При этом известии Филипп Гейнсбергский немедленно начал открытое сопротивление. Он приказал разрушить мост через Мозель, по которому должно было пройти королевское войско, и стал готовить свой город к обороне. Фридрих созвал князей в Вормсе и перед их ассамблеей в августе обвинил архиепископа в оскорблении его величества, архиепископ же должен был предстать перед ассамблеей в Страсбурге на Рождество. Этого оказалось достаточно, чтобы перетянуть на свою сторону большинство его союзников, еще не забывших процесс и низвержение Генриха Льва. Так что Штауфен торжествовал: в Германии, как и в Италии, королевская власть была сильна и пользовалась почетом. Урбан III оказался изолированным более, чем когда-либо.
Тогда император довел до его сведения, что он расположен возобновить переговоры и даже встретиться с ним. С этим он отправил в Верону посольство, но папа при этом известии решил порвать отношения окончательно и отлучить Штауфена от церкви. Чтобы не давать аудиенции представителям императора, он уехал из Вероны в Венецию, где собирался провозгласить свое решение об отлучении. Но по пути он умер в Ферраре 24 октября 1187 года.
В Священной коллегии в то время существовала умеренная группа, которая одобряла действия Урбана III в начале его понтификата, когда он отстаивал свои принципы в Италии, но она никогда не одобряла его действий в отношении Фольмара и связей с Филиппом Гейнсбергским. К тому же, многие кардиналы желали примирения, чтобы иметь возможность организовать крестовый поход. В общем, все осознавали изоляцию святого престола и тупик, в который его завлек покойный папа. Поэтому они единогласно поддержали Альберто да Морра, выходца из Беневенто, человека большой святости, бывшего преподавателя права из Болоньи, ставшего кардиналом благодаря Адриану IV, затем канцлером римской церкви при Александре III, чьим другом и наперсником он был в 1175–1181 годах.
Став после выборов Григорием VIII, этот папа решил вернуться в Рим и уладить спорный вопрос, который противопоставил папство Штауфену. Он написал Фридриху, что не собирается наступать на права империи, и добавил, что
К несчастью, 17 декабря он умер в Пизе, по пути в Рим. Впрочем, эта кончина ничего не изменила в ситуации, так как кардиналы дали ему в преемники римлянина Паоло Сколари, кардинала-епископа из Палестины, избравшего себе имя Климента III, который сразу после избрания торжественно объявил о крестовом походе и обратился к Генриху VI, чтобы тот сопровождал его в Рим. Наступила оттепель.
Все эти недели Фридрих не отступал от своей цели — поддержания мира и порядка в Германии. В том же декабре 1187 года (некоторые историки считают, что это могло быть и в июле, во время набега императорской конницы в Лотарингию) он дошел до Мааса, между Ивуа и Музоном, и там встретил Филиппа Августа. Оба короля поклялись друг другу в дружбе, укрепив тем самым альянс против Плантагенетов и Вельфов, заключенный еще во времена Людовика VII. Филипп обязался изгнать Фольмара из Реймса, а Барбаросса пообещал ему передать графство Намюр Бодуэну де Эно, тестю короля Франции, а не Генриху Шампанскому, заявившему свои претензии на это наследство. Обещание это должно было быть выполнено в следующем году на ассамблее в Эрфурте, когда Бодуэн V получил в лепное владение от монарха все эти земли, а также титул маркиза Намюрского.
В это время Климент III был занят только своим возвращением в Рим. В начале 1188 года он двинулся в путь с большим эскортом, которым командовал лично Генрих VI. В феврале папа вступил в город. Сначала он в разговорах с представителями императора непрестанно демонстрировал свое желание урегулировать все насущные вопросы до организации крестового похода. В начале весны было достигнуто принципиальное согласие, а главные переговоры должны были продолжаться в течение нескольких месяцев до составления официального документа. И действительно в это время между папством и империей восстановился мир. В Германии было то же самое, так как 27 марта Филипп Гейлсбергский, не явившийся на ассамблею в Страсбурге (Рождество 1187 года), но не получивший никакой поддержки от святого престола, подчинился решениям ассамблеи в Майнце. Он попросил прощения и поклялся, что никогда не хотел оскорбить императора. Тот простил его и не вынес ему никакого приговора, если не считать наложения штрафа на население Кельна.