 262А-1а и получила обозначение I./KG(J) 54. Ее база размещалась на аэродроме Гибельштадт (Вюрцбург). Группа понесла большие потери 25 февраля 1945 года, когда во время атаки на соединение американских бомбардировщиков 16 «Мессершмиттов» неожиданно вступили в бой с истребительным сопровождением «Мустангов». Результатом стала гибель командира группы и двух пилотов; пять машин получили повреждения. После этого поражения I./KG(J) 54 была переброшена в район Праги, где и находилась до конца войны.
Поскольку в самом конце войны основной проблемой люфтваффе стала нехватка квалифицированных летчиков-истребителей, вновь создаваемые подразделения, вооруженные Ме 262, преимущественно комплектовались пилотами подвергшихся переформированию частей бомбардировочной авиации. Такие авиагруппы обозначались индексом KG(J), то есть «истребительные на основе бомбардировочных». Эта метаморфоза существенно снизила боевую ценность новой машины, так как вчерашние бомбардировщики совершенно не умели вести воздушный бой и становились легкой жертвой союзных пилотов. К 1 февраля 1945 года в составе воздушного флота «Reich», обеспечившего ПВО германской территории, числилось пять таких единиц: KG(j) 6 в Праге-Рузины, KG(J)7 в Мархтренке (Австрия), KG(J) 30 в Смиршице, уже упоминавшаяся KG(J) 54 в Гибельштадте (затем в Праге-Рузины) и KG(J) 55 в Ландау (Западная Германия). В стадии формирования находились отдельные учебные авиагруппы I.(Erg.)/KG(J) в Пльзене (Западная Чехия) и II.(Erg.)/KG(J) в Нойбурге.
Особняком стояло специальное «истребительное соединение» (Jacgerverband) JV 44, дислоцированное в Мюнхене. После того, как Геринг сместил генерал-лейтенанта А. Галланда с должности командующего истребительной авиацией, последнему в виде компенсации был предложен пост командира этого соединения. Галланду, вступившему в должность в январе 1945 года, была дана особая привилегия — комплектовать новую боевую единицу пилотами по его личному выбору. Главной задачей JV 44 стала борьба с бомбардировщиками, летчикам было предписано всячески уклоняться от встречи с истребителями противника. Соединение применило новую тактику воздушного боя, противоречившую тогдашнему уставу люфтваффе: свободную охоту небольшими группами.
В стандартное вооружение Ме 262А-1а, состоявших на вооружении JV 44, кроме пушек, входили НАР R4/M. Пилоты располагали обычными прицелами Revi 16В, но на лобовом стекле кабины наносились штрихи, в которые укладывались длина и размах крыльев бомбардировщика В 17 на дистанции 600 метров, наиболее выгодной для пуска ракет. Вторая пара рисок обозначала габариты этой машины на дистанции 140 метров, с которой можно было вести эффективный огонь из пушек. В самом конце войны соединение Галланда действовало, базируясь на прямой участок автобана Мюнхен — Аугсбург, передислоцировавшись к моменту капитуляции Германии на аэродром Зальцбурга (кстати, это позволяло избежать атак вражеских истребителей, намертво заблокировавших немецкие аэродромы, на взлете и посадке). В течение первых месяцев 1945 года летчики JV 44 заявили об уничтожении 50 самолетов противника (преимущественно четырехмоторных бомбардировщиков ВВС США).