Фельдмаршал Каменский получил неограниченные полномочия и отправился к армии. Русская армия должна была соединиться с армией Пруссии, но этого не случилось. Наполеон еще до их соединения разбил пруссаков под Йеной и Ауэрштедтом, занял Берлин, и вскоре его войска были уже в Польше.
Дивизия генерал-лейтенанта Дохтурова находилась у села Голымин, в 80 километрах севернее Варшавы, когда Дохтуров получил два пакета с указаниями. В одном Каменский сообщал о передаче им, главнокомандующим, своих полномочий Буксгевдену, указывая одновременно, что вместо сражения под Пултуском, предполагавшегося ранее, необходимо отвести войска к русской границе. Другой пакет был от командующего первым корпусом Беннигсена, который предлагал Дохтурову соединиться с ним и дать Наполеону генеральное сражение. Централизованное командование войсками было фактически утрачено. Входить же под начало Буксгевдена было явной нелепостью.
Дохтуров понимал, что престарелый фельдмаршал Каменский непригоден для роли главнокомандующего, но назначение главнокомандующим Буксгевдена, позорно бросившего своих солдат в болотах Аустерлица, возмутило его до глубины души. Беннигсен предложил Буксгевдену и Эссену I, командовавшим корпусами, принять участие в генеральном сражении, но не нашел у них поддержки.
Между тем Наполеон беспорядочные и лишенные какой-либо логики движения русских войск, проистекавшие из противоречивых и порой взаимоотменяющих распоряжений Каменского, принял за какую-то особую хитрости в которой он не сумел разобраться. Решив, что главные силы русских находятся в районе села Голымин, Наполеон двинул туда свои основные соединения. Здесь же на самом деле стояли дивизия Дохтурова, дивизия под командованием Д. Б. Голицына да несколько кавалерийских полков.
14 декабря 1806 года им пришлось выдержать натиск корпусов Ожеро, Даву, Сульта, а также гвардии и конницы. Однако французы ничего не добились. Дивизии Дохтурова и Голицына построились в каре побатальонно и встретили кавалерию штыками. Длинные кремневые ружья (183 см со штыком) делали русскую пехоту неуязвимой. Видя неудачи своей кавалерии, Наполеон посылает в штыковую атаку пехоту. Как свидетельствует С. Г. Волконский в «Записках декабриста», гренадеры Дохтурова оскорбились: «Эти недоростки недостойны наших штыков!» — воскликнули они и встретили французов прикладами.
Однако вечером Дохтуров и Голицын вынуждены были отойти. Во время отступления пришлось дать ночной уличный бой, но все же Дохтурову и Голицыну удалось сохранить боевой порядок. Весь этот день войска под командой Беннигсена также сдерживали атаки корпуса маршала Ланна. Фактически пять русских дивизий удерживали целый день всю французскую армию.
В январе 1807 года вновь начались боевые действия. К 27 января русская армия заняла позицию протяженностью около 3,5 километра по фронту северо-восточнее от Прейсиш-Эйлау. Дивизия Дохтурова располагалась в центре против корпуса Ожеро и кавалерии Мюрата. 27 января французы предприняли ряд атак, в одной из них Дохтуров был ранен осколком ядра в ногу. Русские успешно отражали атаки французов, но закрепить успех не смогли, так как у армии не было резерва, который должен был быть предусмотрен командующим армией Беннигсеном. В результате сражение, длившееся более 12 часов, ни к чему не привело. С французской стороны потери были 30 тысяч убитыми и ранеными, с нашей — 26 тысяч человек. На этом военные действия прекратились, и в течение трех месяцев обе армии готовились к будущим сражениям.
В мае 1807 года боевые действия противостоящих армий активизировались. У Наполеона насчитывалось до 200 тысяч человек, русская армия под командованием Беннигсена имела около 105 тысяч. Беннигсен принял решение разгромить выдвинутый вперед, в район Гутштадта, корпус Нея.
23 мая дивизии Дохтурова начали наступление. 24 мая Дохтуров овладел Ломитенской переправой и отрезал Нея. Багратион успешно атаковал с фронта, но многие русские части опоздали к сражению, и полностью воплотить план разгрома Нея не удалось. Наполеон подключил основные силы, и русские войска отошли к Гейльсбергу, где 29 мая в течение целого дня стояли против вдвое превосходящего противника.
При Гейльсберге Дохтуров получил четвертое ранение, но, как всегда, не покинул боя.