Пребывание в госпитале затянулось: ранение, полученное в самом конце войны, оказалось тяжелым и трудно залечиваемым. Из госпиталя генерал-майора Н.Н. Юденича выписали только к исходу 1906 года и сразу отправили в отпуск. Ему не пришлось напоминать о себе в кадрах Военного министерства: выпускники Николаевской академии Генерального штаба, имеющие к тому же опыт войны, находились там на особом учете.
В России начиналась послевоенная реформа армии и флота, которую, к сожалению, завершить полностью до начала Первой мировой войны не удалось. В отставку были отправлены многие тысячи офицеров, особенно старшего звена, и генералов, которые не отвечали требованиям новой эпохи и потому ничем не смогли проявить себя во время Японской войны. Таким, как Юденичу, герою Янсынтуня и Мукдена, открывалась хорошая перспектива в продолжении армейской карьеры.
После госпиталя Николаю Николаевичу не пришлось долго «ходить за штатом». Уже 10 февраля 1907 года он получил назначение на должность генерал-квартирмейстера Кавказского во 102 енного округа. На этой должности он пробыл недолго, получив повое назначение — начальником штаба внутреннего (а значит — птороразрядного) Казанского военного округа. Семья Юденичей переезжает на новое местожительство в Казань.
Такое повышение бывшего командира стрелковой бригады, которым Н.Н. Юденич пробыл всего несколько месяцев, свидетельствовало о том, что армейская карьера складывалась вполне удачно. Можно сказать, что на строевых должностях он рос довольно быстро, особенно после Маньчжурии.
Казанский военный округ, по сравнению с пограничными Ііиленским, Варшавским, Киевским и Кавказским (не говоря о двух столичных — Петроградском и Московском), имел армейских войск совсем немного. Здесь было расквартировано всего два корпуса — 16-й и 24-й с их артиллерий, 5-я кавалерийская дивизия, два мортирных артиллерийских дивизиона, два саперных батальона, тылы. Но дел и забот, если к ним подходить серьезно, генерал-квартирмейстеру все же хватало. Округ являлся одним из самых крупных на территории России по своим мобилизационным возможностям.
Служба в Казанском военном округе шла спокойно, без каких-то потрясений. Свой 50-летний юбилей Николай Николаевич отметил в кругу друзей и сослуживцев. 16 декабря 1912 года был подписан высочайший императорский указ: о производстве Н.Н. Юденича в генерал-лейтенанты.
По такому случаю он был вызван в столицу, где предстал перед императором Николаем II, который имел с ним личную беседу. Известно, что речь в ней шла о нарастании военного противостояния в Европе. И о том, как русская армия должна была готовиться к ожидаемой большой войне на континенте. Юденич, отличавшийся прямотой в суждениях, пришелся по праву всероссийскому монарху, на котором лежало во всей видимой тяжести бремя ответственности за безопасность державы Романовых.
Скорее всего, именно эта беседа повлияла на дальнейшее продвижение по служебной лестнице генерал-лейтенанта. В Казани долго служить ему не пришлось. Европейская коалиционная нойна приближалась, пока давая о себе знать все учащающимися дипломатическими конфликтами. Генеральные штабы государств Антанты и Центрального блока занимались разработкой вариантов стратегических планов. В будущей войне, как виделось всем,
события должны были разыграться по стародавней традиции не только в Европе. Сильная своей мощью в недалеком прошлом султанская Турция никак не могла остаться в стороне. Тем более что у нее был исторический противник — Россия.
Это немаловажное внешнеполитическое обстоятельство и определило дальнейшую судьбу генерал-лейтенанта Н.Н. Юденича. В российском Генеральном штабе, планировавшем военное противостояние турецкой армии в Закавказье, решили усилить руководство Кавказским военным округом. В случае войны ему предстояло разворачиваться (отдав часть войск в европейскую часть России) в отдельную армию или даже в самостоятельный фронт. В ходе проведенных организационно-штатных изменений вакантной, среди прочих, оказалась должность начальника окружного штаба.
При обсуждении кадровых изменений, кандидатур на эту ответственную должность оказалось несколько. Но в Военном министерстве предпочтение отдали начальнику штаба Казанского военного округа, «за» которого говорило многое. Поэтому споров вокруг его кандидатуры долго не велось.
Высочайший императорский указ последовал 25 января 1913 года. После коротких сборов Николай Николаевич отбыл из Казани на новое место службы в город Тифлис, где располагались штаб Кавказского военного округа и управление недавно восстановленного царского наместничества на Кавказе.
Служба в штабах позволила Н.Н. Юденичу приобрести опыт в вопросах организации и обучения войск, мобилизационного дела, обустройства быта воинских частей, разумного расходования отпускаемых казенных средств. В 1909 году его деятельность была отмечена орденом Святой Анны 1-й степени, в 1913 году — орденом Святого Владимира 2-й степени.