Грохот взрыва разбудил Марию, которая отправила Босуэлла и капитана городской стражи выяснить, что случилось. Их доклад потряс ее. «Дело ужасное и чрезвычайно странное, неслыханное в нашей стране». Дом был «взорван… с такой силой, что ничего не осталось, ни стен, ни камня на камне, все разбросало по сторонам или разрушило до самого фундамента. Должно быть, это было сделано с помощью подкопа с заложенным туда порохом. Но кто это совершил и как, пока неизвестно».
Мария подумала, что взрыв произошел, когда Дарнли «спал в своей постели». Сначала она, как и все остальные, решила, что ударной волной Дарнли и Тейлора выбросило из дома, и они перелетели через стену и упали в саду. И только потом стало ясно, что это невозможно. Если бы их подбросило в воздух, на телах остались бы ожоги от взрыва, а также синяки и переломы от удара о землю.
Мария встревожилась. Она сама когда-то называла Дарнли «королем Шотландии» и прекрасно понимала, что в Европе его смерть будет воспринята как цареубийство. Самое тяжкое преступление, какое только можно представить. Мария не могла искренне горевать о Дарнли, но была потрясена случившимся. И время было самое неподходящее. Прошло менее двух суток после того, как она приказала Роберту Мелвиллу возвращаться в Лондон и заключить желанное соглашение с Елизаветой. Она даже переступила через свою гордость и написала примирительное письмо Сесилу. В исполненных иронии выражениях Мария пожелала, чтобы он принял ее высокое мнение о нем, несмотря на все их разногласия. Она надеялась, что Сесил станет «доброжелателем всех наших благих дел» — на что имела все основания после того, как простила заговорщиков, убивших Риццио. Но Мелвиллу не позволили вручить это письмо, поскольку новость о взрыве достигла дома Сесила раньше, и ему пришлось выпрашивать аудиенцию.
Как и в случае с убийством Риццио, Мария считала, что заговор направлен против нее. Она была убеждена, что независимо от виновного, преступление «замышлялось не только против короля, но и против нас, поскольку почти всю последнюю неделю мы проводили в этом доме с большинством наших лордов, которые в ту самую ночь находились в городе». Если бы не свадьба Бастиана, она тоже была бы мертва.
Мария была хорошей актрисой, но все же не до такой степени. Она придерживалась традиционных взглядов на божественное провидение и считала, что только вмешательство Бога спасло ее от этого ужасного преступления. Логика ее рассуждений была совершенно ясна: она является помазанной королевой, и Господь на ее стороне. Размышляя о своем решении покинуть Кирк-о-Филд в начале двенадцатого, чтобы успеть на свадебный бал-маскарад, что теперь выглядело почти чудом, она говорила: «Это была не случайность — Бог вложил эти мысли в нашу голову».
Истинные обстоятельства преступления выявить еще труднее, чем в случае убийства Риццио, однако независимые источники все же существуют. Смерть Дарнли описали посол герцога Савойского, синьор ди Моретта, а также представитель кардинала Лотарингского, месье де Клерно. Они оба присутствовали на крестинах принца и готовились к возвращению домой. Затем свежие свидетельства собрал Дрери, рукописные доклады которого содержат точное описание местоположения дома на Кирк-о-Филд и сада, где были найдены тела; попытка разобраться в этом загадочном убийстве явно доставляла ему удовольствие.
Существуют две версии рассказа ди Моретта. Согласно первой, Дарнли услышал, как убийцы пытаются проникнуть в дом, открыв дверь дубликатами ключей. В те времена в качестве обычной меры предосторожности ключ оставляли в замке двери, чтобы блокировать замочную скважину, бесшумно вытолкнуть ключ невозможно. Только после этого двери можно было открыть дубликатами ключей. Дарнли выглянул из окна спальни, выходившего в переулок. Увидев вооруженных людей, он осознал грозящую ему опасность, ринулся вниз и попытался спастись бегством. Но дом был окружен. Дарнли поймали и задушили. Затем подожгли длинный фитиль, ведущий к взрывчатке.
Недостаток этой теории заключается в следующем: в ней ошибочно полагается, что Дарнли был убит в саду бывшего дома настоятеля внутри городской стены, тогда как его тело нашли совсем в другом месте, за Воровским переулком, по другую сторону стены. Кроме того, зачем кому-то пытаться проникнуть в дом, который должен с минуты на минуту взлететь на воздух? И зачем взрывать дом, если Дарнли уже мертв?
Первая версия Моретты не слишком правдоподобна и противоречит свидетельству кузена Босуэлла, Джона Хепберна. На допросе у Морея Хепберн признался в том, что готовил взрыв, но упорно отрицал, что прикасался к Дарнли или даже видел его. Он заявил, что вместе с сообщниками поджег фитиль, затем запер все двери дома и отошел на безопасное расстояние, ожидая взрыва. Дарнли мог услышать звяканье ключей — злоумышленники не пытались проникнуть в дом, а запирали дверь снаружи. Если дубликаты ключей оставили в замках, то выходы оказались блокированными, и Дарнли был вынужден бежать через окно, чтобы не тратить драгоценного времени, отпирая двери.