18 марта 1792 г. Кутузов в чине генерал-поручика получил орден св. Георгия 2-й степени «во уважении на усердную службу, храбрые и мужественные подвиги, коими он отличился в сражении при Мачине и разбитый войсками российскими под командою генерала князя II. В. Репнина многочисленной турецкой армии, верховным визирем Юсуф-пашею предводимою, где, начальствуя над войсками левого фланга, при стремительных неприятельских нападениях преодолел все трудные переходы, в движениях своих соблюл отличное искусство и порядок, а в поражении неприятеля мужество и храбрость».
Назначенный после заключения мира казанским и вятским генерал-губернатором, Кутузов тем не менее перешел на дипломатическое поприще. Екатерина II направила его чрезвычайным и полномочным послом в Константинополь, где, проявив себя блестящим дипломатом, Кутузов добился для России целого ряда политических и торговых преимуществ. В сентябре его отозвали в Санкт-Петербург и назначили директором Сухопутного шляхетского кадетского корпуса, где он преподавал кадетам военную историю и тактику.
В 1795–1799 гг. Кутузов был командующим и инспектором войск в Финляндии. В 1798 г. император Павел I произвел его в генералы от инфантерии, а в 1800 г. за успешное выполнение дипломатических поручений в Берлине наградил орденом св. Андрея Первозванного. В последние годы жизни Павла I Михаил Илларионович занимал пост литовского генерал-губернатора, а с воцарением Александра I стал военным губернатором Санкт-Петербурга. Из-за сложных отношений с новым императором и его окружением в августе 1802 г. Кутузов оставил свой пост и ушел в годовой отпуск, а в следующем году вышел в отставку и уехал в свою деревню Горошки Волынской губернии.
В августе 1805 г. Александр I призвал Кутузова на службу и назначил командующим русской армией, действовавшей против французских войск. Личная неприязнь императора к полководцу, его ревнивое отношение к чужой славе роковым образом повлияли на весь ход кампании. Знаменитый марш-маневр от Браунау до Ольмюца, спасший русскую армию от окружения и неминуемой гибели, бои при Кремсе и Амштеттине были перечеркнуты некомпетентным вмешательством союзных монархов России и Австрии в командование армией, что привело к поражению при Аустерлице и неудаче всей кампании. Под Аустерлицем Наполеон нанес большой урон русским колоннам и с захватом Пратценских высот «поймал в мешок» значительную часть русской армии, вышедшей из отчаянного положения лишь благодаря доблести солдат и некоторых командиров, особенно же самопожертвованию кавалерии. Кутузов в эту кампанию держал экзамен на полководца и выдержал его блестяще. Ни одному еще русскому полководцу, разве что Суворову, не приходилось действовать в более тяжелой обстановке. Присутствие императора в армии сковывало действия Кутузова, как всегда стесняет главнокомандующего присутствие монарха, и отсюда неизбежно вытекала двойственность в распоряжениях. Обвинять Кутузова в аустерлицком разгроме не приходится, эта авантюра была ему навязана свыше. После достойного, с минимальными потерями, вывода русских войск из австрийских пределов Кутузов хотя и был награжден, по от командования армией отстранен.
До начала Отечественной войны Кутузова назначали на второстепенные посты: в 1806–1807 гг. — киевского генерал-губернатора, в 1808 1809 гг. — командующего корпусом в Молдавии, в 1809 1811 гг. — литовского генерал-губернатора. В условиях надвигающейся новой войны с Наполеоном и необходимости завершить затянувшуюся войну с Турцией Александр I в 1811 г. вынужден был назначить Кутузова главнокомандующим Дунайской армией. Он не только отказался от штурма крепостей, но даже ушел из занятых русскими войсками Силистрии и Никополя, срыв их, чтобы не оставлять туркам. Растянутую кордоном армию Кутузов сосредоточил на важнейших стратегических направлениях, собрав главные силы у крепости Рущук. У него было всего 15 тысяч против 60-тысячной турецкой армии. Первая атака врага была отражена огнем, вторая оказалась для турок более успешной. Им удалось смять левый фланг русской армии и прорваться ей в тыл. Со стороны Рущука турецкую кавалерию встретила русская пехота, а ударившие с другой стороны кавалерия и егеря обратили турок в бегство. За рущукскую победу, одержанную 22 июля, император наградил полководца своим портретом.