В конце 1480-х гг. наместником в Новгороде был назначен Яков Захарьин-Кошкин. Он не церемонился с опальным городом, облагая жителей непомерными штрафами, «ставил их на правеж». Обиженные и ограбленные новгородцы пытались найти справедливость у Ивана III. Тогда наместник обвинил своих обличителей в государственной измене — покушение на жизнь наместника. Великий князь и его дума приняли версию Захарьина. Как записал инок Кирилло-Белозерского монастыря, «лета 6997 князь великий Иван вывел из Новгорода Великого бояр и гостей с тысячю голов». По свидетельству ростовской летописи, Я. Захарьин оговорил новгородцев, после чего одни опальные были казнены, а другие выселены из Новгорода. Московский великий князь, завершает свой рассказ летописец, «приведе из Новгорода боле седми тысящ житих людей — иных думцев (участников заговора. -Р. С.) много Яков пересече и перевешал». На основании новгородских писцовых книг можно установить, что земель в Новгороде лишилось более 1000 новгородских бояр и житьих людей. В среднем семья насчитывала 6-7 человек. Следовательно вместе с опальными из Новгорода было выселено до 7000 человек. Все это подтверждает достоверность летописных сведений. Приведенные летописи не сообщают о наделении ссыльных новгородцев землями в Москве.
В московской летописи по «Списку Царского» можно найти дополнительные сведения о ссылке новгородцев, но тут происшедшее оценивается под иным углом зрения: великий князь московский перевел новгородцев «всех голов больши тысячи, и жаловал их на Москве, давал поместья… а в Новгород Великий на их поместья послал московских многих… детей боярских…» Приведенное свидетельство дало основания для вывода о том, что в большинстве опальные новгородцы стали помещиками московских уездов. (В. Б. Кобрин). Критический анализ источника обнаруживает уязвимость такого вывода. Известие, помещенное в «Списке Царского», слишком тенденциозно, чтобы доверять ему. «Список Царского», датируемый началом XVI в., служил продолжением Софийской I летописи. Автор «Списка Царского» утверждал, что московские служилые люди были присланы в Новгород на «поместья» новгородских бояр. Летописец не знал, что до завоевания Москвой никаких поместных земель в Новгороде не было, а местные бояре владели вотчинами. Автор «Списка Царского» писал в то время, когда в Новгороде безраздельно господствовало поместье, а вотчинные времена были основательно забыты. Неосведомленность летописца очевидна.
В. Б. Кобрин составил обширный перечень «новгородских выселенцев», поступивших на службу в Москве. Но специалист по Новгороду В. Л. Янин установил, что в этом перечне, за единичным исключением, вообще нет представителей новгородских боярских семей. Лишь единицы из ссыльных новгородцев получили землю в московских уездах и превратились в московских служилых людей.
Сословие новгородских землевладельцев сложилось исторически. На протяжении веков это сословие обеспечивало политическое руководство «республикой» и ее экономическое процветание в неблагоприятных условиях русского Севера. Экспроприация всех новгородских землевладельцев доказывала, что речь шла не об объединении Новгорода с Москвой, а о жестоком завоевании, сопровождающемся разрушением всего традиционного местного строя общества.