Савонарола не мог сомневаться, что его ожидает мученическая смерть; но он спокойно стоял среди доминиканцев Сан-Марко, которые лучше, чем кто-нибудь, могли знать непорочность его жизни и чистоту намерений. Хотя некоторые из них в последнее время всё более и более склонялись на сторону его противников, но в эту минуту чувство глубокого уважения к настоятелю соединило всех. Они столпились около него, становились перед ним на колени, целовали руки и одежду его и просили благословения. С рыданием выслушали они его последние слова, которыми он убеждал своих верных приверженцев быть выносливыми и терпеливыми, а остальных покориться воле Божьей.
Но в тот момент, когда он хотел выйти из библиотеки, чтобы предать себя в руки врагов, неожиданно произошла душераздирающая сцена.
Анна Савонарола со смертельным страхом следила за тем, что делалось в церкви, и слышала решение своего сына. Не помня себя от отчаяния, она бросилась из ризницы в церковь и отсюда в монастырскую библиотеку, где с громким воплем упала к ногам Джироламо.
Он старался успокоить её кроткими словами и, приподняв её с полу, просил стоявшего около него монаха увести её.
Затем в сопровождении монастырской братии он сошёл вниз, чтобы отправиться в заключение вместе с двумя своими верными приверженцами. Анна шла за ним, опираясь на Беатриче и своего младшего сына, Марка Аврелия. Горе несчастной матери не могло тронуть людей, ослеплённых страстью. Когда противники Савонаролы узнали, что незнакомый монах — его брат, то решили взять Марка Аврелия под стражу, между тем как Анну с дочерью велено было отправить в монастырь августинок.
Было около семи часов вечера; Джироламо Савонаролу вместе с его двумя товарищами и братом повели в тюрьму среди яростных криков толпы. Можно было ожидать, что возмущение прекратится с наступлением ночи; но в действительности оказалось, что оно приняло ещё большие размеры и распространилось по всему городу, так как враги Савонаролы хотели воспользоваться удобным случаем для удовлетворения своей мести. Паллески остались победителями, и дома многих ревностных пианьони были разграблены. Родственники одного приговорённого к смерти по поводу возмущения в пользу Медичи напали на дом судьи, который подал голос за его казнь. Этот судья был Паоло Кампини, в доме которого мать и сестра Савонаролы прожили несколько месяцев. Как всегда бывает во время народных смут, личные страсти примешались к раздору партий. Паоло Кампини пал жертвой кровавой мести и был убит сыном осуждённого им приверженца Медичи. Все те, которые до последней минуты остались верными Савонароле, должны были вытерпеть всевозможные оскорбления от народа, который называл их лицемерами и грешниками и кричал им, что они должны радоваться, если переживут ночь.
На следующее утро, едва первые солнечные лучи позолотили башни Флоренции, как на дороге, ведущей на возвышенность по направлению в Болонью, появились две фигуры. Это была мать Савонаролы, которая медленно шла, опираясь на руку своего сына, Марка Аврелия. Его выпустили из заключения при условии, что он немедленно вернётся в Болонью. Он поспешил в монастырь августинок, чтобы проститься с матерью и сестрой. Беатриче холодно рассталась с ним и объявила ему о своём решении остаться у августинок; но мать стала умолять его взять её с собой, так как она не в состоянии была долее оставаться во Флоренции.
— Я чувствую, — сказала она, — что скоро умру, и не хочу кончить мою жизнь в этом городе, где неблагодарный народ осудил на гибель моего сына Джироламо.
Силы её были надорваны; она знала, что ей не долго остаётся жить; но ничто не могло разубедить её в правоте Джироламо. Она видела в нём борца за святое дело, кровавую жертву порочных служителей римской церкви и была уверена, что враги её сына могут насильственно лишить его жизни, но не в состоянии уничтожить благие семена, посеянные им в сердцах людей.
В то время как во Флоренции великий проповедник с благородной самоотверженностью стремился к благу человечества и мужественно приносил себя в жертву смерти, в Риме, средоточии церковной власти, безнаказанно царил порок и проявлялся во всей своей ужасающей наготе. Партия, желавшая гибели Савонаролы, имела особенно много представителей при папском дворе, в непосредственной близости от человека, который называл себя наместником Бога на земле. Александр VI искренно радовался падению Савонаролы. Он представлял полную противоположность флорентийского реформатора по своей легкомысленной и сластолюбивой натуре. Несмотря на свой ум, он не в состоянии был понять той ответственности, какая лежала на нём в силу его высокого положения, и по-прежнему не только находился в рабском подчинении у окружавших его женщин, но служил слепым орудием своего порочного сына Чезаре. Последний принадлежал к числу тех людей, которые для своих себялюбивых целей пользуются всякими средствами, какие им попадаются под руку.