При допросах коллег Абакумова следователи вначале напирали на то, что Абакумов хотел захватить власть. Затем от Абакумова добивались выдачи связей с иностранными спецслужбами. Значит, кто-то подкинул ложную информацию. 22.02.1952 г. Рюмин утвердил постановление, согласно которому расследование дела Абакумова (видимо, ранее оно было в основном уголовным) возлагалось на МГБ. Как только Абакумов очутился в Лефортовской тюрьме, ему сразу надели наручники.
18 апреля 1952 г. Абакумов «написал» Сталину об издевательствах над ним. К. Столяров первым опубликовал письмо Абакумова Сталину из тюрьмы. 22 апреля 1952-го года Абакумов послал письмо, на этот раз адресованное Маленкову и Берии. Вопрос, а почему не Булганину, кто, как я покажу ниже, его курировал, и почему не Сталину, почему не Хрущеву, которого постоянно выдвигают на роль заговорщика, который будто бы курировал органы в то время. Подлинны ли письма Абакумова, не ясно. На письмах есть отметка, что с письмом ознакомлены Берия и Маленков и документ отослан Игнатьеву. Подпись Берия есть, а Маленкова нет. Подпись Берия на обратной стороне письма Абакумова поддельная. Он писал букву «р» с петлей. Не так, как обычно, написана и буква «Л». Думаю, что письма Абакумова из тюрьмы — подделка, задуманная для того, чтобы отвести наше внимание от настоящего крота.
3 ноября 1952 г. Рюмин утвердил постановление о предъявлении Абакумову дополнительного обвинения, где указывалось, что а) он (Абакумов — С.М.) вынашивал изменнические замыслы и, стремясь к высшей власти в стране, сколотил в МГБ СССР преступную группу из еврейских националистов, с помощью которых обманывал и игнорировал ЦК КПСС, собирал материалы, порочащие отдельных руководителей Советского правительства, а также отгораживал чекистский аппарат от руководящих партийных органов; б) опираясь на своих сообщников, проводил вредительскую подрывную работу в области контрразведывательной деятельности.
15 ноября Абакумова 1952 г, перевели в Бутырскую тюрьму. Его снова заковали в наручники, которые снимались только во время принятия пищи. Будто бы, последний раз о деле Абакумова Сталину докладывали 20 февраля 1953 г. На допросе, который состоялся уже после убийства Берия бывший сотрудник МГБ Коняхин показал также, что 20 февраля 1953 г. Сталин будто бы сказал: «Это Берия нам подсунул Абакумова… Не люблю я Берия, он не умеет подбирать кадры, старается повсюду ставить своих людей». Это очередная фальшивка:
ну, не мог Сталин сказать такое о своем заме какому-то полковнику.
Когда 14 ноября Рюмина отстранили от следствия, Абакумова из Лефортова перевели в камеру номер 77 Бутырской тюрьмы. В марте 1953 г. его оставили в покое, прекратив всякие допросы — 13 марта Берия (значит, он к этому времени уже вступил в должность) запретил вплоть до особых указаний допрашивать Абакумова.
Историк Столяров свидетельствует, что 13 марта 1953 г. Столяров упоминает о том, что Берия запретил допрашивать Абакумова впредь до особого указания. «Казалось бы, — пишет Столяров — теперь надо было с извинениями освобождать Абакумова из-под стражи — такой слух мгновенно распространился по коридорам Лубянки». Позднее при министре Берия будто бы начались новые допросы. И опять о этому периоду почему-то нет протоколов допросов Абакумова, относящихся к данному периоду ареста. По крайней мере, о них никто не упоминает и на них не ссылается. После убийства Берия допросы Абакумова стали другими. У следователей появилась идея объединить в одну группу Абакумова и Берия как заговорщиков. Однако известно, что Берия и Абакумов терпеть друг друга не могли.
Генерал-лейтенант юстиции А.Ф. Катусев, познакомившийся в своё время с делом Абакумова, отмечает, что «кроме доноса Рюмина, для ареста Абакумова серьезного повода не было». Есть и другие свидетельства никчемности дела Абакумова. 7 сентября 1953 г. на своём допросе полковник Коняхина показал, что 11–12 марта 1953 г. он был на докладе у Берия и когда очередь дошла до дела Абакумова, Бeрия иронически произнес: «Ну что нашли у Абакумова, кроме его квартиры и барахольства?». Очень странным является факт того, что Абакумова ни разу не допрашивали по поводу Тимашук. Власика спрашивали — Власик валил на Абакумова, но тому такие вопросы почему-то не задавались. Почему?