В начале войны Суворов командовал 30-тысячным корпусом, оборонявшим побережье в районе Херсон Кинбурн. 1 октября 1787 г. турки высадили на Кинбуриской косе десант, который был отражен небольшими силами. Артиллерийский огонь заставил отступить турецкий флот, а затем стремительная атака развернутым строем увенчалась полным разгромом десанта. В этом году турки больше активных военных действий не предпринимали. Командующий Потемкин писал Суворову: «Ты подтвердил справедливость тех заключений, которые Россия всегда имела о твоих военных достоинствах». Императрица прислала полководцу ленту ордена св. Андрея Первозванного.
27 июля 1788 г. под Очаковом Суворов отбил вылазку из крепости турецкой пехоты и небольшого конного авангарда. Ожесточенная схватка завершилась отступлением турок. Солдаты Фанагорийского полка ворвались в крепостные предместья, но, не получив поддержки, вынуждены были отступить. Сам Суворов был ранен пулей в шею и в дальнейшей осаде Очакова участия не принимал. Крепость взяли штурмом войска фельдмаршала Потемкина лишь 6 декабря.
1789 г. ознаменовался двумя выдающимися победами Суворова при Фокшанах и Рымнике. В это время он командовал дивизией в Молдавии и руководил военными действиями как русских, так и союзных австрийских войск. 21 июня 1789 г. 5 тысяч солдат Суворова и 12 тысяч австрийцев принца Кобургского соединились и перешли в наступление у селения Фокшаны, где находился лагерь турецкого командующего Османа-паши. Отразив атаки вражеской кавалерии, русско-австрийские войска после короткой подготовки ворвались в турецкий лагерь. Русская артиллерия подавила огонь турецких орудий, и пехотинцы «пошли скорым шагом на атаку их окопов без стрельбы, и в самой близости учиня залпы, одержали оные великою храбростию». Турки бежали в Фокшанский замок, который был взят штурмом. Армия Османа-паши потеряла убитыми до полутора тысяч человек и 12 ору дий.
В сентябре Потемкин стянул к осажденным Бендерам почти все русские силы, оставив в Молдавии лишь войска Суворова. Великий визирь Юсуф-паша решил воспользоваться удалением друг от друга русских и австрийских войск, собираясь разбить их порознь. Собрав 100-тысячное войско, он двинулся к реке Рым-ник. Пройдя ускоренным маршем более 100 километров, войска Суворова соединились с австрийцами. Армия союзников насчитывала 25 тысяч человек. В ночь на 11 сентября Суворов приказал армии немедленно выступить и подвел ее к самому турецкому лагерю. Турки были застигнуты врасплох. Русские войска захватили авангардный турецкий лагерь, но великий визирь бросил на них свою кавалерию, которая была отбита огнем батальонных каре. Повторная атака 25 тысяч всадников также не имела успеха. Вся турецкая кавалерия была рассеяна. В три часа дня союзная армия подошла к главному укрепленному лагерю турок, занятому 15-тысячным отрядом свежих войск противника. Суворов бросил в атаку 6 тысяч кавалеристов. Подоспевшая пехота к четырем часам завершила разгром. Турки потеряли до 15 тысяч убитыми, четыре укрепленных лагеря, 85 орудий и 100 знамен.
За эту победу Суворов получил титул графа Священной Римской империи. Императрица также осыпала полководца наградами. Он получил графский титул Российской империи с почетной приставкой Рымникский, алмазные знаки ордена св. Андрея Первозванного, золотую с бриллиантами шпагу с надписью «Победителю визиря», бриллиантовый эполет, драгоценный перстень и как венец признания полководческого таланта — орден св. Георгия 1-й степени. В рескрипте Екатерины II говорилось: «Во всемилостевейшем уважении на особливое усердно, которым долгое время его служба была сопровождаема, радение и точность в исполнении предположений главного начальства, неутомимость в трудах, предприимчивость, превосходное искусство и отличное мужество во всяком случае, наипаче же при атаке многочисленных турецких сил, верховным визирем предводительствуемых, в 11 день сентября на реке Рымнике оказанное, где он с войсками Российскими и с корпусом союзника России, Его Величества императора Римского под командою принца Саксен-Кобургского находящимися, совершенную над неприятелем одержал победу». Победа при Рымнике была настолько решительной, что ничто больше не препятствовало союзникам перейти Дунай и двинуться на Балканы. Однако Потемкин ограничился занятием Хаджибея, Аккермана и Бендер. Союзные войска заняли Белград.