В начале 1596 года, когда стихли бури гражданской войны, пришла неприятная новость, что испанцы захватили Кале. Елизавета Английская в ответ на просьбу о помощи заявила, что была бы готова помочь выбить испанцев из Кале, но при условии, что удержит его за собой, на чем переговоры и закончились. Завоевывать города для Генриха IV она не имела ни малейшего желания. Однако, опасаясь сближения Франции с Испанией, королева в принципе согласилась на создание оборонительного союза, что и было закреплено подписанием двух договоров в Гринвиче 24 и 26 мая 1596 года. Однако помощь, обещанная королевой, оказалась почти иллюзорной — две тысячи человек и краткосрочная ссуда в 20 тысяч экю. Эта малая выгода была оплачена тем, что Генрих IV обещал не заключать мир с Испанией, предварительно не уведомив об этом Англию и Голландию.
В ночь с 11 на 12 марта 1597 года Сюлли был внезапно вызван к королю. Он застал его в халате, колпаке и домашних тапочках прохаживающимся широкими шагами, в задумчивости опустив голову. Весь его вид выдавал сильную подавленность. «Ах, мой друг, какое несчастье! — воскликнул Генрих IV. — Амьен захвачен». Сюлли был поражен услышанной новостью, а король продолжал: «Довольно изображать из себя короля Франции, пора стать королем Наварры!» Прибежавшей в слезах Габриель д’Эстре он сказал: «Моя дорогая, придется прервать наши любовные баталии и сесть на коня, дабы отправиться на другую войну».
И вправду, случилось нечто из ряда вон выходящее. Чтобы изгнать испанцев из северных провинций, Генрих IV планировал взять весной 1597 года Аррас. Для этого он заготовил в Амьене оружие и провиант. Амьенцы, ревниво отстаивавшие свои вольности, отказались принять у себя в городе королевский гарнизон, предпочитая обороняться собственными силами, однако проявили поразительное небрежение сторожевой службой и непростительное легкомыслие. 11 марта испанцы, прибегнув к самой что ни на есть примитивной военной хитрости (они переоделись крестьянами), без боя захватили город, застав врасплох его утративших бдительность защитников. Несмотря на то, что Генрих IV получил от понтифика отпущение грехов, Филипп II пожелал быть бóльшим католиком, чем сам папа римский, изрыгая свой последний яд. Сознавая неизбежность заключения мира, он намеревался хоть в какой-то мере улучшить свои как никогда шаткие позиции.
На исходе ночи 12 марта монарх был уже на коне. К вечеру того же дня он прибыл в Понтуаз, а 13-го — в Бове. Дабы отрезать испанцам путь к отступлению, 27 марта он предпринял не увенчавшуюся успехом попытку взять Аррас. Хотя камни в почках причиняли Генриху IV нестерпимые боли, он отказался от необходимого отдыха. Болезнь продолжала терзать его и по возвращении в Бове, откуда он отдавал необходимые распоряжения и взывал к благородству и преданности французского дворянства, напоминая ему, что «нет смерти почетнее, чем отдать свою жизнь за государя».
В тот ответственный период, когда решалась судьба королевства, Генрих IV столкнулся, помимо обострения болезни, еще с одной проблемой, вдвойне неприятной оттого, что ее создавали товарищи по борьбе — протестанты, все больше выражавшие недовольство политикой короля. Вступление Генрих IV на престол ничего не изменило в действующем законодательстве, и декларация Сен-Клу от 4 августа 1589 года жестко ограничивала права протестантов. Они не допускались к публичным должностям за пределами тех мест, которые были предоставлены им. Мантский эдикт 1591 года явился первой уступкой протестантам, включив в себя положения эдикта веротерпимости, принятого в Пуатье в 1577 году. Переходя в католицизм, Генрих IV поклялся католическим сеньорам отменить все положения, противоречившие эдиктам об умиротворении, однако позднее он молчаливо одобрил отправление реформатского культа. Эти либеральные меры возмущали католиков, не удовлетворяя при этом и протестантов. Последние все больше помышляли о создании собственного государства в государстве, подтвердив свою приверженность этой идее клятвенными обещаниями на генеральной ассамблее, проходившей в Манте с октября 1593-го по январь 1594 года. В мае того же года они с согласия короля провели ассамблею в Сент-Фуа-ла-Гранд с целью придания гугенотской партии политического статуса. Это была почти республиканская организация в рамках королевства.