Три месяца Берия принимал дела на Лубянке, а сразу же после утверждения в должности Наркома провел массовую чистку. В 1939 г. из органов госбезопасности были уволены 7339 человек, то есть каждый пятый оперативный работник. В этом же г. на оперативные должности было взято 14,5 тыс. человек, абсолютное большинство — из партийных и комсомольских органов, Лаврентий Павлович сменил три четверти руководящих работников госбезопасности. Из органов исчезли поляки, латыши, немцы и резко сократилась численность евреев.
10 января 1939 г. Сталин подписал шифротелеграмму, адресованную секретарям обкомов, крайкомов, ЦК компартий нацреспублик, где указывалось: «ЦК ВКП(б) разъясняет, что применение физического воздействия в практике НКВД было допущено с 1937 г. с разрешения ЦК. ЦКВКП(б) считает, что метод физического воздействия должен обязательно применяться и впредь, в виде исключения, в отношении явных и неразоружившихся врагов народа, как совершенно правильный и целесообразный метод». А ведь еще летом 1932 г. в письме всем чекистам, которое подписал заместитель председателя ОГПУ И. Акулов, рассматривался вопрос о недопустимости применения мер физического воздействия:
«Издевательства над заключенными, избиение и применение других физических методов воздействия присущи только нашим классовым врагам, малейшее допущение таких приемов у нас позорят органы ОГПУ».
С собой на Лубянку Берия притащил своих друзей и товарищей. 17 декабря 1938 г. первым заместителем НКВД СССР и начальником ГУГБ НКВД СССР стал комиссар ГБ 3-го ранга В.Н. Меркулов.
Всеволод Николаевич Меркулов работал с Берией с 1922 г. По мнению А. Сухомлинова, он «выгодно отличался от всей этой компании своей образованностью и интеллектом». Увлекался спортом, хорошо рисовал и писал пьесы. Как пишет Леонид Млечин: «ему не хватало решительности и безжалостности Берии, да и его организаторских талантов тоже».
Меркулов был вежлив, разговаривал спокойно, без крика.
2 декабря 1938 г. начальником 5-го отдела ГУГБ НКВД СССР и 17 декабря 1938 г. заместителем начальника ГУГБ НКВД СССР, да еще начальником 3-го отдела ГУГБ НКВД СССР был назначен комиссар ГБ 3-го ранга В.Г. Деканозов. Владимир Георгиевич Деканозов — ровесник Берии. Вместе они начинали службу в Азербайджанской ЧК.
В органах он работал не постоянно, а с большими перерывами. А. Сухомлинов пишет: «В конце 30-х годов он был даже заместителем председателя Совета Министров Грузии и председателем Госплана».
По воспоминаниям очевидцев, Деканозов был высоко эрудирован, начитан, в общении вежлив и культурен.
Начальник 2-го отдела ГУГБ НКВД СССР старший майор ГБ Б.З. Кобулов 17 декабря 1938 г. стал заместителем начальника ГУГБ НКВД СССР и с 22 декабря 1938 г. начальником следственной части НКВД СССР.
Богдан Захарович Кобулов работал с Берией в ГПУ Грузии с 1925 г. Он был самым близким к Лаврентию Павловичу человеком. Богдан Захарович ходил по коридорам Лубянки в одной рубашке с засученными рукавами. При этом огромный живот колыхался. Все, кто шел навстречу, испуганно жались к стене.
Бывший заведующий отделом печати НКИД Евгений Гнедин вспоминал, как его после ареста привели к Кобулову (май 1939 г.): «Передо мной за солидным письменным столом восседал тучный брюнет в мундире комиссара первого ранга— крупная голова, полное лицо человека, любящего поесть и выпить, глаза навыкате, большие волосатые руки.
Кобулов заканчивал разговор по телефону. Заключительная реплика звучала примерно так:
— Уже сидит и пишет, да-да, пишет, а то как же!
Кобулов весело и самодовольно хохотал, речь шла, очевидно, о недавно арестованном человеке, дававшем показания.
Обернувшись ко мне, Кобулов придал лицу угрожающее выражение. Не отводя глаз, он стал набивать трубку табаком из высокой фирменной коробки «Принц Альберт». Я сам курил трубку и очень ценил этот превосходный американский табак, который в Москве нельзя было достать. Грозным тоном Кобулов заявил мне, что я разоблачен и вскоре буду расстрелян. Он потребовал, чтобы я рассказал ему о моих «связях с врагами народа»».
Серго Берия в своей книге написал о Кобулове так:
«У него была большая голова и жирное лицо, выдававшее в нем человека, любившего хорошо поесть, глаза навыкате, большие волосатые руки и короткие кривые ноги». По мнению сына Берии, «Кобулов был жирным отвратительным типом, питавшим слабость к роскоши, особенно к произведениям искусства».