Чрезвычайно опасным стало обвинение Абакумова, что он, зная об аресте участников «еврейской антисоветской молодежной организации», зная о их показаниях о «террористических планах против руководства партии и государства», не настоял о включении этих показаний в протоколы допроса. Абакумов говорил, что «если мы набьем тюрьмы школьниками, то, кроме презрения, ничего не заслужим». Для Абакумова, как профессионала, главное было убедиться на основании анализа логики поведения при совершении преступления, что перед ним враг. Если логики не просматривалось, как в случае поведения врача Этингера или националистическими еврейскими сосунками — националистической еврейской молодежью, то он считал, что нечего тратить время. МГБ получило данные о создании группкой еврейской молодежи антисоветской организации «СДР», постановившей убить Маленкова за антисемитизм. Но Абакумов запретил ее трогать! Столяров пишет: «Слуцкий, Гуревич и остальные члены группы «СДР», объяснил Абакумов, являлись учащимися 9-10 классов или же студентами-первокурсниками, им было по 15–17 лет, они в основном дети репрессированных, способные только на болтовню. Однажды кто-то кому-то сказал, что хорошо бы убить Маленкова, раз он такой ярый антисемит, вот и все. Серьезных террористических намерений у них не было и не могло быть».
Абакумова обвинили в том, что он прозевал «сионистский заговор». Следствие по делу ЕАК велось при Абакумове. Но дело продвигалось очень медленно. Абакумов, видимо, понял, что дело ЕАК шито белыми нитками и хотел ограничиться небольшими наказаниями. Например, после первой и единственной встречи Абакумов потерял интерес к академику Штерн и отдал дело на «конвейер».
Как видим, никакой реальной вины Абакумова в смерти профессора Этингера нет. Однако бонапартистские устремления Абакумова нервировали вождей. Наконец, Абакумов увлекся расследованием Трофейного дела из которого вышло Лениградаское дело.
Наверное, главным обвинением Абакумова было обвинение в собирании компромата на лидеров СССР. МГБ, руководимое В.С.Абакумовым, выполняло наиболее важные поручения Сталина по политическому контролю над высшими должностными лицами страны. МГБ провело расследование «дела авиаторов», руками сотрудников этого ведомства подготавливалась расправа над Г.К.Жуковым, собирался компромат на Маленкова, других партийных и государственных деятелей. МГБ осуществляло совместно с ЦК КПСС и КПК при ЦК КПСС следствие над обвиненными по «ленинградскому делу».
9 сентября 195О г., менее чем за год до начала «дела Абакумова», было принято Постановление Политбюро п77/310, по которому в структуре МГБ создавалось Бюро 2: которому поручалось: как гласил этот документ: «выполнять специальные задания внутри Советского Союза по пресечению особыми способами вражеской деятельности: проводимой отдельными лицами». Функции этого отдела были исключительно широки: это «наблюдение и подвод агентуры к отдельным лицам», а «также пресечение преступной деятельности» путем «компрометации, секретного изъятия, физического воздействия и устранения». Агентуру для этого Бюро подбирали шоферов такси, парикмахеров, служащих и врачей поликлиник, официантов. Вместе с тем, тщательный, глубоко засекреченный механизм слежки распространялся и на высшее руководство страны. Абакумов становился, таким образом, опасным для многих участником борьбы за власть.
По свидетельству работника МГБ М. Зарубина, Абакумов собирал компромат на Берия и жену Молотова и будто бы у Абакумова при обыске был действительно изъят компромат на Берия и Маленкова. Указанные документы не были приобщены к делу Абакумова и бесследно исчезли. Столяров упоминает о том, что на квартире Абакумова были найдены компрометирующие материалы на некоторых лидеров СССР. Однако документы эти больше нигде не фигурируют. Судоплатов утверждает (может, врет? — С.М.), что почти сразу после назначения Абакумова министром МГБ он предпринял меры, чтобы собрать компромат, достаточный для заведения уголовного дела на Берия. Авторитет Берия в органах ГБ упал до такой степени, что его личный телохранитель полковник Саркисов явился к Абакумову с предложением «стучать» на своего шефа. В ходе расследования было установлено, что по личному распоряжению подчиненного Абакумову министра госбезопасности Грузии Н.М.Рухадзе был организован сбор компромата на самого Л.П.Берия. В квартире у матери Берия в Тбилиси была установлена подслушивающая аппаратура, МГБ «разрабатывал» казавшиеся подозрительными связи мужа сестры Л.П.Берия.