Естественно, что не все новгородцы могли забыть свое независимое житье и еще при Иване III неоднократно пытались отложиться от Москвы. Так, в 1480 г., узнав, что новгородцы опять вошли в сношение с польским королем Казимиром, Иван III подошел с московскими полками и пушками к Новгороду и заставил отворить себе ворота. Все заговорщики во главе с владыкой Феофилом были взяты под стражу и отосланы в Чудов монастырь. Затем 100 главных крамольников были преданны казни, а 100 семей детей боярских и купцов переведены по Низовым городам. В 1487 г. пришлось переселить из Новгорода во Владимир 50 семей лучших купцов, и, наконец, в 1488 г. перевели из Новгорода в Москву и ее окрестности более семи тысяч новгородцев за то, что они намеревались убить великокняжеского наместника. Эта мера оказалась самой действенной для окончательного приведения Новгорода под власть Москвы.
Из книги Л.Н. Гумилева «От Руси до России» :
3. Свержение татарского ига.
Начиная борьбу с Новгородом, Иван III фактически начинал борьбу с новгородско-литовско-золотоодынской коалицией. Покорив Новгород, великий князь одновременно освободил Русь от монголо-татарского ига. Это сделано было не только благодаря возросшей военной мощи Москвы, но и благодаря мудрой внешней политике Ивана III. Коалиции враждебных Москве сил Иван III противопоставил другую коалицию – московско-касимовско-крымскую. Касимовские татары постоянно ходили в походы вместе с московской ратью, например, они сыграли решающую роль в сражении с новгородцами при Шелони, а крымские татары хана Менгли-Гирея, как только литовские или золотоордынские войска выступали в поход на Москву, немедленно совершали опустошительные набеги на территорию врагов их союзника – московского князя.