Когда ему было всего четыре года, он стал свидетелем сражений Третьей мировой войны ниндзя и был глубоко потрясен ужасами битв, увидев, как погибали члены его семьи. Однажды на поле боя он попытался помочь умирающему вражескому шиноби, предложив ему воды. В ответ тот напал на него, но Итачи смог защититься и убил его. После этого он спросил отца, почему этот ниндзя пытался убить его, ведь он не желал ему зла. Отец объяснил, что война была не только между людьми, но и между государствами – чужаки убивали друг друга во имя своих деревень. С тех пор, не понимая причин и следствий, Итачи часто задавал себе вопросы о жизни, смерти и цели своего существования. Дети его возраста развлекались, а он думал о философских вопросах и проводил время в тренировках. Впоследствии у Итачи сформировались пацифистские идеалы и непреклонное желание спасти свою деревню от войны.
Итачи был гением клана Учиха: уже в детстве он обладал такой мудростью, что мог думать и действовать как взрослый. Его отец очень гордился им, а жители Конохи признавали, что он быстро повзрослел. В десять лет он стал чунином, а в тринадцать – самым молодым капитаном спецназа в истории.
Через некоторое время после того, как Итачи официально стал ниндзя, он спросил своего друга Шисуи о смысле войны – на этот вопрос не знали ответа даже самые мудрые и опытные ниндзя. Шисуи ответил, что необходимо научиться сражаться, чтобы предотвратить конфликты, – миром ниндзя правит сила, а без большой силы слова не имеют никакого эффекта. Итачи согласился с этим – ему было предначертано поставить свою силу на службу миру.
Однажды во время выполнения задания Итачи стал свидетелем смерти одного из своих товарищей. Чувство потери дорогого человека и собственное бессилие побудили его использовать защитные техники. Его отец обрадовался, увидев, что у сына появился шаринган – техника глаз, пробуждающаяся после получения травмы. Итачи было обидно, что отец обрадовался этому, ведь ему пришлось пережить смерть товарища, чтобы получить шаринган. В то время весь мир для него был черным, но рождение младшего брата Саске вдохнуло в него новую жизнь, хотя его отношения с семьей становились все более напряженными. За семь лет до этого на деревню напал демон Кьюби, которым управлял человек в маске, владеющий шаринганом. В то время никто не знал, что человеком в маске был Обито Учиха, который уже несколько лет считался мертвым. Из-за подозрений в причастности к нападению клан Учиха был отстранен от управления деревней и принятия политических решений. В ответ на это обиженный и чувствующий себя отвергнутым клан Учиха решил устроить государственный переворот и привести к власти своего лидера Фугаку, отца Итачи.
Разрываясь между любовью к семье и деревне, Итачи был потерян среди множества чувств. Он понимал, что ему неизбежно придется сделать выбор. Пацифистскими идеалами героя воспользовался Данзо, глава спецназа, – с тех пор Итачи стал шпионом деревни внутри собственного клана. Он хотел решить проблему мирным путем, но ненависть, которую Учиха питал к деревенским чиновникам, только росла. Эта ненависть родилась не без причины – силу клана боялись и желали заполучить.
Однажды Итачи встретил человека в маске, которым оказался Обито. Тот рассказал ему о происхождении и истории клана Учиха. Итачи узнал, что шаринган может мутировать и что его обладатели могут стать чрезвычайно могущественными, представляя собой опасность. Тем временем приближался роковой час запланированного переворота.
Лучшим другом и примером для подражания для Итачи был Шисуи, он стремился к тому, чтобы мир процветал без войн и насилия. Шисуи, как и Итачи, был одним из самых талантливых ниндзя в клане и искренне любил свою деревню. Он решил подтолкнуть членов клана к отказу от переворота и тем самым привести конфликт к мирному разрешению. Однако Шисуи предал Данзо, который жаждал власти и завладел его правым глазом, чтобы получить огромную силу. Через несколько часов Шисуи договорился встретиться с Итачи на краю обрыва и рассказал ему о предательстве Данзо, так как тот действовал втайне от хокаге. Опасаясь, что Данзо украдет его второй глаз, чтобы использовать его в своих личных интересах, Шисуи решил отдать его своему другу Итачи, чтобы тот использовал глаз для защиты Конохи. Сделав это, он спрыгнул со скалы.
Обнаружив погибшего Шисуи, клан начал подозревать Итачи в его убийстве. Его вызвали на встречу с третьим хокаге и высшим советом деревни. Не сумев разрешить конфликт мирным путем, Данзо предложил уничтожить всех членов клана Учиха. Хирузен, Третий хокаге, отверг эту идею и тщетно пытался найти мирное решение. Несмотря на все попытки остановить его, переворот состоялся, и Итачи было приказано срочно расправиться со своим кланом. Перед исполнением приказа он медитировал на крыше, размышляя о значении деревень, кланов и ниндзя. Итачи знал, что ему придется выбирать между своим кланом и деревней, и понял, что без Шисуи этот конфликт неизбежен. А затем увидел будущее деревни и клана.