Одного из генералов пакистанской службы безопасности возмутила речь Шейха. По словам Шейха, офицер угрожал разбить ему голову. Два дня спустя Шейх, дипломированный врач, был уволен из гомеопатической клиники в пакистанской столице, где он преподавал физиологию, и затем арестован по обвинению в оскорблении пророка Мухаммеда и богохульстве — преступлении, которое, согласно пакистанским законам, карается смертной казнью.
Формальным поводом для обвинения стали не слова Шейха во время дебатов, а поступившее в полицию заявление от одиннадцати студентов-исламистов, где были указаны тезисы, которые Шейх якобы собирался выдвинуть в предварительном чтении. Ему приписали высказывания, что пророк не был мусульманином до своего сорокалетия — момента, когда он получил первое откровение от Аллаха; что родители Мухаммеда также не были мусульманами, поскольку умерли до появления ислама; что первый брак пророка был заключен без мусульманского контракта; что Мухаммед не делал обрезание и не брил волосы под мышками и вокруг половых органов, поскольку его род не практиковал данный обычай. "Я услышал во время проповеди в мечети, что те, кто совершают богохульство, заслуживают мгновенной смерти, — сказал один из студентов газете "Нью-Йорк Таймс", намекая на Шейха. — Мы этого не сделали лишь из-за своей слабой веры". Другой студент заметил: "Мы не избили его до смерти лишь потому, что он был нашим учителем". Шейх объяснил, что студенты спрашивали его о бритье волос под мышками и вокруг половых органов, на что он честно ответил, что у арабов до принятия ислама не было такого обычая.
Пока он сидел в тюрьме, его родственники связались с представителями исламского движения, инициировавшими судебный процесс. Они передали им сожаление Шейха, что его слова восприняли как оскорбление ислама. На его извинения генеральный секретарь Абдул Вахид Касми, согласно "Нью-Йорк Таймс", ответил: "Даже если кто-то лишь наполовину осознает, что совершает, когда говорит против пророка, он должен умереть… Сожалеть — недостаточно. Даже если человек сожалеет, он все равно должен умереть".
Несмотря на отвод ряда свидетелей и допущенные процессуальные нарушения, суд состоялся, и в августе 2001 года Шейха приговорили к смертной казни. Вердикт выносился в атмосфере запугивания защитников обвиняемого. Следующие два года Шейх провел в изоляции в камере смертников в Равалпинди без доступа к книгам, газетам и лекарствам от диабета. После длительного рассмотрения апелляции верховный судья приказал пересмотреть дело из-за допущенных первой инстанцией процедурных нарушений. В то же время никто из адвокатов не стал защищать Шейха из страха перед репрессиями со стороны исламистов, так что ему пришлось взять все в свои руки.
Друзьям удалось пронести в тюрьму законы, чтобы он мог подготовиться. Обвинение безуспешно пыталось превратить процесс в суд над еретиком, и в конце концов Шейха признали невиновным. Впоследствии он рассказывал, что во время подготовки к защите его вдохновляла речь Томаса Мора из фильма "Человек на все времена" (1966), основанного на одноименной театральной постановке. Мор, занимавший влиятельный пост лорда-канцлера при Генрихе VIII, в 1532 году оставил эту должность, чтобы не потакать королю, решившему развестись с женой, которая не могла родить ему наследника. Вместо нее король хотел взять в жены сестру своей любовницы. Несмотря на давление, Мор отказался идти на компромисс со своей совестью и нарушить обещание, данное им римско-католической церкви. Его арестовали и позднее казнили. "После смерти вас будет ждать рай, ибо вы поступали по совести, а меня — ад, ибо я пошел против нее. Вы пойдете со мной — за компанию?" — спросил в фильме Мор своих обвинителей.
В действительности он сам не брезговал присуждать еретиков к сожжению на костре. В первые годы английской Реформации благодаря Мору казнили нескольких протестантов, и окажись он судьей в процессе против Шейха, скорее всего, без колебаний осудил бы его на смерть. Конечно, Мор и сам пошел на смерть ради веры, но у него она была тесно связана с нетерпимостью, как и у тех, кто стремился лишить жизни Юнуса Шейха.
В конце 2003 года Юнус Шейх втайне от всех был освобожден из тюрьмы. Как и афганцу Первезу Камбакшу, чтобы избежать самосуда исламистов, ему пришлось скрываться, и в конце концов он принял решение уехать в Европу, где получил убежище в Швейцарии. В Пакистане самосуд над гражданами, обвиняемыми в богохульстве, считается в порядке вещей. Одних обвиняют во время заключения, других— после оправдания или до того, как полиция отреагирует на заявление. Адвокатам, защищающим богохульников, угрожают смертью, а ушедшего на пенсию судью, который оправдал одного из них, в середине 1980-х застрелили прямо на улице города Лахор.