Шестого апреля 1903 года Евгений Иванович Алексеев был произведен в полные адмиралы с оставлением в звании генерал-адъютанта, а 30 июля назначен наместником Его Императорского Величества на Дальнем Востоке. На этом посту Алексеева (впрочем, сам адмирал в официальных документах неоднократно высказывался против учреждения там наместничества и просил, в случае, если таковое будет учреждено, отозвать его с Дальнего Востока) застала в 1904 году Русско-японская война. В начале ее ему пришлось играть роль страдательную: общественное мнение России, не подготовленное к войне правящими сферами, возложило на него ответственность не только за ее возникновение, но и за нашу неподготовленность к ней. А в качестве Главнокомандующего он был лишен всей полноты власти в руководстве военными операциями, вследствие назначения ему «самостоятельного помощника» генерала Куропаткина, занимавшего до тех пор пост военного министра.
В июле 1903 года японское правительство обратилось к русскому с предложением пересмотреть существующие договоры России, как с Японией, так с Китаем и Кореей, и представило проект их изменений, направленный к созданию полного господства Японии в Корее и к вытеснению России не только из этой страны, но и из Маньчжурии. Алексееву, по высочайшему повелению, поручено было, совместно с нашим посланником в Токио, рассмотреть его и составить проект ответных предложений для представления таковых на высочайшее благовоззрение.
Выполняя это поручение, Алексеев исходил из следующих оснований: не допускать вмешательства Японии в маньчжурские дела, обеспечить свободу плавания русских судов вдоль всех корейских берегов, воспрепятствовать образованию из корейской территории стратегической базы для враждебных действий Японии, во всем же остальном предоставить ей широкие права в Корее.
Составленный на этих основаниях ответ нашего правительства, как известно, не удовлетворил Японию. В октябре 1903 года она представила второй проект соглашения, рассмотрение которого, по высочайшему повелению, опять было поручено Алексееву, с указанием установить примирительную формулу, «отнюдь не отказываясь от основных наших требований».
Пятого ноября 1903 года он представил графу Ламсдорфу второй проект соглашения, указав, что «необходимо теперь же ответственно остановиться на последствиях, которые могут произойти в случае отказа Японии принять наш проект».
Основываясь на энергичной деятельности Японии в Пекине и Сеуле, направленной против России при сочувствии и поддержке Англии и Америки, а также принимая в расчет непрекращающиеся приготовления Японии к усилению ее боевой готовности, Алексеев предположил, что непринятие Токио наших предложений может сопровождаться не только занятием Кореи, как предполагалось прежде. Нам следовало быть готовыми и к жесткому обращению японцев по маньчжурскому вопросу в согласии с Китаем. Ввиду возможности такого исхода переговоров он предлагал замедлить передачу нашего проекта, «дабы иметь время привести в исполнение некоторые начатые мероприятия, направленные к усилению нашего военного положения на Дальнем Востоке, что, в свою очередь, окажет влияние на японскую притязательность».
После некоторых изменений, внесенных в столице, проект был передан японскому правительству 20 ноября. Он, как и предвидел Алексеев, не удовлетворил Японию, которая, не выжидая уже результатов дальнейших переговоров, перешла от слов к делу.
24 декабря Алексеев телеграфировал в Санкт-Петербург о целом ряде мероприятий японцев, несомненно, свидетельствовавших об их намерениях занять Корею и установить над нею протекторат. Придавая этому значение серьезной опасности для нас в военном отношении, «не с целью вызвать вооруженное столкновение, а исключительно в видах необходимой самообороны», он предлагал принять ряд предохранительных мер по поддержанию равновесия в стратегическом положении сторон, нарушаемом оккупацией Кореи. Или: первое, объявить мобилизацию в войсках Дальнего Востока и Сибири, ввести военное положение в Маньчжурии для удержания страны в спокойствии, для обеспечения целости Китайско-Восточной ж.-д. и подготовки сосредоточения войск и занять войсками нижнее течение Ялу; или второе: довести до военного состава и начать перевозку в Иркутск двух армейских корпусов, предназначенных для усиления войск Дальнего Востока. Одновременно с тем принять меры по подготовке к мобилизации остальных подкреплений, объявив на военном положении Маньчжурию и обе наши приморские крепости – Порт-Артур и Владивосток.