Горизонтальную защиту обеспечивала броневая палуба, также являвшаяся конструктивным элементом корпуса и выполненная из крупповской никелевой 50-мм стали (согласно другим источникам, толщиной 30-32 мм). Как и пояс по ватерлинии, палуба утончалась в корме до 30 мм. Она простиралась от барбета носовой башни главного калибра до рулевой машины в корме и соединялась с верхним краем бортового пояса под прямым углом, т.е. не имела скосов, как на крейсерах типа Java. Плоская, в основном, бронепалуба была выпуклой в районе машинных и котельных отделений, где требовалось обеспечить необходимые технологические и габаритные объемы. Броневая цитадель, имевшая высоту 4 м, замыкалась спереди и сзади 30-мм траверзами, расположенными на 34 и 74 шпангоутах и возвышавшимися от двойного дна до броневой палубы.
Некоторую, весьма слабую защиту от подводных взрывов обеспечивала конструкция более протяженного на новом крейсере двойного дна и двойного борта, внутренняя стенка которого, имевшая толщину 30 мм, играла роль противоторпедной и, одновременно, продольной переборки, усиливающей бронирование борта. Таким образом, уровень защиты от снарядов на малых и средних дистанциях боя несколько снизился по сравнению с «явами», но, при полном отсутствии в обоих случаях конструктивной подводной защиты, схема бронирования De Ruyter была предпочтительнее.
Кроме корпусного, крейсер нес и местное бронирование. Так, обе боевые рубки, КДЛ на башне управления и коммуникационные каналы защищались 30-мм броней. Барбеты артиллерийских башен бронировались 50-мм (30-мм) плитами, а броня самих башен и орудийного щита седьмого орудия имела толщину 30-100 мм. Общий вес бронирования крейсера достигал 1100 т.
Помимо всесторонне продуманной системы обеспечения непотопляемости корабля, на нем имелась мощная система пожаротушения, неоднократно продублированная. Пороховые и снарядные погреба, равно как и котельные отделения, были оборудованы пожарной системой орошения. Очаги пожаров предполагалось тушить при помощи нескольких независимых друг от друга противопожарных систем:
— морской водой из системы шлангов;
— пеной из двух пенообразующих генераторов;
— находящейся под давлением пара водой для тушения пожара в котельном отделении;
— имелась установка получения двуокиси углерода на случай пожара в тех же котельных отделениях и в корабельном камбузе;
— водяная система пожаротушения топливных резервуаров.
Первоначально вооружение крейсера должно было состоять из шести 150-мм орудий в 3 двухорудийных башнях и четырех 105-мм зенитных орудий Bofors в 2 сдвоенных установках. Позднее, в связи с увеличением водоизмещения, полученные объемы были использованы для установки дополнительного, седьмого, орудия, оснащения крейсера бортовой авиацией и авиационным оборудованием, а также для усиления зенитного вооружения корабля.
Из семи скорострельных орудий Bofors (немецкого производства) калибра 150 мм шесть, типа MkIX, размещались в трех двухорудийных башнях, оборудованных дальномерами. Седьмое, типа MkХ, было установлено на штыревом станке и закрывалось глубоким башенноподобным щитом. Для размещения артиллерии главного калибра голландцами была избрана так наз. «ретирадная» схема, при которой две из трех артиллерийских башен располагались в корме. Такая схема особенно выгодна при боях « отходе, что, впрочем, соответствовало реальному соотношению сил на предполагаемом театре военных действий. Башня №1 находилась в носовой части, а башня №2 — в конце очень длинного полубака. Третью башню разместили на палубе юта, седьмое же орудие—на носовой надстройки перед боевой рубкой. Башни №1 и №2 весили по 71,2 т, башня №3 — 70,6 т. Горизонтальные углы обстрела для башен Mil, №2 и одноорудийной установки MkХ составляли 147° на борт, а для башни №3 — 140° на борт. Одноорудийная установка MkХ вместе со щитом имела весу 25 т и была дополнительно приспособлена для стрельбы осветительными снарядами. 150-мм орудия Bofors с углом возвышения от -15° до +60° имели длину ствола 7,8 м. Баллистические данные главной артиллерии De Ruyter были такими же, как у шестидюймовок крейсеров типа Java (дальность стрельбы — 21200 м, масса бронебойного снаряда — 46,7 кг, осколочного — 46,0 кг). Но ГК De Ruyter давал такой же по весу бортовой залп, как и вся 10-орудийная артиллерия последних, где в бортовом залпе могли участвовать те же 7 стволов главного калибра.