Комитет шестнадцати, воспользовавшись беспорядками, провел чистку парламента, в лояльности которого у него были основания сомневаться. Он провозгласил себя Комитетом общественного спасения, принимал самые жестокие меры, вплоть до казней, и рассылал манифесты и воззвания провинциальным городам. Благодаря их стараниям, а также усилиям вождей Лиги мятеж перекинулся на Шартр, Лион, Орлеан, Тулузу и Руан, помимо множества менее значительных городов. В Блуа Генрих III попытался было опереться на Генеральные штаты, но, убедившись в тщетности этой попытки, распустил это собрание. Отказался он и от мысли провести задним числом процесс по делу Гизов, поскольку Екатерина Клевская, вдова герцога Гиза, обратилась в Парижский парламент с ходатайством о проведении расследования убийства ее супруга.
Герцог Майенн, брат убитых Гизов, счастливо избежавший их участи, 15 февраля вступил в Париж во главе пятисот дворян-кавалеристов и четырех тысяч пехотинцев. Ему был оказан поистине королевский прием. У Майенна имелся четкий план действий. Он собрал в ратуше всю городскую верхушку и стал доказывать необходимость формирования верховного совета Лиги, авторитет которого не ограничивался бы одной столицей, но распространялся бы на всю Францию. Предложение было принято, и членов совета выбрали тут же, причем 15 из них по предложению герцога. Верховный совет Лиги назначил Майенна генеральным наместником королевства с прерогативами суверена. Герцог Омаль получил должность губернатора Парижа, а на 15 июля наметили созвать Генеральные штаты.
Фактически смещенный с престола лигёрами Генрих III не знал, что предпринять. Избавившись от опасного соперника, он тем не менее оставался, как говорили, «ничтожным королем». Среди его советников по-прежнему не было единого мнения. Если одни предлагали перещеголять в фанатизме лигёров, беспощадно преследуя протестантов, то другие, наоборот, убеждали его в необходимости сближения с королем Наваррским, поскольку союз с ним в данной ситуации мог быть единственным спасением. Генрих III приободрился, получив от герцога Эпернона первое подкрепление в составе 120 человек дворянской конницы и двух тысяч аркебузиров. За этим небольшим отрядом вскоре последовали и другие, заставив короля думать, что не все еще потеряно: вопреки стараниям его врагов по крайней мере часть народа сохраняла верность ему, поскольку экстремизм парижских «Шестнадцати» претил здравому смыслу французов.
Город Блуа в стратегическом отношении был слишком уязвим, и Генрих III решил перевести королевскую администрацию в Тур. Таким образом, как во времена Столетней войны, при Карле VII, во Французском королевстве образовалось двоевластие: два парламента, две счетные палаты, две канцелярии. Тем временем дипломаты Генриха III предпринимали усилия, чтобы добиться от папы Сикста V прощения за убийство кардинала Гиза. Однако папа хотя и был отлично осведомлен о воинственном характере кардинала и его деятельности, пригрозил королю отлучением от церкви. Генриху III, проклятому папой и находившемуся под угрозой столкновения с герцогом Майенном, не оставалось выбора. Если он хотел спасти государство, под коим подразумевалась монархия во Франции, то ему надо было договариваться с королем Наваррским.