Когда немцы вторглись в Польшу и началась вторая мировая война, Эфраим Шапиро, которому было к тому времени шестьдесят девять лет, решил перебраться в Варшаву к сестре. Однако очень скоро стало ясно, что она не только не может предоставить ему надежное убежище, но и сама вместе с детьми подвергается не меньшей опасности. Эфраим вернулся в имение, с помощью нескольких верных слуг оборудовал себе надежное и удобное укрытие и "ушел в подполье". Он прятался там с 1939-го по 1944 год — неподалеку от Освенцима, превращенного, как известно, немцами в лагерь уничтожения, который с каждым днем действовал все более и более эффективно; то, что там происходило, престарелый врач вполне мог себе представить. На душе становилось все тревожнее, и сидеть в одиночестве, как мышь в норе, становилось все труднее. В 1944 году, после разрушения Варшавского гетто, ему стало известно, что его племянница арестована и переправлена в этот лагерь; уже не владея собой, он вышел из убежища и явился в комендатуру, чем, между прочим, навлек беду и на головы верных слуг. До лагеря он не дошел — буквально в воротах он потерял сознание, и его пристрелили.