Грунтовые могильники с каменными ящиками не сохранили внешних признаков, однако в древности некоторые из них могли иметь надмогильные сооружения. Так, могильник у склона горы Таркитау (юго-западнее Махачкалы) имел небольшие каменные выкладки-оградки, вытянутые с севера на юг, и стелы. Некоторые могилы были отмечены обломками скал (Марковин В.И.
, 1969а, с. 33, рис. 10). Стелообразными камнями был отмечен один из ящиков Новодейбукского могильника (сел. Казмаляр; см.: Марковин В.И., 1980а, с. 35). У сел. Старый Чиркей (местность Бураганшоб) обнаружена кольцевая каменная оградка над ящиком 3. Диаметр ее около 2 м (табл. 106, 8; Путинцева Н.Д., 1959, с. 16; Марковин В.И., 1969а, с. 33, 34, рис. 11). Каменная оградка в виде полукольца окружала захоронение 22 в ящике на Таркинском могильнике (Смирнов К.Ф., 1951, с. 236, рис. 4). Каменным кольцом был обрамлен и каменный ящик в кургане 4 третьей группы у сел. Миатлы (Канивец В.И., 1959, с. 40; Костюченко И.П., 1959, с. 101, 102). Выкладки из отдельных камней и валунов располагались вокруг некоторых захоронений Харачоевского могильника (погребения 2, 16, 31, 42, 43). В диаметре подобные ограды достигали 7 м. Выкладки зафиксированы и на могильнике Гагатль (Круглов А.П., 1958, с. 53, 54, 130). Можно думать, что в свое время они были видны на поверхности кладбищ.Стелы — вертикально поставленные камни, помимо могильника у горы Таркитау, отмечены у отдельных могил в Харачое (погребения 22, 39) и на Таркинском могильнике. Возвышались они у головы и иногда одновременно служили боковой стенкой ящика.
Однако могильники содержат не только каменные ящики. В одном лишь Харачое обнаружены захоронения под завалом камней (погребение 15), в округлых и прямоугольных ямах, обложенных по краям камнями (погребения 17, 21, 25, 26, 37; табл. 106, 3
), в простых ямах без обрамления (погребения 28, 29, 41, 44, 48) и в яме, обложенной деревом (погребение 22). Такие захоронения (Круглов А.П., 1958, с. 52, 53 и др.) от всех 53 раскопанных могил в Харачое составляют примерно 1/5 часть. В Каякенте неизвестны могилы вне ящиков, а в Таркинском могильнике было исследовано одно захоронение (8), вероятно совершенное в яме, но сверху перекрытое каменной плитой (Крупнов Е.И., 1951б, с. 215). Вполне возможно, что обилие ям в могильниках данной культуры и предшествующего времени является локальной, специфической особенностью для территории Чечни. Так, захоронения в могильнике у сел. Бачи-Юрт обнаружены только в ямах, а этот памятник, судя по инвентарю, смыкается с каякентско-харачоевской культурой (Ошаев М.Х., 1979, с. 51–70).В Харачоевском могильнике был исследован также один склеп (погребение 36; табл. 106, 10
). Он был составлен «не из вертикальных камней, а из хорошо подобранных камней, положенных в несколько рядов; для заполнения щелей между большими камнями вставлены мелкие камни» (Круглов А.П., 1958, с. 131. рис. 54). Это могильное сооружение в памятниках культуры занимает одиночное положение, но находит многочисленные аналоги в памятниках предшествующего времени (Гатын-Кале, Миатлы, Гинчи и др.).Захоронения на некрополях имеют четкую планировку. Независимо от типа могильных сооружений (ящики, ямы) расположены они правильными рядами (Каякент, Харачой, Талги, Гагатль и др.; см.: Круглов А.П.
, 1958, с. 54, 55, 100, рис. 22; Исаков М.И., 1957, с. 127, рис. 52; ОАК за 1898 г., с. 141, рис. 1). В Таркинском могильнике ящики были расположены в один ряд (Смирнов К.Ф., 1951, с. 246).Основная масса погребений харачоевского могильника ориентирована по длине с юго-запада на северо-восток (24 могилы), с юга на север (20 могил) и с юго-юго-запада на северо-северо-восток (восемь могил). Могила, вскрытая в сел. Дарго, была вытянута с юго-запада на северо-восток (Круглов А.П.
, 1958, с. 100), ящики сел. Ишхой-Юрт ориентированы с юга на север (Марковин В.И., 1969а, с. 36, рис. 14). Иное направление имели гробницы у сел. Белгатой — они были вытянуты с востока на запад (Круглов А.П., 1958, с. 97), преимущественно с такими же ориентировками зафиксированы ящики и в Каякенте, хотя здесь встречены также захоронения, лежавшие по направлению с севера на юг (ОАК за 1898 г., с. 142; Крупнов Е.И., 1940, с. 8).