Мария находила единственное утешение в религии. В те времена для знатных женщин в дни тяжёлых испытаний не оставалось иного выхода, кроме обращения к Богу и Пресвятой Марии в горячих молитвах и ревностного исполнения религиозных обрядов. Герцогиня ежедневно бывала в церкви при утреннем богослужении, и чем сильнее было её беспокойство об участи мужа и будущем детей, тем усерднее была её молитва. Всякое общество тяготило её при её печальном настроении духа, но в качестве близкой родственницы императора она должна была неизбежно принимать участие в различных придворных торжествах и увеселениях. Наконец, Максимилиан, как бы снисходя к её положению, предложил ей поселиться на некоторое время в небольшом уединённом замке, расположенном среди гор, в нескольких часах езды от Инсбрука. Мария с радостью согласилась на это предложение и просила только, чтобы ей немедленно сообщали каждое известие, которое будет получено от её мужа. В продолжение многих лет никто не жил в замке; поэтому велено было сделать в нём некоторые приготовления к приёму герцогини, которая отправилась туда при первой возможности со своими детьми и свитой, приехавшей с ней из Милана.
Мария обязана была этой переменой Бианке Сфорца, супруге императора, которая поспешила удалить её от двора, чтобы избавить от новых неприятностей, так как в это время шли активные переговоры между французским королём и Максимилианом. Император, при всей своей рыцарской вежливости, не отличался тонкостью чувств и, несмотря на близкое родство с Лодовико Моро, готов был принести в жертву родственные связи политическому расчёту. По примеру своих предшественников Максимилиан хотел воспользоваться удобным случаем для увеличения могущества габсбургского дома и тем охотнее согласился на удаление миланской герцогини, что она до известной степени стесняла его своим присутствием.
До сих пор Максимилиан выказывал явное нерасположение к Франции и упорно отказывался признать притязания орлеанского дома на Миланское герцогство. Людовик XII не мог при этих условиях спокойно пользоваться плодами своих побед и решился послать в Триент своего первого министра, кардинала д’Амбуаза, который должен был употребить все усилия, чтобы склонить к миру германского императора. Д’Амбуаз предложил руку единственной дочери короля, малолетней принцессы Клотильды, внуку Максимилиана, Карлу, сыну Филиппа и Анны Кастильской. Клотильда должна была получить в приданое Миланское герцогство, если германскому императору будет угодно пожаловать его принцессе в виде ленного владения. Филипп вполне одобрял этот план и ради торговых интересов своих нидерландских подданных желал прочного мира с Францией. Он сам вызвался быть посредником между своим отцом и Людовиком XII. На предварительном совещании, которое состоялось в Триенте, д’Амбуаз поднял также вопрос о церковной реформе и смене наличного состава высшего католического духовенства, начиная с главы его. Честолюбивый кардинал надеялся этим путём проложить себе путь к папскому престолу. Он обещал именем своего властелина прекратить враждебные действия против особы Лодовико Моро, кардинала Асканио Сфорца и других пленных миланцев. Но главный пункт договора представлял непреодолимые затруднения. У Людовика XII мог родиться сын, и он не хотел лишить его заранее выгодного наследства в пользу дочери. Император со своей стороны не соглашался на оговорку, которая давала возможность французскому королю распорядиться впоследствии Миланским герцогством по своему усмотрению. Таким образом, конференция в Триенте не привела ни к каким результатам.
Во время этих переговоров почти прерваны были всякие сношения между императорской фамилией и супругой бывшего миланского герцога, так что Мария сама должна была рассылать гонцов, чтобы получать известия о положении дел своего мужа. Хотя она имела мало надежды на лучшую будущность, но в её новом убежище по крайней мере ничто не нарушало тишины её уединённой жизни; она могла вполне предаться молитве и благотворительности.
Вскоре после своего приезда она собрала подробные сведения о бедных семействах, живущих в окрестностях, и старалась по возможности облегчить их участь. Хотя нищета в Тироле далеко не была так велика, как в Италии, где постоянные войны довели народ до крайнего разорения, но и здесь было немало несчастных, которым благодетельная рука доброй герцогини могла принести помощь и утешение.
Между тем германский император, по окончании неудачной конференции в Триенте, вернулся в Инсбрук. Теперь ничто не мешало ему возобновить прежние дружеские отношения с миланской герцогиней, и он решился немедленно посетить её вместе со своей супругой. Императорская чета отправилась в путь с небольшой свитой и после короткого, но утомительного путешествия достигла уединённого горного замка, где жила Мария. Герцогиня не ожидала их приезда; поэтому высокие посетители застали её окружённую деревенскими детьми, которым она раздавала съестные припасы.