Говоря о других подразделениях министерства, следует назвать в первую очередь Главный морской штаб, призванный руководить строевой и учебной частями и боевой подготовкой «плавающего» флота. Этот орган был воссоздан в 1885 г. (орган с таким же названием, но несколько другими функциями существовал в 1831-1860 гг.). Начальник штаба становился третьим лицом в морском ведомстве, после генерал-адмирала и управляющего министерством. Он получал право инспекции кораблей и береговых команд. Таким образом, главные командиры флота и портов оказывались, в определенной степени, под надзором начальника штаба, хотя их взаимоотношения не были четко определены. В состав штаба входили: Отдел личного состава и Военно-морской ученый отдел, занимавшийся первоначально в основном управлением военно-морскими учебными заведениями. Позднее в его составе была образована Стратегическая часть, с возложением на нее обязанностей службы Генерального штаба, однако, в силу малочисленности она не смогла выполнить своего предназначения во время Русско-японской войны.
Получил свою окончательную организацию в 1885 г. и Морской Технический комитет. Его председатель фактически занял пост главного судостроителя русского флота, а сам комитет был разделен на инспекции по специальностям: Кораблестроительную, Механическую, Артиллерийскую, Минную (в ведении которой находилось также и все электрооборудование на кораблях). Некоторое время существовал также Морской Строительный комитет, ведавший проектированием береговых сооружений, но в 1891 г. он был упразднен, а его дела переданы во вновь созданную Главную инспекцию строительной части Морского технического комитета (МТК).
В МТК разрабатывались проекты кораблей, а распределение заказов, закупка материалов, выдача нарядов на работы и другие хозяйственные дела были переданы вновь образованному Главному управлению кораблестроения и снабжения (ГУКИС). Кроме того, ГУКИС заготавливал все предметы материально-технического и интендантского снабжения как для флота – от угля до мундирного сукна, так и для всех портов – от Либавы до Владивостока. Система централизованного снабжения создавалась для прекращения злоупотреблений и бесхозяйственности на местах. В состав ГУКИС входили отделы: Сооружений (ведал строительством кораблей и береговых сооружений), Заготовлений (заготовка любых материалов и припасов) и Счетный (составление сметы и отпуск средств). В портах аналогом ГУКИС стали портовые конторы, а функции МТК исполняли главные техники (в главных портах), старшие техники (в портах первого разряда) или техники (в портах второго разряда). Создание этого органа вызвало в начале 80-х годов XIX в. наибольшие споры. Основными причинами протестов послужили крайняя централизация и отсутствие независимого контроля над действиями ГУКИС, так как проверки Государственного контроля были формальными и не могли гарантировать хозяйственную целесообразность всех его распоряжений. Однако следует помнить, что никакая схема устройства государственных учреждений не может компенсировать неспособность и бездеятельность лиц, стоящих во главе этих учреждений или служащих в них. Быть может, критикам структуры Морского министерства следовало бы задуматься не над вопросом о непригодности его подразделений, а над вопросом о поиске годных начальников и сотрудников этих учреждений?
В 1885 г. создаются Главное гидрографическое управление (ГГУ), Главное военно-морское судное управление (ГВМСУ) и Управление главного медицинского инспектора флота (УГМИФ). Важную роль играла Канцелярия Морского министерства (КММ), в обязанности которой входили, кроме ведения переписки генерал-адмирала и управляющего Морским министерством, также и кодификационные работы, а ее директор по совместительству являлся юрисконсультом морского ведомства.
В литературе зачастую поднимается вопрос о том, почему во время «шестаковских» реформ морское ведомство не обзавелось Морским генеральным штабом, проект организации которого выдвигал, в частности, адмирал И.Ф. Лихачев как раз в «эпоху Шестакова»[61]
.Следует иметь в виду, что И. А. Шестаков был готов пригласить И.Ф. Лихачева на должность председателя МТК, но тот соглашался только на пост начальника Морского Генерального штаба, что вызвало неприятие И. А. Шестакова.