Новые фавориты во всём потакали царю, одобряли его войну с Ливонией, которая длилась 25 лет (1558–1583), истощила Русское государство до последней степени, заставила Иоанна в 1565 году учредить опричнину и с целью пополнения опустевшей казны начать массовый террор и передел собственности. Опираясь на опричников, во главе которых стояли его фавориты, Иоанн разделил российское население на две части: опричнину и земщину — и, натравив опричнину на земщину, осуществил геноцид русского народа. Он ограбил и потопил в крови Великий Новгород, ограбил Псков, проводил зверские казни бояр, окольничих и других «чинов» Государева двора, не щадя ни ближайших родственников, ни своих приближённых, ни духовных лиц, уничтожив своего двоюродного брата Владимира Андреевича Старицкого с семьёй, митрополита святого Филиппа (Фёдора Степановича Колычева) со всеми его многочисленными родственниками и многих других. В Великом Новгороде он грабил церкви и убивал священников, пытавшихся противостоять ограблению церковной казны и богатств, отданных прихожанами на хранение в монастыри.
Его фавориты вместе со своим благодетелем-царём участвовали в зверских казнях, а затем в страшных оргиях, где напивались до бесчувственного состояния, развратничали, насиловали девушек и женщин, пойманных на улицах, творили грех, в том числе и содомский, и противоцерковный. Обосновавшись вместе со своими фаворитами-бандитами в Александровской слободе под Москвой, Иоанн после страшных зверств во время казней, а затем после безумных оргий, ночью будил опричников, они надевали монашескую одежду, шли в церковь и там истово молились, замаливали свои грехи, причём Иоанн выступал вместо священника, что считалось Церковью великим грехом и святотатством.
Как и предсказывали члены Избранной рады, война с Ливонией обернулась многолетним несчастьем, унесшим тысячи жизней молодых русских воинов. Он начал войну с Ливонским орденом, но против него в войну вступили Швеция и Литва, а затем и Польша. «Самый умный» царь, упрямо не послушавшийся своих советников, которые его вместе с семьей будто бы очень сильно притесняли, в письмах жаловался Андрею Курбскому: «И так мы пребывали в таком гонении и утеснении, и росло это гонение не день ото дня, а час от часу; все, что было нам враждебно, — усиливалось, все же, что было нам по нраву, — уничтожалось. Вот какое тогда было православие! Кто сможет подробно перечислить все те притеснения, которым мы подвергались в житейских делах, во время путешествий и во время отдыха, в хождении в церковь и во всяких других делах?» Этот «самый умный» царь, безуспешно воевавший с Ливонией 25 лет (а за это время хан Девлет-Гирей не только разорял южные окраины Московского царства, но сжёг Москву), поступивший соответственно своей воле и соображениям, закончил эту войну в мае 1583 года со значительными территориальными и людскими потерями: утратой Нарвы, Яма, Копорья, Ивангорода и других русских городов вместе с их жителями и утратой тысяч и тысяч погибших в битвах молодых людей.
Осенью 1572 года Иоанн вынужден был отменить опричнину, которая настолько истощила людские ресурсы, что не с кого было собирать налоги. Псковская летопись насчитывает погибших от зверств опричников до 60 тысяч человек. Но, отменив опричнину, Иоанн сохранил эту идею как весьма прибыльную, и в духовном своём завещании 1572 года он написал: «Что я учредил опричнину, то на воле детей моих, Ивана и Фёдора; как им прибыльнее, так пусть и делают, а образец им готов».
Уж если Грозный, уничтожая первую группу своих фаворитов, так много сделавших для своей Отчизны, не постеснялся обвинить их в каком-то смехотворном «утеснении» его «во время отдыха и в хождении в церковь», то в условиях полного краха его самостоятельного правления со своими советниками он должен был все неудачи свалить на своих новых фаворитов, тем более что они отличались зверскими расправами с неповинными людьми, развратом, личным обогащением во время грабежей. Ничего нужного для своей Отчизны они не сделали да и не могли сделать: среди них было мало образованных людей, способных что-то осмыслить и предложить, потому они и одобряли всё, что повелевал царь. Говорят, идея опричнины принадлежала Алексею Басманову и Василию Юрьеву, — вот уж, действительно, услуга Русскому государству и его народу! Да и что же еще, кроме грабежей и насилия с целью обогащения, могли предложить эти люди?