Самые решительные защитники новгородских вольностей были казнены или сидели в московских тюрьмах. Оставшиеся на свободе бояре и вече не сумели организовать оборону города. «Людям, — записал новгородский летописец, — мятущимся в осаде в городе, иные хотящи битися с великим князем, и иные за великого князя хотяще задати, а тех болши, котори задатися хотять за князя великого». Большое значение имела позиция архиепископа, настаивавшего на мирных переговорах с Москвой. 23 ноября 1477 г. новгородское посольство во главе с Феофилом явилось в походный шатер Ивана III на берегу Ильмень-озера. Новгородцы надеялись, что им удастся заключить мир на тех же условиях, что и прежде. Государь дал пир в честь послов, но отклонил все их просьбы. Надежды на почетный мир разлетелись в прах. Тем временем воинские заставы Ивана III заняли предместья Новгорода. Отбросив дипломатические ухищрения, Иван III объявил: «Мы, великий князь, хотим государства своего, как есмы на Москве, так хоти быть на отчине своей Великом Новгороде». Вслед за тем московские бояре продиктовали послам волю государя: «Вечу колоколу в отчине нашей в Новгороде не быти, посаднику не быти, а государство нам свое держати». Когда послы сообщили об этом на вече, в городе поднялось смятение и «многие брани». «Всташа чернь на бояр и бояре на чернь». Народ утратил доверие к боярам и окончательно отказался повиноваться им: «мнози бо вельможи и бояре перевет имеаху князю великому».
Оказавшись между молотом и наковальней, посадники пытались достичь соглашения с московскими боярами. Те заверили послов, что Иван III не будет высылать новгородцев «на Низ», не будет «вступаться» (конфисковать) в их земли. Заверения положили конец колебаниям правителей республиканского Новгорода. Стремясь получить гарантии неприкосновенности своих имуществ, бояре просили, чтобы монарх лично подтвердил соглашение и принес клятву на кресте. Но им грубо отказали в этом.
Видя «неустроение» и «великий мятеж» в городе, князь В. Гребенка-Шуйский сложил крестное целование Новгороду и перешел на службу к Ивану III. Лишившись военного предводителя, новгородцы окончательно уступили всем требованиям московских властей.
15 января 1478 г. глава московской Боярской думы И. Ю. Патрикеев с другими боярами въехал в Новгород и привел к присяге жителей. Вече в городе более не созывалось. Наиболее важные документы из архива Новгорода, а также вечевой колокол были увезены в Москву, выборные должности, вечевые порядки, древний суд упразднены. Новгородская «республика», просуществовавшая несколько веков, пала. Автор московского свода 1497 г. не скрыл своего удивления по поводу неслыханного нарушения «правды» и старины в Новгороде. «А как и стал Новгород — Русская земля, — записал он, — таково позволение на них не бывало ни от которого великого князя, да ни от иного от кого». Иван III обязался «не вступаться» в вотчины новгородцев, но очень скоро нарушил свои обязательства. Уже в феврале 1478 г. он приказал арестовать вдову Марфу Борецкую с внуком Василием и нескольких других лиц, возглавлявших пролитовскую партию. Под стражу был взят также архиепископский наместник. Всех арестованных Иван III приказал отправить в Москву, а «животы их (вотчины и прочее имущество — Р. С.) велел отписать на себя».
На протяжении десятилетия московские власти организовали два крупных политических процесса, позволившие им покончить с новгородским боярством. Зимой 1483-1484 гг. они арестовали посадника Ивана Савелкова, ранее бежавшего в Литву, а затем вернувшегося в Новгород. Заодно с Савелковым участниками заговора в пользу короля были объявлены 30 других бояр и житьих людей. Подвергшись пыткам, новгородцы «клепали» друг на друга. «Заговорщиков» объединяло одно: все они принадлежали к числу крупнейших землевладельцев Новгорода. Ранний летописец ни словом не упомянул о пожаловании ограбленным новгородцам земель на Москве. Однако составитель московского официального свода 1497 г. постарался представить незаконные действия монарха, как милость в отношении новгородцев. Иван III, утверждал он, велел отписать на себя казну и села «больших» новгородских бояр, «а им подавал поместья на Москве под городом, а иных бояр, которые крамолу держали от него, тех велел заточити в тюрмы по городом». Крамолу на Ивана III держали все 30 «больших» бояр, обвиненных в заговоре. Значит, они все попали в тюрьму. Кому государь дал поместья, остается загадкой.