В наказание за все так называемые «провинности» майора Маргелова с октября 1940 года назначают командиром 15 ОДБ — отдельного дисциплинарного батальона. В этой должности он и встретил Великую Отечественную войну на Ленинградском фронте.
А чем «дисциплинарники» не солдаты? Солдаты! И зачастую — самые боевые и отчаянные. Герой Советского Союза генерал армии П.Н. Лащенко считал, что штрафные подразделения (на уровне которых фактически являлись до войны и «дисциплинарники») были «шансом для оступившегося, смалодушничавшего, совершившего промах, возможностью искупить свою вину, снять с себя черное пятно, часто ценой собственной крови». Вне зависимости от воинского звания военнослужащий мог получить только одно звание — штрафной рядовой. При необходимости штрафники приказом по части могли назначаться на должности младшего командного состава с присвоением званий ефрейтора, младшего сержанта и сержанта.
Отец вспоминал, как он принимал батальон. Прибыл он в его расположение с тремя офицерами, своими заместителями. Никто их не встречал. Остановил он одного бойца и спрашивает, где командование батальона. Тот как-то странно дернулся и указал на стоявший невдалеке блиндаж. Майор Маргелов приказал офицерам ждать его у входа, а сам смело шагнул внутрь. Он, конечно же, знал, что фактически заправляет батальоном какой-то уголовник, дисциплина в батальоне отсутствует напрочь, никакой боевой подготовки. В общем — сплошная анархия. При этом в батальоне было немало боевых офицеров, в том числе старших, а также младших командиров и солдат, попавших под влияние бывших уголовников, пытавшихся установить в дисбате свои порядки, основанные на законах преступного мира.
Войдя в блиндаж, Маргелов увидел здорового верзилу и с ним нескольких человек, сидевших за столом, уставленным бутылками с самогоном и закуской.
— Чего тебе? — спросил недовольно «вожачок».
— Я новый командир батальона, — ответил отец.
В ответ он услышал непотребную брань, обозначавшую пожелание убираться скорее подобру-поздорову в известном направлении. Удар тяжелого отцовского кулака в ухо «вожачку», сразу вернул последнему память — кто он, где он и за что. Тот пулей вылетел из блиндажа и заорал:
— Братва, стройся! Новый командир прибыл!
После знакомства с личным составом батальона майор перед строем призвал своих новых подчиненных оправдать оказанное им доверие, кровью, а если потребуется — жизнью, доказать свою преданность Родине. В конце он добавил, что в случае «бузы» пощады не будет.
После этого начались суровые армейские будни — боевое сколачивание батальона, напряженная боевая подготовка.
— Солдаты! — говорил комбат. — Пусть вам сегодня тяжело морально и физически, но в боях вы сможете показать, что вы настоящие воины. На вашей стороне будет умение побеждать и ненависть к врагу. И скоро вы снова займете свое достойное место в жизни, я в это верю и сделаю все от меня зависящее, чтобы помочь вам в этом!
Бойцы воспрянули духом! Личный пример командира и его забота о них, вчерашних изгоев общества, сделали их настоящими солдатами, готовыми честно и до конца выполнить свой долг перед Родиной. А уж как они любили и уважали своего Батю!
Отец рассказывал, как однажды во время артобстрела он вышел на открытое место — и тут его сбивают с ног и закрывают своими телами трое его бойцов — как бы осколок в Батю не попал! Естественно, такое отношение нужно было заслужить. Еще он говорил, что в начале войны немцев можно было бить очень легко, только нужно было хорошо знать их порядок дня. Хваленый «немецкий порядок» играл против них! Завтрак, обед и ужин зазнавшиеся после молниеносных войн в Западной Европе вояки привыкли получать строго в определенное время — вот тут-то штафники-маргеловцы и «потчевали» их досыта!
Поэт Владимир Белов так описал в своем стихотворении (с некоторыми сокращениями) один боевой эпизод тех дней, рассказанный генералом армии Маргеловым В.Ф. во время их встречи в рабочем кабинете Командующего ВДВ. В образе комполка выведен командир штрафного батальона майор Маргелов. Хотя в стихотворении допущены некоторые неточности (например, перепутано время года — осенью майор Маргелов не мог командовать штрафниками, так как с июля 1941 г. он уже был назначен командиром 3-го гв. стрелкового полка), но, в целом, это эмоциональное произведение достаточно правдиво передает рассказ генерала Маргелова. Полностью стихотворение напечатано в журнале «Подвиг», (вып. 16, изд.!Молодая Гвардия», 1976).