Многие политработники продолжали ощущать себя полноправными комиссарами. Не желали подчиняться командирам. Возникли серьезные трения между командным составом и политработниками. Масла в огонь подлили чекисты, докладывая по своей линии о том, что введение единоначалия беспартийные толкуют однозначно: «Партия сдает позиции в армии», а старые офицеры радуются, поскольку считают политсостав лишним в армии.
«Комсостав из бывшего офицерства стремится постановление ЦК РКП(б) о единоначалии реализовать как можно скорее и в самых широких размахах, — говорилось в секретном «Обзоре политико-экономического состояния СССР», составленном ОГПУ. — На этой почве усиливается игнорирование политработников и фиксируются случаи открытого выступления за аполитичность армии. Комсостав стремится вызвать антагонизм и подчеркнуть неправильность линии поведения политработников, их абсолютную некомпетентность в специальных вопросах и старается изолировать себя от их влияния…
Вообще постановление ЦК РКП(б) о единоначалии комсоставом расценивается не как средство для совершенствования структуры армии, но как средство для избавления от политического надзора».
Военный историк генерал-лейтенант Николай Григорьевич Павленко писал, что настоящее воспитание солдат происходит в процессе военного обучения. Так складываются привычка к дисциплине, вера в командира, чувство взаимной выручки и презрение к трусости. А политработники солдат не воспитывали, они занимались идеологической обработкой, которая только вредила армии. Кроме того, политработники контролировали каждый шаг командиров, что не только подрывало авторитет командира, но и его собственное чувство ответственности. При советской власти институт военных комиссаров вводился трижды — в 1918-м, 1937-м и 1941-м, то есть в самые трудные годы, и столько же раз отменялся — в 1925-м, 1940-м и 1942-м, когда ситуация относительно стабилизировалась.
При Фрунзе изменились структура и статус политорганов в армии. Политическое управление (ПУР) вывели из состава Реввоенсовета, оно стало называться Политуправлением РККА и работало на правах военного отдела ЦК. То есть политорганы подчинялись не военному командованию, а напрямую ЦК и Сталину.
Андрей Бубнов вел себя уверенно и самостоятельно. Как начальник ПУР он руководил всей военной печатью. Попросил начальника цензуры Павла Лебедева-Полянского «дать по линии Главлита директиву, чтобы ни одно издание военно-или военно-политического характера по вопросам обороны или военизации СССР, предназначенное как для армии, так и для населения, не было бы допущено к печати, если не имеет визы отдела печати ПУ Ра».
Газета «Красная звезда» была создана приказом Троцкого еще в конце 1923 года. В редколлегию вошли Владимир Александрович Антонов-Овсеенко, тогда еще начальник политуправления, главком вооруженных сил Сергей Сергеевич Каменев, председатель Высшего военно-редакционного совета Вячеслав Павлович Полонский, литературный критик и редактор, а также два представителя аппарата ЦК — заведующий отделом агитации и пропаганды Андрей Сергеевич Бубнов и заведующий отделом печати Яков Аркадьевич Яковлев.
Первый номер главной армейской газеты вышел 1 января 1924 года. Но Антонов-Овсеенко недолго ее редактировал. Он был верным соратником председателя Реввоенсовета и обратился с заявлением в политбюро и президиум ЦКК. Он возмущался нападками на Троцкого, «на того, кто в глазах самых широких масс является вождем, организатором и вдохновителем победы революции».
Сталин потребовал разобраться с Антоновым-Овсеенко за нарушение партдисциплины.
Второго января 1924 года Антонов отправил генсеку личное письмо: «Вам нужен на руководящих постах подбор абсолютно «законопослушных» людей. Я к таковым не принадлежу. Так и ставьте вопрос открыто».
Открыто Сталин ничего не делал. 12 января Антонова-Овсеенко вызвали на заседание оргбюро ЦК. Формально ему устроили разнос за то, что он подписал два приказа, не согласовав с аппаратом ЦК. Фактически — за попытку защитить Троцкого. Его обращение в ЦК было истолковано как «неслыханный выпад, делающий невозможным дальнейшую работу тов. Антонова-Овсеенко на посту начальника ПУР».
Когда умер Ленин, Антонова-Овсеенко сняли с должности. Вместо него начальником Политуправления вооруженных сил назначили Бубнова. Он же стал и ответственным редактором армейской газеты «Красная звезда». В Политуправлении вооруженных сил Бубнов прежде всего выполнил указание Сталина — заставить армию забыть о Троцком.
Фрунзе получил копию служебной записки, которую отдел агитации и пропаганды адресовал армейским политорганам: «В программе политзанятий с красноармейцами в текущий зимний период имеется беседа «Вождь Красной армии тов. Троцкий» (сборник приказов и циркуляров ПУРа № 36).