Участь Савонаролы должна была решиться скорее, нежели он предполагал. Однажды вечером в его темницу вошли четверо людей в чёрной одежде, с чёрными капюшонами, закрывавшими их головы и лица, кроме глаз. Они молча повели Савонаролу в суд для допроса.
Это была обширная зала со сводом, вся обтянутая чёрным; в конце её стоял полукруглый стол, покрытый чёрным сукном. Кожа на стульях была такого же цвета, равно и бархатный балдахин над креслом инквизитора, исполнявшего роль председателя суда. На стене висело резное деревянное распятие в человеческий рост; но лицо Спасителя имело суровое, неподвижное выражение и скорее могло внушать страх несчастным подсудимым, нежели утешение и надежду. На столе, по правую руку председателя, был колокольчик, налево лежало большое открытое Евангелие, а посреди, между двумя подсвечниками с зажжёнными восковыми свечами, стоял бронзовый крест. Иногда его раскаливали докрасна и заставляли подсудимого приложиться к нему; если он от боли ронял крест, то это служило доказательством его виновности. Судьи решали, что он выказал отвращение к святыне или что Спаситель воспротивился его поцелую.
В углублении залы стояли монахи различных орденов и свидетели; судьи заняли места в креслах; рядом с ними поместились семнадцать экзаменаторов, которые должны были снимать допрос с подсудимого, папский комиссар и фискал Франческо Ароне.
Отдан был приказ привести подсудимого. Савонарола вошёл ровным шагом; прямой, открытый взгляд его глаз и непринуждённая осанка свидетельствовали о чистой совести; на его лице вместе с выражением глубокой скорби видна была тихая покорность судьбе. Ему предложили сесть. Он горько улыбнулся, когда увидел приготовленный для него камень, но тем не менее беспрекословно сел и с чувством собственного достоинства стал ожидать начала суда. Предчувствия его сбылись: подобно тому как некогда книжники и фарисеи поступали с Христом, так и его судьи снимали с него допрос с единственной целью найти его виновным и осудить на смертную казнь. Савонарола с невозмутимым спокойствием выслушивал угрозы и оскорбления и, давая ответы, взвешивал каждое своё слово. Наконец один из судей, возмущённый вопиющей несправедливостью своих товарищей, неожиданно объявил, что отказывается от дальнейшего допроса, так как не желает принимать участие в убийстве.
Но этот случай ещё больше увеличил упорство и ожесточение остальных судей. По знаку папского комиссара председатель позвонил в колокольчик. Слуги подняли занавес, скрывавший правую сторону залы, слабо освещённую двумя факелами. На багровом фоне сукна, покрывавшего стены, виднелись всевозможные орудия пыток: подставки различной величины, железные башмаки, гвозди, верёвки, крюки и пр. В одном углу стояли столбы с перекладинами, от которых были протянуты верёвки к большим колёсам; тут же на полу лежали гири, которые привешивались к ногам, чтобы придать большую тяжесть повисшему телу. Кроме того, разложены были воронки, смоляные факелы, кнуты, бичи с железными пулями, пилы, ножи различной величины, молотки, щипцы и другие приспособления, чтобы выщипывать бороду, вырывать ногти, срезать кожу, пробуравливать тело и вливать в раны горячее масло, смолу или олово. В нескольких местах на полу были сделаны углубления для стока крови; в стенах виднелись печи, в которых раскаливали железные решётки, пики и вертела для поджаривания человеческого мяса. В самом дальнем углу стоял большой чан с пылающими угольями, которые освещали зловещим светом глубину залы.
По знаку инквизитора те же таинственные личности, которые ввели Джироламо в залу, подняли его на руки и понесли в ту сторону залы, где находились орудия пыток. Епископ соренский и инквизитор Торриани набожно перекрестились, после чего все монахи запели хором заунывный псалом и молили милосердного Бога о ниспослании света истины заблудшему человеку, погибающему во тьме греховной.
Два палача скрутили назад руки Савонаролы и связали их на спине концом верёвки, перекинутой через перекладину, между тем как другой её конец был прикреплён к мотовилу. С помощью колеса его подняли кверху до сводов и затем внезапно сбросили с высоты. Падение было так сильно, что слышно было, как хрустнули суставы; из груди мученика вырвался подавленный крик.
— Сознавайтесь, патер! — сказал с притворным смирением инквизитор Торриани, стараясь придать своему голосу убедительный тон.
— Я сознаюсь в том, — ответил Джироламо, — что любил народ и хотел дать ему свободу... я уважал церковь и желал видеть её обновлённой...
Слова эти отчётливо прозвучали среди мёртвой тишины, царившей в зале.
— Поднимите его снова! — крикнул повелительным голосом папский комиссар; и палачи, исполнив это приказание, вторично сбросили с высоты жертву инквизиции. Пытка была повторена до четырёх раз, пока, наконец, Савонарола, изнемогая от боли, пробормотал:
— Господи, сжалься над моей бедной душой!
Судьи надеялись, что наступил удобный момент, чтобы смирить гордость еретика, и воскликнули в один голос: