Как и в другие великие эпохи пиратства, люди самых разных национальностей присоединялись к шайкам корсаров, привлекаемые их успешной деятельностью и полной безнаказанностью. Пиратские флотилии начали нападать на корабли в Эгейском море и даже в западной части Средиземного моря. Обнаглев, они атаковали итальянские и римские купеческие суда, а также суда, перевозящие ценности и собранные налоги.
После 50-летнего снисходительного отношения римское правительство решило принять серьезные меры против пиратов. Но теперь они были слишком сильны, и потребовалось в течение 35 лет (102 — 67 годы до н. э.) вести жестокую войну прежде, чем римские легионы смогли наконец захватить киликийские базы корсаров. В 102 году до н.э. римский Сенат послал к Киликии флотилию под командованием Марка Антония (1). Два следующих года римские корабли проводили морские операции у киликийского побережья. Цель этой экспедиции заключалась лишь в устрашении пиратов, постоянной римской базы на Киликии не было создано.
В это же время Сенат принял Закон о пиратах (101 — 100 годы до н.э.), согласно которому корали и города-государства восточного Средиземноморья должны были закрыть свои гавани для пиратов. Ранее (в 104 году до н.э.) Сенат постановил, чтобы правители римских провинций освободили из рабства всех свободных по рождению граждан союзных Риму стран. Закон о пиратах причинял корсарам серьезный ущерб, не позволяя продавать пленников на невольничьих рынках крупных городов. Отныне пираты стали злейшими врагами Рима.
В 89 году до н.э. на северо-востоке Малой Азии понтийский царь Митридат начал войну за изгнание римлян с Востока. Понтийские армии вскоре заняли Малую Азию, и Митридат намеревался идти на запад в Грецию. В течение лета 88 года до н.э. он лично руководил безуспешной осадой Родоса, единственного из союзников Рима, имевшего свой флот. В конце того же года Митридат приобрел союзника, антиримскую группировку в Афинах. Он послал небольшое войско для защиты города и центральной Греции, пока его основные силы в 87 году до н.э. атаковали Фракию и Македонию.
Киликийские корсары вместе с Митридатом сражались против римлян, образуя основную часть его военно-морских сил. Главная особенность стратегии Митридата состояла в достижении господства на море, чтобы помешать римлянам атаковать его базы в Малой Азии. Поскольку Рим не держал флот в этой области, военно-морские силы были лишь у Митридата. Но он не мог использовать свой флот против римлян. Его армии нуждались в каждом корабле для собственных целей — блокады Родоса и перевозки солдат и припасов через Эгейское море в Грецию. Митридат вступил в прочный союз с киликийскими корсарами, они помогали ему в сражениях и мешали морским перевозкам Рима по Эгейскому и Адриатическому морям.
Флот корсаров под руководством Менофанеса разграбил богатый остров Делос. Пираты потопили в 86 году до н.э. римскую флотилию у Бриндизи в юго-восточной Италии. Корсары контролировали также восточное средиземноморское побережье Греции. Их флот доставил серьезные неприятности римскому генералу ЛУКУЛЛУ, который напрасно потратил два года (87 — 85 годы до н.э.), пытаясь нанять военные корабли в Сирии и Египте.
Летом 86 года до н.э. римский полководец Сулла разбил понтийские армии в Греции. По Дарданскому договору (85 года) Митридат отдавал все завоеванные им территории в Европе и Азии. Сулле удалось нанести поражение сухопутным армиям Митридата, но моря оставались под контролем киликийских корсаров. Количество их кораблей стало настолько внушительным, что корсары напоминали регулярные военно-морские силы, а не разбойничьи шайки.
Несмотря на договор, киликийские корсары продолжали бесчинствовать по всему Эгейскому морю. На западном побережье Турции они захватили города Иазус и Клазомена, а также остров Самос. Они бесстрашно напали на остров Самофракию, взяв добычу стоимостью 1000 талантов, в то время, когда на острове находился военный лагерь самого Суллы.
В течение следующих двух десятилетий, пока в 67 году до н.э. Помпей не разгромил их, пираты находились в зените своего могущества. Они снова стали союзниками Митридата во время его третьей войны с Римом (74 — 66 годы до н.э.). Когда в 72 году до н.э. римляне прогнали флот Митридата из Эгейского моря, киликийские корсары перешли в порт Синопе (современный СИНОП) на Черном море. СЕЛЕВК, руководивший обороной Синопа, почти год (71 — 70 годы до н.э.) смог выдержать осаду римлян.
Хотя пираты сражались на стороне Митридата, они превратились в совершенно независимую силу. Пираты контролировали все побережье Киликии и сделали Корацезиум мощной крепостью. Купцы Сайда и Атталии активно участвовали в их преступлениях, и предводитель пиратов Зеноктес был фактическим правителем западного берега Памфилийского залива. Подобно своим последователям на берберском побережье, корсары широко использовали труд захваченных рабов, приковывая их к месту выполнения работы.