Но Дубчек был просоветским деятелем. Он, как и другие центристы, не хотел кардинально менять в Чехословакии социализм. Это он объяснил Брежневу, Ульбрихту, Живкову и Гомулке 23 марта на встрече членов Организации Варшавского Договора в Дрездене. Под давлением центристов 5 апреля была опубликована «Программа действий КПЧ», в которой говорилось о том, что у ЧССР есть свой путь к социализму. И строительство его невозможно без демократизации всей общественно-политической системы. Партия в таких условиях выступает не как руководящая сила, а просто служит делу свободного социалистического развития.
Началась реорганизация социал-демократической партии, в стране назревала реальная многопартийность. Газета «Правда» с середины июня начала критиковать отдельных членов КПЧ. 14 июля в Варшаве состоялась чрезвычайная встреча руководства стран ОВД, на которую представители Чехословакии приехать отказались. В процессе обсуждения чехословацких событий Тито и Чаушеску выступили в поддержку КПЧ. Они считали, что всё происходящее в ЧССР является внутренним делом этой страны.
19 июля в «Правде» сообщалось об обнаружении в Чехословакии американского оружия, переправленного из ФРГ. Отмечалось также, что Чехословакия недостаточно защищена от Запада. По инициативе советского руководства в Чернее-над-Тиссой проводились переговоры с чехословацкой делегацией. Переговоры шли трудно и продолжались 4 дня. Наконец делегации переехали в Братиславу, где 3 августа было подписано коммюнике, в котором фиксировалось право ЧССР проводить реформы по своему усмотрению при выполнении всех обязательств по отношению к ОВД.
Но прогрессисты истолковали это как слабость советского руководства и неготовность применить силу. Они всё больше начали оказывать давление на центристов. Руководство ЧССР надеялось также, что США не допустит силового воздействия со стороны СССР. И это было ошибкой. Они не учли реакцию США на события в ГДР 1953 года, на события в Венгрии 1956 года, на строительство Берлинской стены в 1961 году. В Праге и других городах распространялись слухи «Запад нам поможет».
В этой обстановке первый секретарь словацкой компартии Васил Биляк и ещё 18 видных партруководителей 3 августа тайно направили Брежневу письмо с просьбой о военной помощи в смещении Дубчека. Предлагалось это сделать до 19 августа, так как 20 августа должен был собраться Президиум ЦК КПЧ.
После подписания в Братиславе соглашений в стране начали проводиться хорошо организованные демонстрации, призывающие к более жёсткому курсу по отношению к СССР и к нейтрализации Чехословакии. 16 августа многие чехословацкие газеты начали дружно в жёстком и антикоммунистическом тоне требовать от руководства дальнейшей либерализации. Советскому руководству стало ясно, что руководство ЧССР утратило контроль над ситуацией. «Правда» призвала Дубчека навести порядок и обеспечить выполнение того, что было согласовано в Братиславе. Но ситуация не улучшилась.
18 августа маршал Гречко собрал весь руководящий состав Вооружённых сил СССР и сказал: «Я только что вернулся с заседания Политбюро. Принято решение на ввод войск стран Варшавского договора в Чехословакию. Это решение будет осуществлено, даже если оно приведёт к третьей мировой войне». Операция получила название «Дунай». В ночь с 20 на 21 августа в эфире прозвучал сигнал «Влтава-666», и операция началась.
В течение 36 часов около 30 танковых и мотострелковых дивизий СССР и его союзников оккупировали страну в самом центре Европы. По своим масштабам это была самая грандиозная стратегическая акция в послевоенный период. В боевую готовность всего были приведены 70 дивизий ОВД. Считавшаяся одной из лучших в Европе 200-тысячная чехословацкая армия получила соответствующий приказ и оставалась в казармах. В 6.00 советской танковой колонной был взят под контроль генштаб, к 7.00 было взято здание правительства, к 9.00 под контролем оказались почта, телеграф, теле- и радиоцентры. В 9.00 в кабинет Дубчека вошли десантники. Дубчек, Черник, Смрковский и Кригель были арестованы службой госбезопасности ЧССР. Арестованные были переданы советской стороне и обвинены в саботаже и срыве ранее достигнутых соглашений.
Для народа СССР вторжение войск советская пропаганда оправдывала якобы существовавшей тайной угрозой Чехословакии со стороны ФРГ. Сообщалась выдумка о том, что в Чехословакию под видом туристов прибыли десятки тысяч германских военнослужащих, готовых по сигналу провести военные действия. Основная масса советских людей этому верила и ввод войск одобряла.