19 февраля крейсер вернулся в Голландию (в Хелдер) и после непродолжительной стоянки в Ньев-Дьеп 4 мая навсегда оставил родные берега. По прибытии в Индонезию, сменил в составе ост- индского флота однотипный Sumatra, начавший подготовку к переходу в Европу.
13 октября 1938 года обычное счастье впервые изменило крейсеру. В заливе Лампонг произошло столкновение Java с эсминцем Piet Hein. Оба корабля отделались незначительными повреждениями.
Когда в сентябре 1939 г. началась война, в нейтральных гаванях Ост- и Вест-Индии нашли убежище более трех десятков немецких кораблей. В мае 1940 года, когда Германия напала на Голландию, эти корабли были захвачены. В Ост-Индии таким образом попали в руки голландцев 22 корабля общим водоизмещением 135533 тонны. 10 мая 1940 года крейсер Java находился в Паданге на острове Суматра и тогда же отряд моряков из его экипажа захватил стоявшее в этом порту немецкое грузовое судно Franken (7789 брт.). Позднее Franken вошел в состав голландского торгового флота под названием Wangiwangi и был торпедирован 25 мая 1941 года в Центральной Атлантике немецкой подводной лодкой U103.
В мае 1940 года началась длительная служба крейсера Java в Индийском океане по конвоированию торговых и транспортных судов союзников. Известие о японском налете на Пирл-Харбор застало голландский крейсер в районе Сингапура, где он в составе союзных морских сил (английские крейсера Danae, Dragon, Durban и эсминцы Encounter, Stronghold и Tenedos, голландский эсминец Evertsen, австралийские тральщики Burnie, Ben-digo, Goulburn и Maryborough) обеспечивал эскортирование караванов между Сингапуром и Зондским проливом. Начиная с 8 декабря союзный эскорт пополнялся остатками английских соединений, разгромленных японцами: эсминцы Scout и Thanet прорвались из Гонконга, a Electra, Express, Jupiter и австралийский эсминец Vampire прибыли после гибели у Куантана основных сил «Соединения Z» (Force Z) адмирала Филлипса.
5-7 февраля 1942 года для прикрытия эскортируемых крейсером Java двух транспортов с голландскими армейскими подкреплениями, идущих из Батавии в Палембанг на о.Суматра, группа британских кораблей в составе тяжелого крейсера Exeter, эсминцев Encounter, Jupiter и австралийского легкого крейсера Hobart совершила вылазку из Зондского пролива через пролив Бангка. На обратном пути силы прикрытия подверглись безрезультатной торпедной атаке японской подводной лодки Ro-34.
13 февраля 1942 года крейсер Java вошел в состав международной эскадры Ударных Сил АБДА (Striking Force — SF) под командованием голландского контр-адмирала Карела Доормана[12
Доорман (Doorman) Карел Виллем Фредерик Мари (23.4.1889, Утрехт — 28.2.1942, Яванское море), нидерландский контр-адмирал. В ВМС с 1910, после войны участвовал в строительстве флота Нидерландов. В 1937 — командующий военно-морской авиацией в Ост-Индии, в 1940 командующий ост-индским флотом. С 3 февраля 1942 командовал Ударным Соединением АБДА. Погиб в бою.]. В этот период корабль вместе с тяжелым крейсером Exeter, легким крейсером Hobart, эсминцем Electra и канонерской лодкой Jumna нес конвойную службу в районе островов Кангеан и к югу от Зондского пролива. Здесь из состава эскортируемых в тот день конвоев JS.1 и SJ.1 японской подводной лодкой I-56 был потоплен один транспорт.Последующие две недели Java активно участвовал в действиях Ударного Соединения союзников[13
Более подробно о ходе боевых действий в Юго-Восточной Азии будет рассказано в разделе, относящемся к истории службы крейсера De Ruyter.]. В течение всего рокового для эскадры АБДА 7-часового боя в Яванском море 27 февраля 1942 года Java шел замыкающим в боевой линии крейсеров контр-адмирала Доормана, которым противостояли японские тяжелые крейсера Nachi и Haguro и легкие Naka и Jintsu. В 23.32 крейсер получил попадание единственной японской торпеды «long lance» из 8-торпедного залпа крейсера Nachi, произведенного с дистанции около 40 кабельтовых, и затонул после 20-минутной агонии (по другим данным, в течение 15 минут в результате взрыва боезапаса) приблизительно в 35 мор. милях к С-3, от о. Бавеан (координаты места гибели: 06° 00' с.ш. /112° 05' в.д.). Вместе с кораблем погиб почти весь экипаж — 96% личного состава (если по штату на крейсере числилось 525-526 человек, то количество жертв — 504). Среди погибших был и командир корабля кап-л-ттер зее П.Б.М. ван Стрэлан.С тех пор название Java в списках ВМФ Нидерландов не появлялось. Времена Голландской Ост-Индии канули в лету и остров Ява уже не был голландским...
Sumatra