Параллельно Совнаркому существовали другие органы власти, не признававшие Октябрьскую революцию. А. Демьянов вспоминал: «В дни перехода власти к большевикам жизнь в министерствах шла своим чередом… Министерства как учреждения продолжали существовать, а вместе с ними продолжали существовать и чиновники… Они выделили из себя особые комитеты для выработки общих директив, как вести себя с большевистским начальством. Комитеты отдельных министерств снеслись между собою, и в конце концов создался единый центральный орган, руководивший деятельностью чиновников в этом отношении. Этот центральный комитет объединил в себе почти все ведомства, он действовал почти открыто. В секрете не могли держаться его заседания, и большевики отлично знали о его существовании… Чиновники решили применить на службе саботаж… Этот саботаж чиновников на первое время много крови испортил большевистским комиссарам».
В то же время центральный комитет министерств попытался стать параллельным правительством России. Во главе его встали люди из так называемого малого совета министров, существовавшего еще при Временном правительстве и председателем которого был А. Дементьев. Сразу после ареста Временного правительства Дементьев собрал на частной квартире заместителей арестованных министров (их именовали «товарищами министров»). Он вспоминал: «С этого дня заседания совета министров сначала в составе одних товарищей министров, а затем тех же товарищей министров и министров, выпущенных из Петропавловской крепости на волю». (Вопреки легенде о том, что министры Временного правительства были казнены, многие из них вскоре после ареста были освобождены.)
Первое время председателем Совета министров России считался А.Ф. Керенский. По словам А. Дементьева, «с ним удалось снестись… Популярность и авторитет Керенского после неудачи его наступления на Петербург катастрофически падали. Керенский сам, по-видимому, это сознавал и, не желая мешать деятельности подпольного правительства, послал ему свой отказ от звания председателя совета». Председателем Совета министров был избран бывший министр продовольствия Временного правительства С.Н. Прокопович (он был уже освобожден из заключения).
Продолжали собираться и члены разогнанного после Октябрьской революции Совета республики (так называемого предпарламента), которых возглавлял председатель Совета правый эсер Н.Д. Авксентьев. С целью объединить антибольшевистские силы А. Дементьев пригласил на одно из заседаний представителей Совета республики, а также Комитета спасения родины и революции. По решению подпольного правительства А. Дементьев был направлен на юг к Каледину, с тем чтобы согласовать действия антибольшевистского подполья в Петрограде и мятежников на Дону.
Несмотря на почти открытую антисоветскую деятельность этих центров в Петрограде, большевики не предпринимали ничего для того, чтобы их остановить. В значительной степени это было вызвано слабостью новой власти, которая не могла еще взять ситуацию под контроль. К этому времени покинули госучреждения многие опытные служащие. На место бездушных, но компетентных чиновников приходили молодые комиссары, полные идей о прекрасном коммунистическом будущем, но лишенные реальных представлений о промышленности и сельском хозяйстве, коммунальных услугах и делопроизводстве.
Даже в высших эшелонах советской власти дела тормозились бесконечными совещаниями людей, опыт, знания и чувство ответственности которых зачастую не соответствовали занятому ими высокому государственному положению. Многие из членов партии плохо представляли себе, как воплотить в жизнь прекрасные идеи о счастливом коммунистическом обществе. Занимаясь с юности лишь антиправительственной пропагандистской деятельностью, они воспринимали государство лишь как извечного врага, которого следует уничтожить. Некоторые из них, пробыв годы в эмиграции среди социал-демократов Западной Европы, приучились воспринимать политическую деятельность как оппозиционную и не были готовы к ответственной государственной работе. К тому же они переняли пренебрежительное отношение к России, распространенное в западноевропейской социал-демократии, а потому считали, что Россия не способна возглавить движение человечества к социализму и рассматривали свою деятельность во главе России лишь как пропагандистов новой жизни для остальной Европы. Так, в первые месяцы своей работы во главе Наркомата иностранных дел Троцкий заявил: «Какая такая у нас будет дипломатическая работа? Вот издам несколько революционных прокламаций к народам и закрою лавочку».