Согласно версии Абакумова, в поле зрения 2-го Главного управления МГБ Этингер попал не позднее 1949 г. Он «неоднократно допускал враждебные выпады против Вождя, что было зафиксировано оперативной техникой». Уже в ноябре 1949 года рассматривалась возможность ареста Я.Г.Этингера. Однако руководитель личной охраны Сталина генерал-лейтенант Власик передал установку: Этингера и другого крупного ученого — биохимика, специалиста-онколога, Героя Соцтруда И.Збарского (кстати — одного из ученых, мумифицировавших тело Ленина) — перевести на менее заметные должности и уже потом арестовать. Абакумов В.С. - генерал-полковник, министр госбезопасности, его службы установили подслушивающее устройство в квартире Этингера, докладывал в ЦК и Сталину содержание разговоров, которые велись в квартире, принимал участие в допросах Я.Г.Этингера, подписал ордер на арест Я.Я.Этингера.
В своих показаниях Абакумов напоминал, что именно МГБ 15 апреля 1950 г. просило у ЦК ВКП(б) разрешение на арест Этингера. Санкцию на арест тогда вновь не получили. «Такие аресты, как аресты ученых, — писал в свое оправдание Абакумов, — всегда являлись важными и к ним по указанию ЦК ВКП(б) мы подходили всегда с особой тщательностью».
16 ноября 1950 г. Абакумов вновь направил записку, на этот раз — Сталину, в Сочи, с просьбой ждать разрешение на арест Этингера. Эта записка была у Поскрёбышева, затем попала Булганину. Тот запросил Абакумова, «как быть?», и «я, — писал опальный министр госбезопасности, — ему ответил, что Этингер большая сволочь и его следует арестовать, после чего тов. Булганин дал согласие на арест». Обратите внимание, разрешение на арест Этингера дал Булганин, наш незаметный маршал.
Во время допросов Этингера, проходивших с участием самого Абакумова, министр требовал от подследственного признаться, «как он залечил Щербакова». Этингер же пытался объяснить, что Щербаков был тяжко болен, сообщал всякие непонятные и раздражавшие Абакумова медицинские сведения, из которых, однако, следовало, что врачем, лечившим Щербакова, был не Этингер, а Виноградов (Этингер был только консультантом), а называя Виноградова, он ничего отрицательного о нем не показал». Абакумов отвел все обвинения в том, что по его приказу арестованного перевели в холодную камеру, что стало, якобы, причиной его смерти. Содержание заключенного определял сам следователь, которым был Рюмин, «и умер Этингер, придя с допроса от тов. Рюмина».
По поводу Этингера Абакумов отвечал так: «Руководство 2-го управления доложило мне, что Этингер является враждебно настроенным. Я поручил подготовить записку в ЦК. В записке были изложены данные, которые убедительно доказывали, что Этингер — большая сволочь. Это было в первой половине 1950 г., месяца не помню. Но санкции на арест мы не получили… А после того как сверху спустили санкцию, я попросил доставить Этингера ко мне, так как знал, что он активный еврейский националист, резко антисоветски настроенный человек. «Говорите правду, не кривите душой», — предложил я Этингеру. На поставленные мною вопросы он сразу же ответил, что его арестовали напрасно, что евреев у нас притесняют. Когда я стал нажимать на него, Этингер сказал, что он честный человек, лечил ответственных людей. Назвал фамилию Селивановского, моего заместителя, а затем Щербакова. Тогда я заявил, что ему придется рассказать, как он залечил Щербакова. Тут он стал обстоятельно доказывать, что Щербаков был очень больным, обреченным человеком… В процессе допроса я понял, что ничего, совершенно ничего, связанного с террором, здесь нет. А дальше мне докладывали, что чего-то нового, заслуживающего внимания, Этингер не дает.
Правды ради, замечу, что на следствии сотрудник МГБ Лихачев признался, что будто бы перед смертью профессор Этингер действительно признался ему в злодейском умерщвлении Щербакова. Думаю, что это признание было выбито следователями, так как Щербаков не был умерщвлен, а тем более злодейски (см. ниже).
Дело Этингера вел Рюмин, нередко применяя изощренные методы следствия. Существует версия, что будто бы в результате одного из таких допросов Рюмина Этингер скоропостижно скончался и испугавшийся последствий Рюмин накатал телегу на Абакумова. (Напомню — на самом деле, он написал он свой донос после того, как стало ясно, что его накажут за смерть профессора Этингера). Однако из-за бардака, который развел в МГБ Абакумов (см. ниже), нельзя исключить и такую версию — Этингера посадили якобы за нарушение тюремного режима в карцер. В этом помещении человек мог находиться максимум 5–6 часов. Врача же в карцере «по халатности забыли» на сутки и, когда «вспомнили», он был уже мертв.