В это время фельдмаршал завершил окончательную редакцию знаменитой «Науки побеждать», в которой обобщил опыт своих походов и сражений. Гениальная суворовская «Наука побеждать» создавалась полководцем всю его жизнь. Начала его видны уже в «Суздальском учреждении», где подчеркивается важность воспитания в характере солдат упорства, настойчивости, инициативы, взаимовыручки. В «Науке побеждать» привлекает ее патриотическая направленность, вера в морально-боевые качества русского солдата и офицера. Именно в верности национальным традициям лежат основы суворовской «Науки побеждать», на которую обрушился главный удар реакционной реформы русской армии, осуществленной пришедшим на смену скончавшейся Екатерине II императором Павлом I и его окружением. Отказ фельдмаршала выполнить приказ Павла I и привести подчиненные ему войска в установленный императором порядок повлек за собой увольнение Суворова из армии и ссылку в село Кончапское Новгородской губернии.
Однако в связи с образованием второй антифранцузской коалиции с участием России Павел I, уступая настоятельным просьбам союзников, назначил Суворова в феврале 1799 г. главнокомандующим русскими войсками, направленными в Италию. Ему же были подчинены и войска Австрии. Приняв в начале апреля командование союзными войсками, насчитывавшими около 50 тысяч солдат, Суворов сразу же предпринял наступление на запад, вынудив французов оставить крепость Брешиа и город Бергамо, и вышел к реке Адде. В сражении при Адде русские войска и их союзники действовали на широком фронте и нанесли сильный удар на главном направлении при помощи фланговых ударов. Французы потеряли более 2 тысяч убитыми и ранеными, 5 тысяч пленными и 27 орудий. Суворов повел свои войска на Милан, который капитулировал. Затем сдались Тортона и Маренго, а к 15 мая русские войска вступили в Турин и Алессандрию. Вся Северная Италия в течение одного месяца была очищена от французов, сохранивших за собой лишь Геную и Ривьеру.
В начале июня генерал Макдональд атаковал австрийский отряд генерала Отта. Суворов немедленно выступил на помощь австрийцам. Русские войска, пройдя в короткий срок 60 верст, с ходу вступили в бой. Сражение приняло характер встречного боя, но к концу дня французы были оттеснены к Треббин, где схватка продолжалась до ночи. С утра Макдональд снова перешел в наступление, но с большим напряжением сил был отброшен по всей линии. К утру 9 июня французы отступили. Их потери составили 8 тысяч убитыми и ранеными и 12 тысяч пленными, было захвачено 60 орудий и 7 знамен. Генерал Моро, узнав о поражении Макдональда, отступил в горы Ривьеры, где соединился с остатками его армии.
Французскому командованию удалось заново сформировать армию, которую возглавил генерал Жубер. Во главе 38-тысячного войска он двинулся на Алессандрию, где стоял Суворов. Армии встретились на равнине у города Нови. В самом начале сражения Жубер погиб, и командование принял Моро. Из-за отсутствия резервов французы после 15-часового боя вынуждены были отступить, потеряв 7 тысяч убитыми и ранеными, 3 тысячи пленными и 37 пушек. Потери союзников составили около 7 тысяч человек. 31 августа войска Суворова завершили свои действия в Италии взятием крепости Тортона и выступили в Швейцарию.
Начался беспримерный Швейцарский поход. Французы, разгромив у Цюриха корпус Корсакова, поставили армию Суворова в крайне тяжелое положение. Предстоял труднейший горный переход, который части Суворова начали 10 сентября 1799 г. 13 сентября русская армия подошла к Сент-Готардскому перевалу и атаковала с фронта и с фланга одновременно. В этой ситуации генерал Лекурб отвел свои войска к Чертову Мосту. Па следующий день русские войска выбили противника и с этих позиций, а к 15 числу вышли к Люцерискому озеру. За три дня армия Суворова, преодолев сопротивление французов, продвинулась на 60 верст. Достигнув Муттенской долины, русская армия оказалась в окружении. В сложившейся ситуации русский полководец вынужден был изменить свой маршрут. Было принято решение пробиваться на восток. 19 сентября авангард Багратиона отбросил французскую бригаду генерала Молитора у Глариса и открыл путь всей армии. В тот же день русский арьергард, прикрывавший отход основных частей, не только отбил все атаки французов, но и разгромил их. В этих боях противник потерял около 5 тысяч человек. Русская армия преодолела перевал Гларис, затем Эльм и Панике и вышла к Илапцу. Переход через Альпы с непрерывными боями и стычками продолжался 17 дней. Преодолев в короткий срок с тяжелыми боями большое расстояние по горной местности, русская армия проявила все свои выдающиеся качества и жизнестойкость, а русский фельдмаршал подтвердил имя гениального полководца.