Феодор Иоаннович с Освященным собором постоянно посещал заседания Боярской думы. Казалось бы, царь с Собором только присутствовали в Думе: все дела Думы вёл её глава — Борис Годунов, но это наблюдение со стороны царя имело немаловажное значение для государства.
Вместе с царицей Ириной царь Феодор I (как могли бы мы его называть) занимался обустройством дворцового хозяйства и украшением Кремля. Они выписали из Италии мастера бархатного дела Марко Чинопи и других мастеров, приказали расписать Грановитую палату в новом для того времени стиле и на фресках изобразить самого Феодора Иоанновича, царицу Ирину и Бориса Годунова В 1585 году по воле царя и царицы Фёдор Савельевич Конь начал строительство Белого города в Москве. В 1586 году Андрей Чохов отлил Царь-пушку.
В правление царя Феодора Иоанновича не было казней, и русская земля в его царствование спокойно занималась своим хозяйством.
Считается, что в те времена все государственные дела велись только фаворитом царя, его шурином Борисом Годуновым, что царь Феодор Иоаннович не участвовал «в важнейших событиях своего времени», как представлено это в современных учебниках по истории. Уже одно только учреждение патриаршества на Руси опровергает это мнение, не говоря уж о победе в войне со Швецией и возвращении русских земель с русским населением.
Но и на долю Бориса Годунова выпало много дел Он, прежде всего, предпринимал меры безопасности Российского государства на востоке страны.
В 1586 году были заложены, как сторожевые крепости, города Самара и Воронеж; в том же году воеводами И. Мясным и В. Б. Сукиным был заложен острог Тюмень на месте татарского города Чинги-Тура, завоёванного Ермаком в 1581 году. В 1589 году отрядом казаков Данилы Чулкова основан город Тобольск. В том же году в летописных документах был упомянут город Царицын на Волге. В 1593 году отмечено основание городов Обдорска (Салехарда) и Белгорода, а в следующем, 1594 году — города Сургута на реке Оби.
Государственная деятельность Годунова получила европейскую известность. Королева английская Елизавета I посылала грамоты не только на имя царя Феодора Иоанновича и царицы Ирины, предлагая ей услуги английских докторов по женским болезням, но и на имя Годунова, добиваясь разрешения для английских купцов беспошлинно торговать в русских землях английскими товарами, и при этом называла Годунова её «кровным приятелем», то есть близким по статусу к королевскому титулу.
В последний год жизни царя Феодора Иоанновича (имеется в виду 1597 год, так как Феодор Иоаннович умер 7 января 1598 года) Борис Годунов, чтобы быть любезным боярам, провёл через Боярскую думу Указ об «урочных летах», по которому удлинялся до пяти лет срок сыска беглых крестьян, что впоследствии весьма пагубно отразилось на положении крестьянства, так как, прикрепив крестьян к помещикам как собственность на такой долгий срок, этот Указ заложил основу крепостного права.
Боярин Борис Годунов умел быть любезным всем наиболее важным боярам и снискал если не любовь, то уважение, что впоследствии и открыло ему дорогу к трону.
Царь Феодор Иоаннович умел сдерживать злобный и мстительный характер Бориса Годунова, характер, который проявился в полной мере, когда царя Феодора I не стало, царица Ирина ушла в монастырь, а Борис Годунов, получив титул царя, стал править страной единолично.
Фавориты царя Алексия Михаиловича — Борис Морозов и Артамон Матвеев
После смерти царя Феодора Иоанновича московский престол занял Борис Фёдорович Годунов. Во всё своё семилетнее правление (1598–1605) он не имел никаких фаворитов: он советовался в основном только со своей женой Марией Григорьевной, дочерью знаменитого палача времени Иоанна Грозного — Малюты (Григория) Скуратова-Бельского. Были у Годунова и другие советники из числа Вельских, родственников Марии Григорьевны, но первенствующую роль исполняла она даже при дознании у Марии Нагой, является ли Лжедмитрий I её сыном, она, по свидетельству современников, во время допроса, в котором она активно участвовала, недовольная ответом, бросила в лицо Марии Нагой тяжелый подсвечник с горящими свечами.