Царь советовался со своими «думцами» по всем государственным делам; с их совета издавались новые законы, с боярского совета решались и дела по управлению. Думные бояре были не только советниками, но и заведовали отдельными частями управления. Когда в Думе заходила речь о военном устройстве, подымался со своего места и давал объяснения тот боярин, который был «судьей», т. е. начальником тогдашнего военного министерства, именовавшегося «Разрядным приказом». Если во главе приказа, о ведомстве которого заходила в Думе речь, стоял человек, не имевший думного звания, его приглашали только на это заседание и выслушивали его. Приглашали иногда в Думу и посторонних «сведущих людей», купцов, духовенство, если нужно было выяснить в деле что-либо этим людям хорошо известное. Часто принимал участие в заседаниях Думы и патриарх, причем он участвовал в обсуждении не одних только церковных дел.
Из думных бояр выбирались опытные люди вести переговоры с иноземными послами. Боярина, члена Думы, посылали ревизовать ту или иную область, из думцев выходили и главнокомандующие войском. Словом, деятельность членов Думы была очень сложна и разнообразна и далеко не ограничивалась только сидением в Думе. Благодаря этой разнообразной деятельности, не все бояре собирались всякий раз на совещание в Думу. В 1531 году считалось 40 человек членов Думы. Из них более половины было в служебной отлучке, так что весь наличный состав совета не достигал 20 человек.
Не всегда и не все дела сразу ставились и сразу же решались в Думе. Дела особенно важные и серьезные, все то, о чем царю приходилось «мыслить тайно», он, прежде чем внести на рассмотрение полного собрания всех думцев, обсуждал с особенно близкими ему по родству, по дружбе или по расположению лицами, как думцами, так и не состоявшими членами Думы. Это была «тайная» или «ближняя» Дума государева. Не всей же Боярской Думе было, напр., обсуждать, как обрядить какое-нибудь необычное торжество при дворе или богомольную поездку государя, как, на всякий случай, устроить из дворцовых доходов хозяйственное положение царицы или царевны. Поговорить обо всем этом было необходимо с теми или другими советниками. Вносить такие вопросы в совет всех бояр и потому еще было неудобно, что дворцовые советники, которые прежде других могли «к тому делу дать способ», т. е. нужные справки – кравчий, ясельничий, дворецкий – часто и не были думными людьми, не ходили в «палату» и не сидели «с бояры».
Нередко возникали дела особенно сложные, при обсуждении которых в Боярской Думе приходилось ожидать, что будет «крик и шум велик и речи многия во всех боярех». Государю надо было подготовить к такому бурному заседанию наиболее влиятельных и важных бояр, состоявших обыкновенно членами Ближней Думы. Эти наиболее родовитые и влиятельные думцы, которым государь «мысль свою объявлял», умели, после собеседования с царем, так подготовить других бояр, что щекотливый вопрос обсуждался в Думе спокойно и проходил без шуму.
Часто, особенно при обсуждении вопросов внешней политики, надо было сохранить в тайне и самое решение дела и причины, по которым оно было решено так, а не иначе. Ведь, когда дело обсуждалось при полном собрании всех думцев, в Боярской Думе, сохранить тайну было трудно: дела докладывались вслух, делались запросы в приказах, призывались в Думу лица не думного звания, а потом как можно было поручиться, что тот или иной думный человек, мало умудренный житейской опытностью, не проболтается в кругу семьи, среди друзей, за веселой пирушкой.
В силу всего этого члены Ближней Думы выбирались всегда самим государем из близких ему людей, не заседавших в Думе, и из бояр-думцев, особенно хорошо ему известных. При выборе членов Ближней Думы царь не руководствовался ни боярским «отечеством», т. е. родовитостью, ни особыми заслугами, а только своим личным усмотрением. При царе Алексее Ближняя Дума явственно становится постоянно действующим учреждением, решающим дела и по управлению и законодательные, часто не внося их на обсуждение всех бояр. Боярская Дума, «все бояре», синклит все реже и реже собирается в последние годы царствования Алексея Михайловича, да и то лишь в торжественных случаях. Первенствующее место в правительстве переходит к Ближней Думе, состоящей из лиц, которых государь призывает для совета, не считаясь ни с породой, ни с заслугами этих лиц.