Однако население Чехословакии, в отличие от армии, оказывало акции гражданского неповиновения, митинги, забрасывало танки камнями и бутылками с зажигательной смесью. Советские солдаты оставались сдержанными. Однако представители других стран пресекали провокации огнём на поражение. Войсками ОВД был получен приказ открывать огонь только в ответ. В результате несчастных случаев и столкновений погибли от 100 до 300 чехословаков и примерно столько же советских солдат. Чрезвычайный XIV съезд КПЧ 21 августа выступил с осуждением ввода союзных войск.
В тот же день США, Англия, Франция, Канада, Дания и Парагвай выступили в Совете Безопасности ООН с требованием вынести «чехословацкий вопрос» на заседание Генеральной Ассамблеи ООН. Позднее представитель ЧССР потребовал снять этот вопрос с рассмотрения ООН. С осуждением военного вмешательства в дела ЧССР выступили и некоторые страны социалистической ориентации – Албания, Китай, Румыния и Югославия.
Всё высшее руководство ЧССР вечером 21 августа было доставлено на двух бронетранспортёрах в аэропорт, вывезено в штаб Северной группы войск в Польше, переправлено в Закарпатье, а затем в Москву для переговоров с советским руководством. Важную роль в этом сыграла мужественная позиция президента Людвига Свободы. Он был вполне лоялен к СССР, но в данный момент поставил условие: арестованные руководители должны быть освобождены и принять участие в переговорах. Советское руководство вынуждено было уступить. Арестованных освободили и с почестями приняли в Кремле, как официальную делегацию. После тяжёлых четырёхдневных переговоров команда Дубчека подписала соглашение, одобряющее ввод войск. Дубчек 27 августа прибыл в Прагу и обратился к народу. Речь ему давалась с трудом. Он заявил, что всё происходящее является временными мерами, и что надо верить ему, Дубчеку.
Но ситуация в стране от этого не стала менее напряжённой. Национальное собрание Чехословакии объявило ввод войск нарушением хартии ООН. В городах проходили демонстрации с антикоммунистическими и антирусскими лозунгами. Началась эмиграция из страны как форма протеста. В первый же месяц уехало 50 тысяч человек, а всего покинуло страну 300 тысяч. В связи со сложившейся ситуацией 4 ноября по указанию советского руководства 25 дивизий было выведено из страны.
На Западе Пражскую весну рассматривали как возможность сменить правительство на более прозападное, с которым можно было бы продолжить расшатывание соцлагеря. Поэтому в период холодной войны ввод войск ОВД был вполне оправданным. Ведь в уставе НАТО тоже сказано, что в случае дестабилизации положения в стране – члене НАТО, угрожающей дестабилизации в других странах – членах НАТО, организация имеет право на военное вмешательство. Не говоря уже о США, которые вводят свои войска в любую страну, если там возникает угроза их интересам.
Ввиду того, что в это время наблюдалась повышенная активность войск НАТО у чехословацких границ, часть советских войск осталась на территории ЧССР «в целях обеспечения безопасности социалистического содружества». Это было зафиксировано в договоре, подписанном 16 октября 1968 года между правительствами СССР и ЧССР. В этом договоре говорилось также об уважении суверенитета ЧССР и невмешательстве в её внутренние дела.
Однако ввод войск уже кардинально изменил курс чехословацкого руководства. В стране прекратился процесс политических и экономических реформ. В апреле 1969 года на пленуме ЦК КПЧ первым секретарём был избран Густав Гусак, а в декабре 1970 года был принят документ, осуждавший политический курс Дубчека и его окружения. Так закончилась «Пражская весна».
Дубчека вначале отправили послом в Турцию, а через два года исключили из партии и сослали в одно из лесничеств Словакии, где он работал слесарем-механизатором. В годы перестройки во время «бархатной революции» Дубчек вновь был востребован обществом и в 1989 году был избран главой Федерального собрания. В Словакии он мог стать её первым президентом, если бы не попал в странную автокатастрофу. 1 сентября 1992 года Александр Дубчек на автомобиле BMW направлялся в Братиславу, сидя рядом с водителем. Машина успела отъехать от Праги около 90 км, когда при хорошей погоде на прямом участке пути вдруг вылетела с проезжей части шоссе. Дубчек получил тяжёлые травмы и через два месяца скончался…
Как позднее рассказывали специалисты, причиной ввода войск явились два фактора. Первый заключался в действиях тогдашнего советского посла в ЧССР. Он панически воспринимал статьи чешской прессы, ставшей более свободной, и пугал Москву потоком донесений. В них сообщалось о том, что в Чехословакии при попустительстве руководства страны творится чёрт знает что, назревает угроза социализму. На самом деле не было никаких планов выхода из СЭВ и Варшавского договора.