Дума в 80-е—первую половину 90-х годов пополнилась боярами Юрием Захарьичем (боярин к 1483 г., последний раз упомянут в 1501 г.), кн. В. В. Шестуном (упомянут в 1485 г.), А. Ф. Челядниным (упомянут к 1499 г.), из окольничих — А. М. Плещеевым (к 1485 г., умер около 1491 г.). В начале 80-х годов боярином был А. Р. Хруль Остеев, а в 1482 г. — некий кн. Иван Васильевич (? Стрига).[1468]
Возможно, боярином к 1485 г. был Н. Ф. Басенков (последний раз упомянут в 1490 г.).Окольничими стали П. М. Плещеев (1487—1504 гг.), И. В. Чобот (около 1485—1490 гг., несомненно, в 1490 г. и до 1494 г.) и кн. И. И. 3венец Звенигородский (в 1490 г. до 1498 г.). Возможно, к 1491 г., но не позднее 1498 г. окольничим стал Данила Иванов (из рода Нетши). Судя по Государеву родословцу, окольничим был также И. И. Товарков. Число окольничих, таким образом, неуклонно возрастало. В 1491—1499 гг. их было каждый год примерно шесть человек.
Новые изменения в составе Думы обнаруживаются к концу 1495 г. и, возможно, связаны с торжественной поездкой Ивана III со своим двором в Новгород.[1469]
Уже в 1494 г. боярином стал кн. С. И. Молодой Ряполовский, а с конца 1495 г. кн. В. И. Патрикеев и кн. Семен Романович Ярославский (во всяком случае, до 1504 г.). В 1498 г. из одиннадцати бояр пятеро происходили из семей князей Ряполовских и Патрикеевых. Родичем их (по женской линии) был и А. Ф. Челяднин. Бурный взлет влияния Патрикеевых и Ряполовских после успешно заключенного в 1494 г. мирного договора с Великим княжеством Литовским в конечном счете стал одной из причин, вызвавших впоследствии их падение.К 1498 г. окольничими стали С. Б. Брюхо Морозов (примерно до 1508 г.), Т. М. Плещеев (вскоре после этого умер), И. А. Лобан Колычев (убит в 1502 г.), Г. Ф. Давыдов (к 1506 г. уже боярин), Г. А. Мамон (последний раз упомянут в 1509 г.)[1470]
и И. В. Шадра (умер вскоре после 1509/10 г.). Спорен вопрос об окольничестве кн. Б. М. Турени. В целом же произошел очередной резкий скачок численности окольничих — до десяти—одиннадцати человек.[1471] Его соблазнительно связать с венчанием на великое княжество Дмитрия-внука в 1498 г.[1472] Как бы то ни было, он показывает тенденцию великокняжеской власти расширить круг ближайших советников, опереться на тех представителей старомосковской знати, которые вызывали особое доверие у Ивана III. Такая тенденция нашла отражение и в Судебнике 1497 г., где уже в заголовок внесены слова о том, «как судити бояром и окольничим». О суде окольничих упоминается и в статьях 1—7, 33, 69 этого памятника.Чрезвычайно важен для выяснения состава Боярской думы в конце XV в. список «бояр» в Продолжении Хронографа редакции 1512 г. Составлен он был в 1498 г., под которым и помещен.[1473]
Список отличается достоверностью и точностью сведений. Под общим заголовком «А бояр у великого князя» в первой половине списка перечислены (очевидно, с учетом степени влиятельности): кн. И. Ю. Патрикеев, «Москву держал», его сын князь Василий, Яков Захарьич, кн. С. И. Ряполовский, кн. Д. А. Пенко, кн. А. В. Оболенский, кн. Семен Романович, кн. П. В. Нагой-Оболенский, Юрий Захарьич и А. Ф. Челяднин. Отсутствует только по неясной причине кн. Д. В. Щеня. Правда, первые известия о боярстве кн. Д. А. Пенко и кн. П. В. Нагого в других источниках датируются 1500 г., но никаких противопоказаний тому, что эти лица могли быть боярами к 1498 г., у нас нет (в других источниках за 1498—1499 гг. они не упомянуты).Несколько более сложна картина со второй половиной Хронографического списка. В ней названы: С. Б. Брюхо Морозов, И. В. Чобот, Т. М. Плещеев, П. М. Плещеев, Г. А. Мамон, И. А. Колычев, П. Г. Заболоцкий, Г. Ф. Давыдов, Дмитрий Владимирович, кн. Б. М. Туреня, И. В. Шадра.